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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G421120
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 106425402-106428248 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2064 bp · TkA07G421120|TK1151|cDNA

GATGTACTACTATGTACTGAATCAGCAAAAACTCCCCCTACTATTATCCCAAAATCATACACCTCAAATATCCATGGCCCACGTCTCGATGATGTGGAATCTCTACACGATGTTTTCATCTGGGGTGAAGGAACATGCGACAGACTGTTAGGCGGCGGAATCGGAATGTCTAATTCCAATTCCGCCAAAATCGATTCCCTTTCCCCAAAGGCATTAAAGCGAAGCATAGCTTTCGATGCAAGAAAAGTATCATGCGGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2046 bp · TkA07G421120|TK1151|CDS

GATGTACTACTATGTACTGAATCAGCAAAAACTCCCCCTACTATTATCCCAAAATCATACACCTCAAATATCCATGGCCCACGTCTCGATGATGTGGAATCTCTACACGATGTTTTCATCTGGGGTGAAGGAACATGCGACAGACTGTTAGGCGGCGGAATCGGAATGTCTAATTCCAATTCCGCCAAAATCGATTCCCTTTCCCCAAAGGCATTAAAGCGAAGCATAGCTTTCGATGCAAGAAAAGTATCATGCGGAAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

681 aa · TkA07G421120|TK1151|PROTEIN

DVLLCTESAKTPPTIIPKSYTSNIHGPRLDDVESLHDVFIWGEGTCDRLLGGGIGMSNSNSAKIDSLSPKALKRSIAFDARKVSCGSKHAVLITKQGEVYSWGEGSGGRLGHGTESDIPIPKLIDDLSRSNIEMVACGENHTLALTQSGDVYTWGEIISPGTGTGIGISHWIPGKIGGPLEGINVKFISCGPWHSAIITSEGVLFTFGDGTFGALGHGDTATIYHPKPVQSLIDKKTVKVSCGFWHTAAIVQIDGSSSTK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G421120
TK1151 IDTkA07G421120
OH-1004 IDLXL04_030647
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)94.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 79.837
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G421120
位置Chr07:106425402-106428248 (+)
描述Similar to PRAF1: PH, RCC1 and FYVE domains-containing protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g76950 能结合磷脂酸和磷脂肌醇类，如PtdIns3P、PtdIns(3,4)P(2)、PtdIns(3,4,5)P(3)和PtdIns(4,5)P(2)。 暂无已核实直接文献
At5g63860 UV-B 特异性信号成分，充当 UV-B 光感受器，在植物中建立紫外线防护反应中发挥关键作用。
A UV-B-specific signaling component orchestrates plant UV protection.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0507187102
UV-B promotes rapid nuclear translocation of the Arabidopsis UV-B specific signaling component UVR8 and activates its function in the nucleus.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.053330
UV-B signaling pathways with different fluence-rate response profiles are distinguished in mature Arabidopsis leaf tissue by requirement for UVR8, HY5, and HYH.2008 · DOI: 10.1104/pp.107.108456
Interaction of COP1 and UVR8 regulates UV-B-induced photomorphogenesis and stress acclimation in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1038/emboj.2009.4
UVR8 in Arabidopsis thaliana regulates multiple aspects of cellular differentiation during leaf development in response to ultraviolet B radiation.2009 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2009.02855.x
Negative feedback regulation of UV-B-induced photomorphogenesis and stress acclimation in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0914532107
Functional interaction of the circadian clock and UV RESISTANCE LOCUS 8-controlled UV-B signaling pathways in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04573.x
Perception of UV-B by the Arabidopsis UVR8 protein.2011 · DOI: 10.1126/science.1200660
UVR8 mediates UV-B-induced Arabidopsis defense responses against Botrytis cinerea by controlling sinapate accumulation.2012 · DOI: 10.1093/mp/sss025
C-terminal region of the UV-B photoreceptor UVR8 initiates signaling through interaction with the COP1 protein.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1210898109
In vivo function of tryptophans in the Arabidopsis UV-B photoreceptor UVR8.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.101451
The UV-B photoreceptor UVR8 promotes photosynthetic efficiency in Arabidopsis thaliana exposed to elevated levels of UV-B.2012 · DOI: 10.1007/s11120-012-9785-y
At5g60870 与 ATM 协同调节 DNA 损伤反应。
The RCC1 family protein RUG3 is required for splicing of nad2 and complex I biogenesis in mitochondria of Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04658.x
RUG3 and ATM synergistically regulate the alternative splicing of mitochondrial nad2 and the DNA damage response in Arabidopsis thaliana.2017 · DOI: 10.1038/srep43897
RUG3 is a negative regulator of plant responses to ABA in Arabidopsis thaliana.2017 · DOI: 10.1080/15592324.2017.1333217

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030647 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0006974 DNA damage response 生物过程
GO:0007283 spermatogenesis 生物过程
GO:0009411 response to UV 生物过程
GO:0009649 entrainment of circadian clock 生物过程
GO:0010224 response to UV-B 生物过程
GO:0010374 stomatal complex development 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0045746 negative regulation of Notch signaling pathway 生物过程
GO:0050821 protein stabilization 生物过程
GO:0000785 chromatin 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G76950
ath:AT5G63860
mmu:15204
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.539
排名 1 · TkA07G421120 · TK1151
细胞核0.299
排名 2 · TkA07G421120 · TK1151
细胞膜0.188
排名 3 · TkA07G421120 · TK1151
溶酶体／液泡0.060
排名 4 · TkA07G421120 · TK1151
高尔基体0.058
排名 5 · TkA07G421120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25390WD40_RLD37-399 aa
PF00415RCC137-93 aa
PF13540RCC1_237-46 aa
PF13540RCC1_281-106 aa
PF25384Alsin_RLD83-153 aa
PF07569Hira83-102 aa
PF00415RCC196-145 aa
PF07569Hira129-154 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G421120PF25390WD40_RLD373991.2e-78265.7
TkA07G421120PF00415RCC137935.1e-73242.2
TkA07G421120PF13540RCC1_237466.3e-43144.3
TkA07G421120PF13540RCC1_2811066.3e-43144.3
TkA07G421120PF25384Alsin_RLD831531.8e-1247.8
TkA07G421120PF07569Hira831020.1812.1
TkA07G421120PF00415RCC1961455.1e-73242.2
TkA07G421120PF07569Hira1291540.1812.1
TkA07G421120PF13540RCC1_21351556.3e-43144.3
TkA07G421120PF00415RCC11481985.1e-73242.2
TkA07G421120PF13540RCC1_21852136.3e-43144.3
TkA07G421120PF07569Hira1852050.1812.1
TkA07G421120PF00415RCC12012505.1e-73242.2
TkA07G421120PF25384Alsin_RLD2043211.8e-1247.8
TkA07G421120PF13540RCC1_22382716.3e-43144.3
TkA07G421120PF00415RCC12613075.1e-73242.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q947D2拟南芥sp|Q947D2|PRAF1_ARATH PH, RCC1 and FYVE domains-containing protein 140.900%Swiss-Prot中等置信
Q9FN03拟南芥sp|Q9FN03|UVR8_ARATH Ultraviolet-B receptor UVR834.100%Swiss-Prot低置信
Q9FJG9拟南芥sp|Q9FJG9|RUG3_ARATH RCC1 domain-containing protein RUG3, mitochondrial31.600%Swiss-Prot低置信

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