TkA07G429030 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G429030

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 108550889-108553254 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1619 bp · TkA07G429030|TK1151|cDNA

CTTAGTTTGAGCCGCTGAGGTCACTTTTTCGTCATCTTTCAAGCCGGTCGTCTTCTCATTCGTCCATAGGAGCCGTTCTTATACGTGTTCTTCTCTCCTGCCTTCCTTATCTCCTACATCCACCTGCTTGCTATTTGATGATCCATACCTGCCAGGGTTCTTCCGGTTGTCGAGCGAAAACGCGAAGCTCTGGGTATAGTGTTGGACGTTTCTAAGCGGTAGTCGGCGGTAACGGTGCCCATTTACGATGCTCTTGGCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

819 bp · TkA07G429030|TK1151|CDS

ATGGCATATGGGCAGACAGGTACTGGAAAGACCGACACACTTGGAAGACTTGGTGATGAAGATACTCCTGCAAGAACACGGTCTATCAAGTTTCAAATCATCAATAGACCATATGATGAAGTTGCAACATGCTTCTTCAATACGAGAGAAAAGAAAAATCTACAAGAGCTTAGTGGTGTTTATGTATTCAATGTTCCAGAAAGGGAACAATTGGACAGCCTTACATCACGGTTTATAAAAGAATTTGATCAAGTAGAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

272 aa · TkA07G429030|TK1151|PROTEIN

MAYGQTGTGKTDTLGRLGDEDTPARTRSIKFQIINRPYDEVATCFFNTREKKNLQELSGVYVFNVPEREQLDSLTSRFIKEFDQVEESFSKVIGSEFGIVPGSRDNSLYNALWVAQALLRKGSAKTADKRILLLTNEDDPFGNIKGLTKLDMARTTLQRAKDAQDLGILIELLPLSTPNEEFNVSYGDLYAESGFQTVLQVPYRSFLEQVEPPKETAVGLKVEAPALFIMGEEDYVFKFPGMEEYLKSGEVMKYVPNLEI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G429030`
TK1151 ID	TkA07G429030
OH-1004 ID	LXL04_025954
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	91.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 61.397 / OH-1004 27.127 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G429030

位置 Chr07:108550889-108553254 (+)

描述 Similar to KU70: ATP-dependent DNA helicase 2 subunit KU70

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g16970`	单链 DNA 依赖性 ATP 依赖性解旋酶。	Telomere length deregulation and enhanced sensitivity to genotoxic stress in Arabidopsis mutants deficient in Ku70.2002 · DOI: 10.1093/emboj/21.11.2819 Identification of Ku70 and Ku80 homologues in Arabidopsis thaliana: evidence for a role in the repair of DNA double-strand breaks.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01258.x Disruption of the Arabidopsis AtKu80 gene demonstrates an essential role for AtKu80 protein in efficient repair of DNA double-strand breaks in vivo.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01370.x Ku is required for telomeric C-rich strand maintenance but not for end-to-end chromosome fusions in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1073/pnas.0236128100

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0184900`	单链 DNA 依赖性 ATP 依赖性解旋酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025954 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0000725 recombinational repair 生物过程

GO:0002218 activation of innate immune response 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G16970

dosa:Os07g0184900

gga:395767

hsa:2547

mmu:14375

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.562

排名 1 · TkA07G429030 · TK1151

细胞质0.403

排名 2 · TkA07G429030 · TK1151

细胞膜0.064

排名 3 · TkA07G429030 · TK1151

内质网0.058

排名 4 · TkA07G429030 · TK1151

细胞外0.058

排名 5 · TkA07G429030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00225Kinesin1-17 aa

PF03731Ku_N29-185 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G429030	`PF00225`	Kinesin	1	17	0.054	13.2
TkA07G429030	`PF03731`	Ku_N	29	185	6.5e-33	115.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FQ08`	拟南芥	sp\|Q9FQ08\|KU70_ARATH ATP-dependent DNA helicase 2 subunit KU70	70.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7F1M0`	水稻	sp\|Q7F1M0\|KU70_ORYSJ ATP-dependent DNA helicase 2 subunit KU70	64.800%	Swiss-Prot	中等置信

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