RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G428380
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 108341060-108344310 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2118 bp · TkA07G428380|TK1151|cDNA

ATTGACTTTTCATAATGCTTCCAAAATCAAACTTTTTTTTATTAGATTTGATCTGAACAAAAAACCGAACAATTCACTAAAGCTGAATTCCTGAAACTTCCTCTAGATCTCTCACGGCTCTTTCATCATCTTTACGTAATCAAATTGTTCAAATTTATCCGTAATTCGGATAAGTATATCGAAATTCAGAATCCTCAGTCCATGATTGGGTTGCCGGCGACGGGATTTTCCGGTCAGAAATGACAATTGTTTGTGAGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1572 bp · TkA07G428380|TK1151|CDS

ATGCCATTGGAATCGTCGATGTCGGACCGCGAACCTGACGATACCGATACTGAGTTCGTTGAGATCGATCCCTCCGGTCGTTATGGTCGGTATAAAGAAGTGCTGGGAAAGGGGGCTTTCAAAAGAGTATACAAAGCATTTGATGAACTGGAAGGAATCGAAGTAGCTTGGAATCAAATTAGGGTTTCTGATTTCTTAAGACACCCCGATGAGCTAGAACGACTATACTCAGAAGTCCATTTGCTCAAAACTCTCAAACA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

523 aa · TkA07G428380|TK1151|PROTEIN

MPLESSMSDREPDDTDTEFVEIDPSGRYGRYKEVLGKGAFKRVYKAFDELEGIEVAWNQIRVSDFLRHPDELERLYSEVHLLKTLKHKNIIKFYNSWVDTTHEHINFITEIFTSGTLRQYRKKHKHVDLRALKKWSKQILEGLSYLHSHDPPVIHRDLKCDNIFVNGNQGEVKIGDLGLAAILRQARSAHSVIGTPEFMAPELYEEEYNELVDIYAFGMCLLELVTFEYPYCECANAAQIYKKVTSGIKPAALLKVKDPE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G428380
TK1151 IDTkA07G428380
OH-1004 IDLXL04_030747
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G428380
位置Chr07:108341060-108344310 (-)
描述Similar to WNK3: Probable serine/threonine-protein kinase WNK3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g48260 可能通过调节光周期通路来调控开花时间。 暂无已核实直接文献
At3g04910 通过调节光周期途径来调节开花时间。
The APRR3 component of the clock-associated APRR1/TOC1 quintet is phosphorylated by a novel protein kinase belonging to the WNK family, the gene for which is also transcribed rhythmically in Arabidopsis thaliana.2002 · DOI: 10.1093/pcp/pcf084
Compilation and characterization of a novel WNK family of protein kinases in Arabiodpsis thaliana with reference to circadian rhythms.2002 · DOI: 10.1271/bbb.66.2429
The plant WNK gene family and regulation of flowering time in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1111/j.1438-8677.2008.00072.x

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os05g0108300 可能的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 WNK2。 暂无已核实直接文献
UniProt: A2YMV6 可能的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 WNK1。 暂无已核实直接文献
Os07g0572800 可能的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 WNK1。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030747 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程
GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0004672 protein kinase activity 分子功能
GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G48260
ath:AT5G28080
dosa:Os05g0108300
dosa:Os07g0572800
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.519
排名 1 · TkA07G428380 · TK1151
细胞核0.427
排名 2 · TkA07G428380 · TK1151
细胞膜0.174
排名 3 · TkA07G428380 · TK1151
内质网0.055
排名 4 · TkA07G428380 · TK1151
溶酶体／液泡0.051
排名 5 · TkA07G428380 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase32-286 aa
PF07714PK_Tyr_Ser-Thr32-281 aa
PF28945Mitoshell_middle86-114 aa
PF01636APH117-172 aa
PF17667Pkinase_fungal151-206 aa
PF31269Cubilin_N164-191 aa
PF31269Cubilin_N301-329 aa
PF12202OSR1_C327-381 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G428380PF00069Pkinase322861.3e-52179.5
TkA07G428380PF07714PK_Tyr_Ser-Thr322816e-36124.8
TkA07G428380PF28945Mitoshell_middle861140.1213.0
TkA07G428380PF01636APH1171720.09613.1
TkA07G428380PF17667Pkinase_fungal1512060.008415.6
TkA07G428380PF31269Cubilin_N1641910.2812.0
TkA07G428380PF31269Cubilin_N3013290.2812.0
TkA07G428380PF12202OSR1_C3273811.3e-0525.9
TkA07G428380PF31269Cubilin_N3353620.2812.0
TkA07G428380PF24889CCTL2_WNK3393780.09613.3
TkA07G428380PF28945Mitoshell_middle3663890.1213.0
TkA07G428380PF24889CCTL2_WNK4584790.09613.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9STK6拟南芥sp|Q9STK6|WNK3_ARATH Probable serine/threonine-protein kinase WNK364.300%Swiss-Prot高置信
Q9CAV6拟南芥sp|Q9CAV6|WNK1_ARATH Serine/threonine-protein kinase WNK155.500%Swiss-Prot高置信
Q65X23水稻sp|Q65X23|WNK2_ORYSJ Probable serine/threonine-protein kinase WNK253.900%Swiss-Prot高置信
A2YMV6水稻sp|A2YMV6|WNK1_ORYSI Probable serine/threonine-protein kinase WNK158.200%Swiss-Prot高置信
Q0D598水稻sp|Q0D598|WNK1_ORYSJ Probable serine/threonine-protein kinase WNK158.200%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看