TkA07G409650 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G409650

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 103426576-103430029 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2778 bp · TkA07G409650|TK1151|cDNA

ATACCCTCCAACAAGATTTTCTAAACAAGGAATGAAGGCAGCGAATCTCGTGCGGCTACATAGTCCCCTTCCATCACCATCATCACACCAGAGGCCAGACAAGCACCGGAGAAGATTATGAGGAGAAAAATGAAGCTACACAGATAACATCATACCTCAATTTCATTCCCTCCTATGTTAATTTTACAGAAGAAAATGTCGACGAGAGGGAGCAGATCGGAGAAGGTAAAGAGGATCTTCCAGCAATTCGATTTGAACAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2487 bp · TkA07G409650|TK1151|CDS

ATGATCGACGTCCCCAACATTGTCGTTAAGAAAATGTCGACGAGAGGGAGCAGATCGGAGAAGGTAAAGAGGATCTTCCAGCAATTCGATTTGAACAGAGATGGTGGGCTTAACAGAGATGAAATGTCGGCCCTTGTTGTTGCTGTTAACCCTAGAGTTAGATTTAGCGATGAGCAAATTAGTGCTATCCTCGACGAGGTTTTCCGTACGTACGGCGATTTCATCGATACTGATAAAGGTCTTACTTACGATGGGCTGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

828 aa · TkA07G409650|TK1151|PROTEIN

MIDVPNIVVKKMSTRGSRSEKVKRIFQQFDLNRDGGLNRDEMSALVVAVNPRVRFSDEQISAILDEVFRTYGDFIDTDKGLTYDGLLRTYDDGAGDVDRDFEALALELKSDDDNDSNGNNNAHASSMGFEEASTSLVVDERVKSPEPQKQQRKATGAVSPNHGIIFDDTWKLLDDVEILIKRLKAKQLKDSKTKGEHSDAFSDPGWSRELGPSMEMNKQINWDETRHDYTIFVKELGVLRSRADGSRSREEAFDGHMAIG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G409650`
TK1151 ID	TkA07G409650
OH-1004 ID	LXL04_030522
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.275 / OH-1004 99.757 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G409650

位置 Chr07:103426576-103430029 (-)

描述 Similar to At1g05150: Uncharacterized TPR repeat-containing protein At1g05150

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g05150`	未表征的含TPR重复序列蛋白 At1g05150。	暂无已核实直接文献
`At2g32450`	未分类的含TPR重复序列的蛋白At2g32450。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030522 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000423 mitophagy 生物过程

GO:0000432 positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose 生物过程

GO:0001933 negative regulation of protein phosphorylation 生物过程

GO:0001934 positive regulation of protein phosphorylation 生物过程

GO:0006041 glucosamine metabolic process 生物过程

GO:0006110 regulation of glycolytic process 生物过程

GO:0006111 regulation of gluconeogenesis 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006493 protein O-linked glycosylation 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0010801 negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05150

ath:AT2G32450

rno:26295

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.381

排名 1 · TkA07G409650 · TK1151

细胞核0.292

排名 2 · TkA07G409650 · TK1151

细胞膜0.267

排名 3 · TkA07G409650 · TK1151

高尔基体0.106

排名 4 · TkA07G409650 · TK1151

内质网0.089

排名 5 · TkA07G409650 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23564EF-hand_FSTL115-55 aa

PF13499EF-hand_720-79 aa

PF00036EF-hand_122-46 aa

PF13405EF-hand_622-45 aa

PF13202EF-hand_524-45 aa

PF12968DUF385631-81 aa

PF24885TPR_NPHP3244-289 aa

PF07719TPR_2254-286 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G409650	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	15	55	0.18	12.9
TkA07G409650	`PF13499`	EF-hand_7	20	79	3.8e-06	27.9
TkA07G409650	`PF00036`	EF-hand_1	22	46	1.3e-05	25.1
TkA07G409650	`PF13405`	EF-hand_6	22	45	2.9e-05	24.1
TkA07G409650	`PF13202`	EF-hand_5	24	45	0.00011	22.3
TkA07G409650	`PF12968`	DUF3856	31	81	0.0079	16.9
TkA07G409650	`PF24885`	TPR_NPHP3	244	289	0.13	12.3
TkA07G409650	`PF07719`	TPR_2	254	286	1.2e-32	110.0
TkA07G409650	`PF23914`	TPR_CcmH_CycH	254	287	3e-07	31.1
TkA07G409650	`PF00515`	TPR_1	255	286	1.5e-30	104.5
TkA07G409650	`PF13428`	TPR_14	255	294	1.2e-17	63.3
TkA07G409650	`PF13181`	TPR_8	256	285	1.8e-27	93.8
TkA07G409650	`PF13432`	TPR_16	258	307	7.1e-19	68.6
TkA07G409650	`PF30154`	TPR_YpiA	258	277	0.1	13.4
TkA07G409650	`PF13424`	TPR_12	259	316	1.3e-17	64.4
TkA07G409650	`PF13374`	TPR_10	259	282	8.3e-11	42.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23052`	拟南芥	sp\|O23052\|Y1515_ARATH Uncharacterized TPR repeat-containing protein At1g05150	68.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q8S8L9`	拟南芥	sp\|Q8S8L9\|Y2245_ARATH Uncharacterized TPR repeat-containing protein At2g32450	68.200%	Swiss-Prot	高置信

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