RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G426340
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 107798238-107804170 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2036 bp · TkA07G426340|TK1151|cDNA

CAGAAATTGGGAAACAATCTCTCAAAACCCTAATTTTGACCTCAAAACTCCATTGGAAGATAACATTCTCTTGAATTCTTTTCATACAAGTAAAACCCACCTACCCACCCAATCCTCCTTGCGTCTACTCTACAATCATTCCCTCGAATTCCTCATCGCTTTTCAATTAAGACAATTTACTCATCAATCGCTTACCCCCTACTGCTAGCAATCTTCCCATATGCTTACAGGTGCTATGTATGATGTCCGTGCATAAATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1320 bp · TkA07G426340|TK1151|CDS

ATGCTCGCGTCAGAAACAAAGCCTGATAACTTCACATTTGCTTGCATTTTACGTGCTTGTTCGGAAAGTATTGATCTTGAAGGTCTTAAATTTGTCCATGCTAAAGCAATTGTTTCCGATTTGGGATCGGACTCCATTACTGCTAGTGCGCTTGTGTCAGCTTACTCCAAATTTCACCTCGTTGATGATGCGAGAATGGTGTTTGATAGGTTAAACAAACACGACTTGGTTTTACTTAACACGATGATTACAGGTTATGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

440 aa · TkA07G426340|TK1151|PROTEIN

MLASETKPDNFTFACILRACSESIDLEGLKFVHAKAIVSDLGSDSITASALVSAYSKFHLVDDARMVFDRLNKHDLVLLNTMITGYGSCGYWQKALNLFIIIRRFGNQPDGYTIVGLLSGLTCSSLLEIGQGIHGYCLRTGFDSNTHINSVLVSMYARCGCMNSAYKVFNDLSYPDLVTCSALISGFSQSGDYRNALISFKNINSSSKKPDSILLSILLAVASQLVNLTPGVEIHGYAIRHNLQTVMVSSALIDMYSKCG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G426340
TK1151 IDTkA07G426340
OH-1004 IDLXL04_030729
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)98.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 46.660
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G426340
位置Chr07:107798238-107804170 (-)
描述Similar to PCMP-E65: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g64310
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g64310 假定的含有五三基重复序列的蛋白 At1g64310。 暂无已核实直接文献
At3g57430 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At3g15130 推定含五聚重复序列蛋白 At3g15130。 暂无已核实直接文献
At2g03380 含五肽重复序列的蛋白 At2g03380，线粒体。 暂无已核实直接文献
At5g39350 含五肽重复的蛋白 At5g39350。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030729 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:1900864 mitochondrial RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G64310
ath:AT2G03380
ath:AT3G12770
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.641
排名 1 · TkA07G426340 · TK1151
质体0.167
排名 2 · TkA07G426340 · TK1151
细胞核0.058
排名 3 · TkA07G426340 · TK1151
细胞质0.029
排名 4 · TkA07G426340 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkA07G426340 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_21-21 aa
PF17177PPR_long2-76 aa
PF12854PPR_17-18 aa
PF13812PPR_37-20 aa
PF13041PPR_244-74 aa
PF29070MSC6_N44-74 aa
PF13812PPR_346-73 aa
PF01535PPR47-74 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G426340PF13041PPR_21219.1e-37125.7
TkA07G426340PF17177PPR_long2760.001318.9
TkA07G426340PF12854PPR_17183.7e-2072.1
TkA07G426340PF13812PPR_37202.4e-1041.1
TkA07G426340PF13041PPR_244749.1e-37125.7
TkA07G426340PF29070MSC6_N44741.6e-0628.2
TkA07G426340PF13812PPR_346732.4e-1041.1
TkA07G426340PF01535PPR47745.8e-39130.3
TkA07G426340PF12854PPR_148703.7e-2072.1
TkA07G426340PF23276TPR_2460991.5e-0525.6
TkA07G426340PF13041PPR_2751219.1e-37125.7
TkA07G426340PF12854PPR_175993.7e-2072.1
TkA07G426340PF01535PPR791065.8e-39130.3
TkA07G426340PF12854PPR_11331373.7e-2072.1
TkA07G426340PF20431E_motif1491640.0006620.6
TkA07G426340PF01535PPR1511715.8e-39130.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C7V5拟南芥sp|Q9C7V5|PP104_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g6431048.900%Swiss-Prot中等置信
Q7Y211拟南芥sp|Q7Y211|PP285_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic33.800%Swiss-Prot中等置信
P0C898拟南芥sp|P0C898|PP232_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1513033.200%Swiss-Prot中等置信
Q9ZQ74拟南芥sp|Q9ZQ74|PP146_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03380, mitochondrial32.800%Swiss-Prot中等置信
Q9FLZ9拟南芥sp|Q9FLZ9|PP405_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g3935033.400%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看