RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G441600
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 111859274-111863652 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3142 bp · TkA07G441600|TK1151|cDNA

TAACCTTGAGTGGTTTACAACGACAGTGAAAAATAATGCTTGAAAACTAACGATACGTGTGGGGGCGGTCTCTTTGATTCAATTCCGTAAATCAAGAGTCTTTTGGTTCTTCCATAAATTTCTTCAATTCAATTCGTTATCGCTTTCTCAACTACTATCGATTTCTTCATCTTCTTCATATCGTTATCCATTTACATACTTAGATTTAGATGTATATACATGTATACGTCTTCCAATTTCATTGTTTTTACCCAAAAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2424 bp · TkA07G441600|TK1151|CDS

ATGATGAGGAAGATCGATCAGAAGCAACGATACGGTGGCGGTGGTGGTGGTAGGATTGCAAGTAACAATGGATTCATACCGTCTTCCTTTCGCTCGCTTTCAAGCTACTTGAGGATTGTGTCCTCTGGTGCATCAACCGTCGCATCCACTGTTCGTTCTGCAGCTTCAGCTGCATCCACCATTGTCGACCGTGATAATGACGCAGTTCCCGATCAGGTGCTCTGGGCTGGATTTGACAAACTCGAATGTGAGGGAGATAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

807 aa · TkA07G441600|TK1151|PROTEIN

MMRKIDQKQRYGGGGGGRIASNNGFIPSSFRSLSSYLRIVSSGASTVASTVRSAASAASTIVDRDNDAVPDQVLWAGFDKLECEGDTSRRVLLLGFQFGFQVWDVEDANNVRNIVSRYDGAVFSMQLLPKPIVPKHSQLEYANSRPILVICADGSFPANGNIKNGQEHVNGGSVPTVVWFYSLKSQSYIKELKFRSVVYSVKCSSRIVAVLQAAQIHCFDVATLQREYTVLTNSISTTSSRFENIGLGPLAVGPRWIAYS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G441600
TK1151 IDTkA07G441600
OH-1004 IDLXL04_030961
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G441600
位置Chr07:111859274-111863652 (+)
描述Similar to ATG18F: Autophagy-related protein 18f
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g54730 PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。 暂无已核实直接文献
At1g03380 PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。 暂无已核实直接文献
At1g54710 PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030961 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006914 autophagy 生物过程
GO:0007267 cell-cell signaling 生物过程
GO:0010595 positive regulation of endothelial cell migration 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0032956 regulation of actin cytoskeleton organization 生物过程
GO:0042594 response to starvation 生物过程
GO:0043085 positive regulation of catalytic activity 生物过程
GO:0043627 response to estrogen 生物过程
GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0071391 cellular response to estrogen stimulus 生物过程
GO:0000407 phagophore assembly site 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G03380
ath:AT1G54710
ath:AT5G54730
hsa:54828
mmu:192197
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.420
排名 1 · TkA07G441600 · TK1151
细胞核0.293
排名 2 · TkA07G441600 · TK1151
溶酶体／液泡0.150
排名 3 · TkA07G441600 · TK1151
高尔基体0.136
排名 4 · TkA07G441600 · TK1151
细胞膜0.127
排名 5 · TkA07G441600 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21034BCAS3_WD4066-459 aa
PF24814WD40_Prp19101-124 aa
PF25175Beta-prop_WDR5102-115 aa
PF25173Beta-prop_WDR3_1st102-127 aa
PF25174Beta-prop_THOC3102-119 aa
PF25175Beta-prop_WDR5163-206 aa
PF25168Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd171-224 aa
PF25173Beta-prop_WDR3_1st176-219 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G441600PF21034BCAS3_WD40664596e-59200.6
TkA07G441600PF24814WD40_Prp191011240.01115.6
TkA07G441600PF25175Beta-prop_WDR51021152.4e-0524.5
TkA07G441600PF25173Beta-prop_WDR3_1st1021270.0009819.6
TkA07G441600PF25174Beta-prop_THOC31021190.03813.7
TkA07G441600PF25175Beta-prop_WDR51632062.4e-0524.5
TkA07G441600PF25168Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd1712241.8e-0524.9
TkA07G441600PF25173Beta-prop_WDR3_1st1762190.0009819.6
TkA07G441600PF23414Beta-prop_EML_21782075e-0523.5
TkA07G441600PF24805EIF3I1912230.04113.7
TkA07G441600PF25174Beta-prop_THOC32002230.03813.7
TkA07G441600PF24817WD40_WDHD1_1st2052330.01914.9
TkA07G441600PF23414Beta-prop_EML_23504595e-0523.5
TkA07G441600PF21032PROPPIN3525393.9e-0730.3
TkA07G441600PF25173Beta-prop_WDR3_1st3523930.0009819.6
TkA07G441600PF23393Beta-prop_WDR90_POC16_2nd3523950.02614.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FH32拟南芥sp|Q9FH32|AT18F_ARATH Autophagy-related protein 18f44.400%Swiss-Prot中等置信
Q8GUL1拟南芥sp|Q8GUL1|AT18G_ARATH Autophagy-related protein 18g37.600%Swiss-Prot中等置信
Q8H1Q5拟南芥sp|Q8H1Q5|AT18H_ARATH Autophagy-related protein 18h36.500%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看