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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G423770
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 107182625-107187399 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1776 bp · TkA07G423770|TK1151|cDNA

GGTACCGGTCATCTTCCCCCATTGTTCATCTTCCGCCTCTATCCTCCCTGTTTCTTCTTCACGTGAACCTCTCATCTGGTTCTTTCTTCACCGCCTCAACCCACGCATTAATCTTCTTTCCATTCATCATTAAATCAAGAAGCCAACACATCTCTGTAATCTCTGTACTCAAATCGACTCCAACAAGATTTACCTCCGTCATGGGCTGATATCAAGATCAAATCAATTAGAAGATGGGATCAAAATAACCCAATTAGAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

585 bp · TkA07G423770|TK1151|CDS

ATGGCGTCGTATGGAGGGACGACACAAAAGTGTAAGGCTTGTGAGAAGACTGTTTACTTGGTGGATGAACTGACTGTTGATAATAAAGTTTATCATAGGGCTTGTTTCAGATGCCACCATTGCAAGAGCACCCTCAAGTTGAGTAATTACAGCTCTTTTGAAGGAGTGTTATATTGTCAACCTCATTTTGATCAGCTCTTCAAATTAACCGGAAGTTTGGATAAGAGTTTTGAAGGTACCCCCAAAACGGTTCGAGTTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

194 aa · TkA07G423770|TK1151|PROTEIN

MASYGGTTQKCKACEKTVYLVDELTVDNKVYHRACFRCHHCKSTLKLSNYSSFEGVLYCQPHFDQLFKLTGSLDKSFEGTPKTVRVDRSSDHGQSNTRVSSMFGGTQDKCITCKKTVYPLEKVGVDGDAYHKACFKCSYGGCHISPSNYVAHEHQLYCKHHAAQLFMAKGNFSQFDKQHEPDNNNGVTENTTEV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G423770
TK1151 IDTkA07G423770
OH-1004 IDLXL04_030697
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 27.209
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G423770
位置Chr07:107182625-107187399 (+)
描述Similar to PCMP-H61: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g66520
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g10200 与肌动蛋白丝结合并促进交联成粗束。
Arabidopsis LIM proteins: a family of actin bundlers with distinct expression patterns and modes of regulation.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.075960
At2g39900 与肌动蛋白丝结合并促进交联成粗束。 暂无已核实直接文献
At3g55770 与肌动蛋白丝结合并促进交联成粗束。
Arabidopsis LIM proteins: a family of actin bundlers with distinct expression patterns and modes of regulation.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.075960
At2g45800 与肌动蛋白丝结合并促进交联成粗束。
Arabidopsis LIM proteins: a family of actin bundlers with distinct expression patterns and modes of regulation.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.075960

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030697 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G20540
ath:AT4G37380
ath:AT5G40405
ath:AT5G59200
ath:AT5G66520
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.761
排名 1 · TkA07G423770 · TK1151
细胞核0.223
排名 2 · TkA07G423770 · TK1151
细胞膜0.078
排名 3 · TkA07G423770 · TK1151
高尔基体0.043
排名 4 · TkA07G423770 · TK1151
线粒体0.036
排名 5 · TkA07G423770 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29858GP46_beta6-23 aa
PF17121zf-C3HC4_510-38 aa
PF17848Zn_ribbon_ACC10-19 aa
PF00412LIM11-66 aa
PF03966Trm112p11-22 aa
PF08782c-SKI_SMAD_bind33-45 aa
PF29858GP46_beta35-40 aa
PF17848Zn_ribbon_ACC36-45 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G423770PF29858GP46_beta6230.1612.8
TkA07G423770PF17121zf-C3HC4_510383.38.4
TkA07G423770PF17848Zn_ribbon_ACC10197.77.6
TkA07G423770PF00412LIM11662.1e-2073.5
TkA07G423770PF03966Trm112p11224.18.1
TkA07G423770PF08782c-SKI_SMAD_bind33454.28.3
TkA07G423770PF29858GP46_beta35400.1612.8
TkA07G423770PF17848Zn_ribbon_ACC36457.77.6
TkA07G423770PF03966Trm112p38594.18.1
TkA07G423770PF08782c-SKI_SMAD_bind991154.28.3
TkA07G423770PF29858GP46_beta1051150.1612.8
TkA07G423770PF17121zf-C3HC4_51081373.38.4
TkA07G423770PF17848Zn_ribbon_ACC1091187.77.6
TkA07G423770PF00412LIM1101642.1e-2073.5
TkA07G423770PF03966Trm112p1101594.18.1
TkA07G423770PF08782c-SKI_SMAD_bind1321584.28.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q94JX5拟南芥sp|Q94JX5|WLIM1_ARATH LIM domain-containing protein WLIM168.600%Swiss-Prot高置信
O04193拟南芥sp|O04193|WLI2A_ARATH LIM domain-containing protein WLIM2a58.300%Swiss-Prot高置信
Q9M047拟南芥sp|Q9M047|WLI2B_ARATH LIM domain-containing protein WLIM2b58.500%Swiss-Prot高置信
O80839拟南芥sp|O80839|PLI2A_ARATH LIM domain-containing protein PLIM2a52.300%Swiss-Prot高置信

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