基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
TkA07G428890
当前版本: TK1151
染色体: Chr07
坐标: 108509829-108513078
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1853 bp · TkA07G428890|TK1151|cDNA
TTTATTTGGTCGTGACATGTGAATCCGTAACAAATAACAATTAAAAATGTCAAATTTGTGTTTCTAAAAACATGATTTTTTATAGATAACTTCTGAATTTTCAACTTCACGGGTTGACAGTCGTGTTAATTTTGAGTACATTGCTCACCTACATGAACCTTCCCGGAATCAACGACCAGTTTGCTTATTCCCACTCAATCCATTCATAATTTCTTTATATTTTTCAATCATTTTCAACCATTTTCATCTCCCCTTCCATT...
CDS
下载 CDS FASTA1305 bp · TkA07G428890|TK1151|CDS
ATGGGTGGGAAAAGCTCAAAGAGATCCGTTTCAGGCCGATACGCAGCATACGGTAATGGCTCGACCTCAAATTCGTGGACCAATCCACAACCGTCGCACCCTCAACCTCCGGTGAGCCACCCGTACGCTTCCCCTTCCCCATATCAAAGCTACCCTAATCAGGCTCCCGGCGTTAAGAAGAAACTCGAGAGAAAATACTCAAGAATAGACGATAACTACAACAACTTAGAACAGGTTACAGATGCTCTGGCACGTGCGGG...
434 aa · TkA07G428890|TK1151|PROTEIN
MGGKSSKRSVSGRYAAYGNGSTSNSWTNPQPSHPQPPVSHPYASPSPYQSYPNQAPGVKKKLERKYSRIDDNYNNLEQVTDALARAGLESSNLIVGVDFTKSNEWTGARSFHRRCLHHIGSDRNPYEEAISIIGRTLASFDEDNLIPCFGFGDASTHDQEVFSFLPDDRFCNGFEEVLSRYRELVPQLRLAGPTSFAPIIEMAITIVEQSGGQYHVLLIIADGQVTRSVDTERGQLSQQEKKTVEAIVKASEYPLSIILV...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | TkA07G428890 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA07G428890 |
| OH-1004 ID | LXL04_030755 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / Strict |
| 蛋白一致性 (%) | 96.300 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 100.000 / OH-1004 100.000覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | TK1151 / GWHBCHF00000000 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | TkA07G428890 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr07:108509829-108513078 (+) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to RGLG2: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0009611 response to wounding 生物过程 GO:0009690 cytokinin metabolic process 生物过程 GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0009850 auxin metabolic process 生物过程 GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程 GO:0070534 protein K63-linked ubiquitination 生物过程 GO:0080148 negative regulation of response to water deprivation 生物过程 GO:0005576 extracellular region 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G67800 ath:AT1G79380 ath:AT3G01650 ath:AT5G14420 ath:AT5G63970 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞质0.504
细胞核0.362
细胞膜0.266
溶酶体／液泡0.092
高尔基体0.073
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF00097zf-C3HC4110-124 aaPF13923zf-C3HC4_2110-117 aaPF13639zf-RING_2111-118 aaPF07002Copine115-328 aaPF23726Beta-prop_RSE1_2nd160-246 aaPF10138vWA-TerF-like193-293 aaPF14447Prok-RING_4386-397 aaPF13920zf-C3HC4_3388-428 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TkA07G428890 | PF00097 | zf-C3HC4 | 110 | 124 | 0.0043 | 17.6 |
| TkA07G428890 | PF13923 | zf-C3HC4_2 | 110 | 117 | 4.3 | 8.0 |
| TkA07G428890 | PF13639 | zf-RING_2 | 111 | 118 | 4.6 | 8.3 |
| TkA07G428890 | PF07002 | Copine | 115 | 328 | 7.9e-74 | 248.5 |
| TkA07G428890 | PF23726 | Beta-prop_RSE1_2nd | 160 | 246 | 0.27 | 11.2 |
| TkA07G428890 | PF10138 | vWA-TerF-like | 193 | 293 | 0.00015 | 22.8 |
| TkA07G428890 | PF14447 | Prok-RING_4 | 386 | 397 | 0.7 | 10.6 |
| TkA07G428890 | PF13920 | zf-C3HC4_3 | 388 | 428 | 5.4e-07 | 30.0 |
| TkA07G428890 | PF13639 | zf-RING_2 | 390 | 424 | 4.6 | 8.3 |
| TkA07G428890 | PF24921 | RING_XB3-XBAT31 | 390 | 417 | 10.0 | 7.0 |
| TkA07G428890 | PF00097 | zf-C3HC4 | 391 | 423 | 0.0043 | 17.6 |
| TkA07G428890 | PF14447 | Prok-RING_4 | 391 | 430 | 0.7 | 10.6 |
| TkA07G428890 | PF13923 | zf-C3HC4_2 | 391 | 423 | 4.3 | 8.0 |
| TkA07G428890 | PF24921 | RING_XB3-XBAT31 | 418 | 427 | 10.0 | 7.0 |
| TkA07G428890 | PF00097 | zf-C3HC4 | 420 | 430 | 0.0043 | 17.6 |
| TkA07G428890 | PF13923 | zf-C3HC4_2 | 420 | 428 | 4.3 | 8.0 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9LY87 | 拟南芥 | sp|Q9LY87|RGLG2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2 | 73.100% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q9SS90 | 拟南芥 | sp|Q9SS90|RGLG1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RGLG1 | 71.800% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q8LB88 | 拟南芥 | sp|Q8LB88|RGLG5_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RGLG5 | 65.500% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q9SAL0 | 拟南芥 | sp|Q9SAL0|RGLG4_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RGLG4 | 55.700% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q8RX26 | 拟南芥 | sp|Q8RX26|RGLG3_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RGLG3 | 57.700% | Swiss-Prot | 高置信 |