TkA07G439990 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G439990

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 111447295-111451152 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2318 bp · TkA07G439990|TK1151|cDNA

ATTATATACTTTTTTTCTTGGAAAGGACGTGAAAGTGTTGTGTGTTCTTTTTCCCTCCTTGAATTAATTTGCGACCAGCAATTTTAGTCCCACAAAACGAAAGCAAAATCACTCAAAGCCACTCAAACAGTCCCATCGTCACGGCCGAACCTCAGCCATATAAACTCCTCGGACAGCCTTCAACTGGCATTATCCGGCGTAATCCCCTATATAATCCAATCTCAGATTCTCATTCCCACCCATTCAATTCCAATCCCAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1305 bp · TkA07G439990|TK1151|CDS

ATGTTGAGGATCAAGAGAGTTCCTACTGTTCTTTCCAATTACCAGAAGGAAGAGGCGGAGGAAGCTGGTGCGGCTGGAGGTTGTGGTCGTAATTGCATGAGAGACTGTTGCCTACCAGGAGCAAAGCTACCTTTGTATGCTTTCAGGAATTCCGATAAGGTTGACTCCAGTGACAAAAAGGAGCCTCCTTTTGCTTTCTTGGATTCCCTTCTGCTTGGAGAGTGGGAAGATCGTGTTGAAAGGGGACTTTTTCGCTATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

434 aa · TkA07G439990|TK1151|PROTEIN

MLRIKRVPTVLSNYQKEEAEEAGAAGGCGRNCMRDCCLPGAKLPLYAFRNSDKVDSSDKKEPPFAFLDSLLLGEWEDRVERGLFRYDVTACETKVIPGDYGFVAQLNEGRHLKKRPTEFRVDKVLQPFDGSKFNFTKVGQEEVLFQFESSEDDEVKFYPNAPINVEKSPSVVAINVSPIDYGHVLLIPRILECLPQRIDHKSFLLALHMAIEAKNPYFRLGYNSLGAFATINHLHFQAYYLAVPFPIEKAPTRKITEFKG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G439990`
TK1151 ID	TkA07G439990
OH-1004 ID	LXL04_030905
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G439990

位置 Chr07:111447295-111451152 (-)

描述 Similar to VTC2: GDP-L-galactose phosphorylase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g26850`	催化 Smirnoff-Wheeler 途径的反应，这是植物中抗坏血酸生物合成的主要途径。	Arabidopsis VTC2 encodes a GDP-L-galactose phosphorylase, the last unknown enzyme in the Smirnoff-Wheeler pathway to ascorbic acid in plants.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m702094200 The missing step of the L-galactose pathway of ascorbate biosynthesis in plants, an L-galactose guanyltransferase, increases leaf ascorbate content.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0701625104 Two genes in Arabidopsis thaliana encoding GDP-L-galactose phosphorylase are required for ascorbate biosynthesis and seedling viability.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03266.x A second GDP-L-galactose phosphorylase in arabidopsis en route to vitamin C. Covalent intermediate and substrate requirements for the conserved reaction.2008 · DOI: 10.1074/jbc.m802594200
`At5g55120`	催化 Smirnoff-Wheeler 途径的反应，这是植物中抗坏血酸生物合成的主要途径。	Two genes in Arabidopsis thaliana encoding GDP-L-galactose phosphorylase are required for ascorbate biosynthesis and seedling viability.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03266.x A second GDP-L-galactose phosphorylase in arabidopsis en route to vitamin C. Covalent intermediate and substrate requirements for the conserved reaction.2008 · DOI: 10.1074/jbc.m802594200

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030905 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006006 glucose metabolic process 生物过程

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0010193 response to ozone 生物过程

GO:0019852 L-ascorbic acid metabolic process 生物过程

GO:0019853 L-ascorbic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0052544 defense response by callose deposition in cell wall 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0000166 nucleotide binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G26850

ath:AT5G55120

bta:522909

hsa:390637

mmu:269952

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.455

排名 1 · TkA07G439990 · TK1151

细胞核0.310

排名 2 · TkA07G439990 · TK1151

细胞膜0.138

排名 3 · TkA07G439990 · TK1151

内质网0.133

排名 4 · TkA07G439990 · TK1151

高尔基体0.108

排名 5 · TkA07G439990 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26217GDPGP1_N67-239 aa

PF26216GDPGP1_C246-393 aa

PF10516SHNi-TPR327-332 aa

PF10516SHNi-TPR370-383 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G439990	`PF26217`	GDPGP1_N	67	239	5.9e-78	261.1
TkA07G439990	`PF26216`	GDPGP1_C	246	393	4.3e-67	225.1
TkA07G439990	`PF10516`	SHNi-TPR	327	332	0.15	12.3
TkA07G439990	`PF10516`	SHNi-TPR	370	383	0.15	12.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RWE8`	拟南芥	sp\|Q8RWE8\|GGAP1_ARATH GDP-L-galactose phosphorylase 1	75.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FLP9`	拟南芥	sp\|Q9FLP9\|GGAP2_ARATH GDP-L-galactose phosphorylase 2	73.700%	Swiss-Prot	高置信

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