TkA07G439880 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G439880

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 111381684-111392256 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1636 bp · TkA07G439880|TK1151|cDNA

GAGCAACCCTAACAAAGCATACAAGTGGAGAAAATAGTGACACGAGTCGTCGAGTTCTTATATTGCTGTGTTTCTTTAAGGCGGCGGCCGGCGGATAGAAGCTGTTCTCCCGATCAGCGCCACCATTGTAATCACAATGAGTTCCGTTTTCAATTTGAGCAATGCGATTATTCCAGCAATCGACAATCGCCACCATTGTTACCTCAAGCCCCAATTCGCTACCCGCTCGATTAATCTCTCAAGTTCTCGTATTCCCGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1407 bp · TkA07G439880|TK1151|CDS

ATGGTTTCAATCGATAACCTCCCCGATCAGTTACTTTGGGATATTTTCAGCAGGATCAAAAACACCATAGACCGAAACTCCCTATCTCTGACCTCCAAACGATTCCATAATCTCGATAACGAACAAAGAAACCAAATCCGCATAGGCTGTGGATTAAACCCGGCAAACAATGCTCTAACCTCTCTATGTCACCGATTCCCAAACTTAAACAAAATCGAAATCACATATTCCGGTTGGATGTCAAACTTAGGCAAACAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

468 aa · TkA07G439880|TK1151|PROTEIN

MVSIDNLPDQLLWDIFSRIKNTIDRNSLSLTSKRFHNLDNEQRNQIRIGCGLNPANNALTSLCHRFPNLNKIEITYSGWMSNLGKQLEDEGLSTLSKFCPLLTDLTLSYCTFITDTGLTFISSCTKLSSLKLNFTPRITGCGIFSIVVTSKNLKTLHLTRCLNITNLEWLECLGHLQTLEDLSVKNCRGIGEGALFKLGPTWRTLKRLRFEVDSNYRYMKLYDRLSVDKWHTQWVPCENMTEVNLVNCIVTPGRGLACIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G439880`
TK1151 ID	TkA07G439880
OH-1004 ID	LXL04_030900
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 58.137 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G439880

位置 Chr07:111381684-111392256 (-)

描述 Similar to FBL14: F-box/LRR-repeat protein 14

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g80600`	参与瓜氨酸的生物合成（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At1g80570`	F-box/LRR 重复蛋白 14。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030900 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0030150 protein import into mitochondrial matrix 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0001405 PAM complex, Tim23 associated import motor 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G80570

ath:AT4G26780

ath:AT5G55200

nwi:Nwi_0195

oca:OCAR_4415

ocg:OCA5_c01160

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.730

排名 1 · TkA07G439880 · TK1151

细胞质0.173

排名 2 · TkA07G439880 · TK1151

线粒体0.061

排名 3 · TkA07G439880 · TK1151

质体0.049

排名 4 · TkA07G439880 · TK1151

细胞膜0.028

排名 5 · TkA07G439880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12937F-box-like4-38 aa

PF00646F-box4-38 aa

PF18511F-box_56-44 aa

PF12799LRR_456-75 aa

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF156-75 aa

PF27094DUF834658-132 aa

PF25372LRR_FBXL1584-187 aa

PF13516LRR_686-96 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G439880	`PF12937`	F-box-like	4	38	3.3e-05	24.3
TkA07G439880	`PF00646`	F-box	4	38	0.016	15.8
TkA07G439880	`PF18511`	F-box_5	6	44	0.0083	16.4
TkA07G439880	`PF12799`	LRR_4	56	75	2.2e-09	38.0
TkA07G439880	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	56	75	0.00046	20.4
TkA07G439880	`PF27094`	DUF8346	58	132	0.0011	18.3
TkA07G439880	`PF25372`	LRR_FBXL15	84	187	1.4e-14	54.1
TkA07G439880	`PF13516`	LRR_6	86	96	2.2e-06	28.0
TkA07G439880	`PF29594`	LRR_SKP2	88	208	2.2e-10	41.0
TkA07G439880	`PF12799`	LRR_4	88	116	2.2e-09	38.0
TkA07G439880	`PF23247`	LRR_RPS2	93	116	0.0063	17.2
TkA07G439880	`PF24758`	LRR_At5g56370	98	161	0.00038	20.9
TkA07G439880	`PF13516`	LRR_6	99	121	2.2e-06	28.0
TkA07G439880	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	101	113	0.045	14.4
TkA07G439880	`PF12799`	LRR_4	102	139	2.2e-09	38.0
TkA07G439880	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	103	188	0.00046	20.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M8M7`	拟南芥	sp\|Q9M8M7\|ARGD_ARATH Acetylornithine aminotransferase, chloroplastic/mitochondrial	73.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q3EC97`	拟南芥	sp\|Q3EC97\|FBL14_ARATH F-box/LRR-repeat protein 14	57.400%	Swiss-Prot	高置信

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