RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G429010
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 108540997-108542509 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1274 bp · TkA07G429010|TK1151|cDNA

ATTTGGACTATGAAACTGAAAACCTTCACCCACAAAATATTATACCAACCGATAACATCATCCCCCCTTATCTTTCCCCTCCTTCACACTCTCTCCTCTAAACCCTTCTCTCAAACAATGGCTTGTGCGGCAAAACCCATGTCGAACCCCTTATCTATGGCCAACGGCTGCCTCGTTTCATCATCCCCGGCAATCTTCGCCGGCAAAACCCATCAGCACATCTCTTTACCCTTGAAGCCAATTAAATTCCACCTATCTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1047 bp · TkA07G429010|TK1151|CDS

ATGAAACTGAAAACCTTCACCCACAAAATATTATACCAACCGATAACATCATCCCCCCTTATCTTTCCCCTCCTTCACACTCTCTCCTCTAAACCCTTCTCTCAAACAATGGCTTGTGCGGCAAAACCCATGTCGAACCCCTTATCTATGGCCAACGGCTGCCTCGTTTCATCATCCCCGGCAATCTTCGCCGGCAAAACCCATCAGCACATCTCTTTACCCTTGAAGCCAATTAAATTCCACCTATCTGCTTCTCTTAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

348 aa · TkA07G429010|TK1151|PROTEIN

MKLKTFTHKILYQPITSSPLIFPLLHTLSSKPFSQTMACAAKPMSNPLSMANGCLVSSSPAIFAGKTHQHISLPLKPIKFHLSASLTPFSLRRKTSNSSRLVTFVAEEDNTLVLQTDDKFSWGTETQETETETETETEAAVDAGVSEWGEDAGTGGATEEFSEPPEDAKIFVGNLPYDVDSEQLAQLFQQAGVVEISEVIYNRETDQSRGFGFVTMSTVEEADKAVEMLHRYELGGRYLTVNKAAPRGSRPERTERSPQM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G429010
TK1151 IDTkA07G429010
OH-1004 IDLXL04_030758
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G429010
位置Chr07:108540997-108542509 (+)
描述Similar to 28 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g50250 参与叶绿体中特定 RNA 编辑事件，并稳定特定叶绿体 mRNA。 暂无已核实直接文献
At4g24770 叶绿体中特定 RNA 编辑事件所需并稳定特定叶绿体 mRNA。
Arabidopsis chloroplast RNA binding proteins CP31A and CP29A associate with large transcript pools and confer cold stress tolerance by influencing multiple chloroplast RNA processing steps.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.103002

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030758 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006396 RNA processing 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0009631 cold acclimation 生物过程
GO:0016553 base conversion or substitution editing 生物过程
GO:0043489 RNA stabilization 生物过程
GO:0045087 innate immune response 生物过程
GO:1901259 chloroplast rRNA processing 生物过程
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G24770
ath:AT5G50250
nsy:104227036
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.977
排名 1 · TkA07G429010 · TK1151
线粒体0.030
排名 2 · TkA07G429010 · TK1151
细胞核0.028
排名 3 · TkA07G429010 · TK1151
细胞质0.020
排名 4 · TkA07G429010 · TK1151
细胞膜0.011
排名 5 · TkA07G429010 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28441RRM_11100-116 aa
PF16367RRM_7168-198 aa
PF25701RRM_YTH1168-190 aa
PF00076RRM_1170-239 aa
PF28442DUF8400170-239 aa
PF30126YHR127W_C172-242 aa
PF26250RRM_RdRP1_2172-226 aa
PF22976RRM_10174-233 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G429010PF28441RRM_111001164.4e-0730.9
TkA07G429010PF16367RRM_71681988.3e-1142.4
TkA07G429010PF25701RRM_YTH11681900.09613.2
TkA07G429010PF00076RRM_11702395.7e-46155.0
TkA07G429010PF28442DUF84001702390.001419.5
TkA07G429010PF30126YHR127W_C1722420.04414.5
TkA07G429010PF26250RRM_RdRP1_21722260.1113.7
TkA07G429010PF22976RRM_101742332.5e-0731.5
TkA07G429010PF28441RRM_111742454.4e-0730.9
TkA07G429010PF13893RRM_51792410.09113.2
TkA07G429010PF28976RRM_ACIN11822310.2912.0
TkA07G429010PF24475RBD_DEAH111872430.02215.6
TkA07G429010PF22976RRM_102623232.5e-0731.5
TkA07G429010PF16367RRM_72643258.3e-1142.4
TkA07G429010PF25701RRM_YTH12652880.09613.2
TkA07G429010PF00076RRM_12673375.7e-46155.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FGS0拟南芥sp|Q9FGS0|CP31B_ARATH RNA-binding protein CP31B, chloroplastic57.200%Swiss-Prot高置信
Q04836拟南芥sp|Q04836|CP31A_ARATH 31 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic74.500%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看