TkA07G437350 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G437350

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 110726220-110729753 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1353 bp · TkA07G437350|TK1151|cDNA

TAAATATCCAGCCCATAACTATCTCTTTTACAAATGGCGGATACCACTAGATGCAAAACTACATCTATCCTTCAACTTCAATCCATACTCTTCCATTTTTGTCCCCACCATATCCCTATTCCCCACCCGTTCTCACTTCTCACCTCGCCATGCCAATCTTCTTCCTCTAATTCTCAATCCAACTCTCTCTACAACTTTCTTTCAATTCTCCATTGATTACTATGGCTGTCGCCATGGCGTCTTGCGGGTCTACTCTCGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

867 bp · TkA07G437350|TK1151|CDS

ATGGCTGTCGCCATGGCGTCTTGCGGGTCTACTCTCGGAGTTTACACGAAATTAGTAGCATTAGAGAAGCAACCTATCTCTAAAGCTGCGTTTCTCGGGTGTAATTTGGGTTCAGATTCCCTTAAACATCTATGCAGTTCAGCTAAACCAAGATTGTCGTATTCATTGAGTACTATGATTCCAAAAGCATCAGCTACAGCCATTGAGGATGGAAGTTATCAAGAAACCGATGTGGTTCCAACACCTAAAGTGATAATCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

288 aa · TkA07G437350|TK1151|PROTEIN

MAVAMASCGSTLGVYTKLVALEKQPISKAAFLGCNLGSDSLKHLCSSAKPRLSYSLSTMIPKASATAIEDGSYQETDVVPTPKVIIDQDSDPDATVVEITFGNRLGALLDTMNALKNLGLNVVKAKVHLDSSGKHNTFSITKSSTGRKVDDPELLEAIRLTIISNLLEYHPESSAQLAMGEAFGVEAPKQKLDVDIATRIRISDDGPDRSLLLVETADRPGLLVDLVKIVTDINVAVESGEFDTEGLLAKAKFHVNYKNK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G437350`
TK1151 ID	TkA07G437350
OH-1004 ID	LXL04_030857
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G437350

位置 Chr07:110726220-110729753 (+)

描述 Similar to ACR11: ACT domain-containing protein ACR11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g16880`	可能参与氨基酸代谢的反馈调控。	The ACR11 encodes a novel type of chloroplastic ACT domain repeat protein that is coordinately expressed with GLN2 in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1186/1471-2229-11-118
`At5g04740`	可能参与氨基酸代谢的反馈调控。	The ACR11 encodes a novel type of chloroplastic ACT domain repeat protein that is coordinately expressed with GLN2 in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1186/1471-2229-11-118

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: P83643`	含ACT结构域蛋白DS12，叶绿体。	暂无已核实直接文献
`Os08g0242700`	含ACT结构域蛋白DS12，叶绿体。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030857 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0010319 stromule 细胞组分

GO:0016597 amino acid binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G16880

ath:AT3G01990

ath:AT5G04740

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.966

排名 1 · TkA07G437350 · TK1151

细胞核0.032

排名 2 · TkA07G437350 · TK1151

线粒体0.028

排名 3 · TkA07G437350 · TK1151

细胞质0.022

排名 4 · TkA07G437350 · TK1151

细胞膜0.018

排名 5 · TkA07G437350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24931ACT_ACR9_3rd84-164 aa

PF22120T6SS_Tse3_N86-115 aa

PF24914ACR10_N89-141 aa

PF26956ACT_ACR_D190-164 aa

PF22754bHLH-TF_ACT-like_plant95-135 aa

PF01842ACT96-157 aa

PF13291ACT_497-136 aa

PF12229PG_binding_4134-161 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G437350	`PF24931`	ACT_ACR9_3rd	84	164	4.8e-10	40.1
TkA07G437350	`PF22120`	T6SS_Tse3_N	86	115	0.22	12.6
TkA07G437350	`PF24914`	ACR10_N	89	141	0.0074	16.4
TkA07G437350	`PF26956`	ACT_ACR_D1	90	164	1e-11	45.2
TkA07G437350	`PF22754`	bHLH-TF_ACT-like_plant	95	135	5.4e-05	23.9
TkA07G437350	`PF01842`	ACT	96	157	0.0066	16.9
TkA07G437350	`PF13291`	ACT_4	97	136	4.8e-06	27.8
TkA07G437350	`PF12229`	PG_binding_4	134	161	0.011	16.6
TkA07G437350	`PF24931`	ACT_ACR9_3rd	207	245	4.8e-10	40.1
TkA07G437350	`PF24914`	ACR10_N	208	260	0.0074	16.4
TkA07G437350	`PF26956`	ACT_ACR_D1	210	258	1e-11	45.2
TkA07G437350	`PF01842`	ACT	211	232	0.0066	16.9
TkA07G437350	`PF13291`	ACT_4	213	261	4.8e-06	27.8
TkA07G437350	`PF12229`	PG_binding_4	217	241	0.011	16.6
TkA07G437350	`PF22754`	bHLH-TF_ACT-like_plant	218	237	5.4e-05	23.9
TkA07G437350	`PF22120`	T6SS_Tse3_N	218	235	0.22	12.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FZ47`	拟南芥	sp\|Q9FZ47\|ACR11_ARATH ACT domain-containing protein ACR11	76.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LZ23`	拟南芥	sp\|Q9LZ23\|ACR12_ARATH ACT domain-containing protein ACR12	61.100%	Swiss-Prot	高置信
`P83643`	水稻	sp\|P83643\|UP12_ORYSI ACT domain-containing protein DS12, chloroplastic	74.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q0J709`	水稻	sp\|Q0J709\|UP12_ORYSJ ACT domain-containing protein DS12, chloroplastic	74.300%	Swiss-Prot	高置信

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