TkA07G439950 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G439950

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 111430564-111440918 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1653 bp · TkA07G439950|TK1151|cDNA

AACCAATTTGATAAACCAAAATATCAATCCTTTTTAAGAACTAATTTAGCTCCCAGTTTCCATACAAATATACAATATTACACCCCCACTCGCAGCAGCTCGCCACACCTCCAAAATTTCCTAAAATTCTTACATTTTGCACAAGATCACTCCATTGGAGCTGAATTAAACCTTTTTGGAGCTTATTCGATTCGATTTTCTATCCATTTTTAAGCTACCGAAGGTGAGCACCAATTCGTTAGCGCATCCGCAAGAGTTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1131 bp · TkA07G439950|TK1151|CDS

ATGTCATCTTGTGCATTTTCAACATGTACATTGCGTGATACCTTCCAAGATCATAATCTCCCAACAAATTCTCTTCATTTGAAGACAATTTCCATACCTTCCCACCCTTACAACTCGCTGACCTGGCGCCAACCTGGAAGAAAACTCAAGTGCAGGGCACTAGACGTTGAAAGTACCCGTACTTTCTCAAAAGGAGACATGTTTCAACTTGATGATGTAATTGAAGCACAACAGTTTGATAGGGACATTCTGAGTGCTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

376 aa · TkA07G439950|TK1151|PROTEIN

MSSCAFSTCTLRDTFQDHNLPTNSLHLKTISIPSHPYNSLTWRQPGRKLKCRALDVESTRTFSKGDMFQLDDVIEAQQFDRDILSAIFEVAREMEIIEKKSHGSQLLKGYLMATLFYEPSTRTRLSFESAMKRLGGEVLTTENAREFSSAAKGETLEDTIRTVEGYSDIIVMRHFESGAAKRAAMTANIPVINAGDGPGQHPTQALLDVYTIEREIGKLDGIKVGLVGDLANGRTVRSLAYLLAKYNDVKIYFVSPEVVK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G439950`
TK1151 ID	TkA07G439950
OH-1004 ID	LXL04_037293
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	81.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.074 / OH-1004 95.515 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G439950

位置 Chr07:111430564-111440918 (-)

描述 Similar to PYRB2: Aspartate carbamoyltransferase 2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g20330`	催化氨甲酰磷酸与天冬氨酸缩合，生成氨甲酰天冬氨酸和无机磷酸，是嘧啶核苷酸从头生物合成途径的关键承诺步骤。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0248800`	催化氨甲酰磷酸与天冬氨酸缩合，生成氨甲酰天冬氨酸和无机磷酸，是嘧啶核苷酸从头生物合成途径的关键承诺步骤。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037293 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006207 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process 生物过程

GO:0006520 amino acid metabolic process 生物过程

GO:0006541 glutamine metabolic process 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0044205 'de novo' UMP biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0004070 aspartate carbamoyltransferase activity 分子功能

GO:0016597 amino acid binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G20330

dosa:Os08g0248800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.972

排名 1 · TkA07G439950 · TK1151

线粒体0.051

排名 2 · TkA07G439950 · TK1151

细胞质0.019

排名 3 · TkA07G439950 · TK1151

细胞核0.016

排名 4 · TkA07G439950 · TK1151

过氧化物酶体0.011

排名 5 · TkA07G439950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07751Abi_258-123 aa

PF02729OTCace_N72-213 aa

PF00185OTCace220-371 aa

PF21377MurD_N223-293 aa

PF21377MurD_N309-323 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G439950	`PF07751`	Abi_2	58	123	0.26	12.3
TkA07G439950	`PF02729`	OTCace_N	72	213	4.3e-46	157.4
TkA07G439950	`PF00185`	OTCace	220	371	2.1e-32	113.1
TkA07G439950	`PF21377`	MurD_N	223	293	0.00081	20.1
TkA07G439950	`PF21377`	MurD_N	309	323	0.00081	20.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P49077`	拟南芥	sp\|P49077\|PYRB_ARATH Aspartate carbamoyltransferase, chloroplastic	82.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LD61`	水稻	sp\|Q9LD61\|PYRB_ORYSJ Aspartate carbamoyltransferase, chloroplastic	83.000%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情