基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
TkA07G425000
当前版本: TK1151
染色体: Chr07
坐标: 107458985-107461768
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1462 bp · TkA07G425000|TK1151|cDNA
AGAAAGCCCAAATATTTGCACCGGTTATTCGTCATTCATCAGTCGTCATCTTCCCGGAAATCCTGTTCACAAAAATAACTTTTTCATTACAAAAAAGAAAAAATTAATAAATTTCACCAAATTGACCATCACCATTTTCGACTCTTTCTCCTCTCTCTCACACACACTACTGTGTGCGTTACTCTCTTCTTCCCTCCCTCTGTCAGTCGTTCATAACCAACTCAAGCCTAGGGTTTTCTCCAAGTAGCTCCTTTCCTCTT...
CDS
下载 CDS FASTA1098 bp · TkA07G425000|TK1151|CDS
ATGGCGATCACAGGCGCAGGTTTTAAGTGGTACGATGGATTCTTTCTATCAATGCTAGCGTTCAGCATCGTCATGGTCGGCTTGAGTTGGAACCGTTACCATCTCTGTAAATTACCATTACACCTCTGGATATCGGTCGATTACGCCGCGGTGTTTGTTTTCCGCCTCTTGATGTTCGTGGACAATGCGATTGCAGCTCAAGTCCGATTGGATTTTGGCCGACAACTAAGCGGCGGTAATCTTTTTGGAAGAATTGTTGT...
365 aa · TkA07G425000|TK1151|PROTEIN
MAITGAGFKWYDGFFLSMLAFSIVMVGLSWNRYHLCKLPLHLWISVDYAAVFVFRLLMFVDNAIAAQVRLDFGRQLSGGNLFGRIVVLSILYAILYPFLWAWTFVGTVWFAGARNCLPEKNQKWGFLVWLLFSFCGLICLAGNFGKKWLTRRQAHLRRVPHGTRISEYRVLLNMIRQPDWVFEPTGQEMRGFDFDQDAAPYNLGTDLSESQRAAVETAIQRLPVFILKAVPTDCSDCPICLEEFRVGQGVRGLPCAHNFH...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | TkA07G425000 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA07G425000 |
| OH-1004 ID | LXL04_030709 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系 |
| 蛋白一致性 (%) | 64.200 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 87.945 / OH-1004 88.556覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | TK1151 / GWHBCHF00000000 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | TkA07G425000 |
|---|---|
| 位置 | Chr07:107458985-107461768 (+) |
| 描述 | Similar to SIS3: E3 ubiquitin-protein ligase SIS3 |
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 | |
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · |
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006952 defense response 生物过程 GO:0009416 response to light stimulus 生物过程 GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0031982 vesicle 细胞组分 |
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT2G17730 ath:AT2G35910 ath:AT3G18930 ath:AT3G47990 ath:AT5G66070 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
内质网0.262
高尔基体0.258
溶酶体／液泡0.245
细胞质0.242
细胞膜0.189
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF26753SIS3_N11-160 aaPF19865DUF633872-159 aaPF13445zf-RING_UBOX114-122 aaPF13639zf-RING_2236-278 aaPF17123zf-RING_11236-264 aaPF14634zf-RING_5236-278 aaPF13920zf-C3HC4_3236-280 aaPF13923zf-C3HC4_2237-277 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TkA07G425000 | PF26753 | SIS3_N | 11 | 160 | 2.1e-62 | 210.1 |
| TkA07G425000 | PF19865 | DUF6338 | 72 | 159 | 0.21 | 11.8 |
| TkA07G425000 | PF13445 | zf-RING_UBOX | 114 | 122 | 7.5e-07 | 29.8 |
| TkA07G425000 | PF13639 | zf-RING_2 | 236 | 278 | 3.5e-14 | 53.5 |
| TkA07G425000 | PF17123 | zf-RING_11 | 236 | 264 | 2.1e-11 | 44.0 |
| TkA07G425000 | PF14634 | zf-RING_5 | 236 | 278 | 0.00037 | 21.1 |
| TkA07G425000 | PF13920 | zf-C3HC4_3 | 236 | 280 | 1.1 | 9.8 |
| TkA07G425000 | PF13923 | zf-C3HC4_2 | 237 | 277 | 1.3e-08 | 35.2 |
| TkA07G425000 | PF00097 | zf-C3HC4 | 237 | 277 | 4e-08 | 33.7 |
| TkA07G425000 | PF13445 | zf-RING_UBOX | 237 | 275 | 7.5e-07 | 29.8 |
| TkA07G425000 | PF08746 | zf-RING-like | 237 | 277 | 0.017 | 16.0 |
| TkA07G425000 | PF11793 | FANCL_C | 237 | 274 | 0.74 | 10.9 |
| TkA07G425000 | PF12861 | zf-ANAPC11 | 250 | 280 | 0.0052 | 17.5 |
| TkA07G425000 | PF12678 | zf-rbx1 | 254 | 278 | 1e-05 | 26.4 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q8GYT9 | 拟南芥 | sp|Q8GYT9|SIS3_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase SIS3 | 56.100% | Swiss-Prot | 高置信 |