TkA07G372210 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G372210

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 93345980-93350893 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1451 bp · TkA07G372210|TK1151|cDNA

AAAATCTTCACATAGATTAAAATACAAGTTACTATGCATGTGATACAAGCCAACAACGATAACTTTTTCTAAAGTCCAAAGTTTCAGCTCTGAAACTATCAAATCTGAATATTGGCCAAAACCCTCGGCCCTTCGTTCATTCTCACTCACCCAGCCGATGTGTTCGTTAACTTAAACCCTACATCGCCAAATTCAAGGATTTTGAGCTATAATTGTCACAAATACTTTGTAGATTTCTTCTCATTTTCTCTGCTACACAG...

CDS

下载 CDS FASTA

954 bp · TkA07G372210|TK1151|CDS

ATGTCTGTGAACCCTAAAATAGATTCAACAGATTCTGTTTCAGAACTAAAACACAAAATATTTAGCTCCAAAGATGCGCCAAAAAAGCATGTGGCATCAATCACCAAAAAAGAAGACAACCCCTTCGATTTCGTGCGAGTTTTGTTAGAGGGTGCTGTTTCTGGAGCTGCAGCTGGAGTTGTAGTGGAATCTGCTTTATATCCACTTGACACAATTAAAACTCGCCTTCAAGCAGTTCGTGGGGGAGGTCAAATTATCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

317 aa · TkA07G372210|TK1151|PROTEIN

MSVNPKIDSTDSVSELKHKIFSSKDAPKKHVASITKKEDNPFDFVRVLLEGAVSGAAAGVVVESALYPLDTIKTRLQAVRGGGQIIFKGLYSGLAGNLAGVLPASAIFIGVYEPTKQKLLKICPDNLSALAHLTAGAVGGAASSIIRVPTEVVKQRMQTGHFASAPDAVRLIVAKEGFKGLFAGYSSFLLRDLPFDAIQFCIYEQLRIGYKLAAKRNLSDPENAVIGAFAGAITGAVTTPLDVIKTRLMVQGSGNQYKSI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G372210`
TK1151 ID	TkA07G372210
OH-1004 ID	LXL04_022108
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	80.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.274 / OH-1004 86.018 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G372210

位置 Chr07:93345980-93350893 (+)

描述 Similar to SAMC1: S-adenosylmethionine carrier 1, chloroplastic/mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g39460`	转运蛋白参与通过膜的交换反应。	Molecular identification of an Arabidopsis S-adenosylmethionine transporter. Analysis of organ distribution, bacterial expression, reconstitution into liposomes, and functional characterization.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.086975 Arabidopsis SAMT1 defines a plastid transporter regulating plastid biogenesis and plant development.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.040741
`At1g34065`	可能的 S-腺苷甲硫氨酸（SAM）转运蛋白，能够催化跨膜的单向转运和交换反应。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022108 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0015805 S-adenosyl-L-methionine transport 生物过程

GO:1990543 mitochondrial S-adenosyl-L-methionine transmembrane transport 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0000095 S-adenosyl-L-methionine transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0180003 S-adenosyl-L-methionine:S-adenosyl-L-homocysteine antiporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G34065

ath:AT4G39460

dre:560478

sce:YNL003C

spo:2542695

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.818

排名 1 · TkA07G372210 · TK1151

质体0.089

排名 2 · TkA07G372210 · TK1151

细胞质0.048

排名 3 · TkA07G372210 · TK1151

过氧化物酶体0.026

排名 4 · TkA07G372210 · TK1151

细胞核0.021

排名 5 · TkA07G372210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00240ubiquitin6-29 aa

PF10439Bacteriocin_IIc46-66 aa

PF00153Mito_carr50-82 aa

PF05433Rick_17kDa_Anti50-64 aa

PF13436Gly-zipper_OmpA50-62 aa

PF13441Gly-zipper_YMGG51-62 aa

PF06897DUF126951-62 aa

PF06897DUF126983-138 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G372210	`PF00240`	ubiquitin	6	29	0.11	12.9
TkA07G372210	`PF10439`	Bacteriocin_IIc	46	66	3.2	8.5
TkA07G372210	`PF00153`	Mito_carr	50	82	5.9e-58	193.3
TkA07G372210	`PF05433`	Rick_17kDa_Anti	50	64	0.91	10.2
TkA07G372210	`PF13436`	Gly-zipper_OmpA	50	62	1.1	9.9
TkA07G372210	`PF13441`	Gly-zipper_YMGG	51	62	0.51	11.1
TkA07G372210	`PF06897`	DUF1269	51	62	5.5	8.1
TkA07G372210	`PF06897`	DUF1269	83	138	5.5	8.1
TkA07G372210	`PF00153`	Mito_carr	87	120	5.9e-58	193.3
TkA07G372210	`PF05433`	Rick_17kDa_Anti	93	100	0.91	10.2
TkA07G372210	`PF00153`	Mito_carr	126	207	5.9e-58	193.3
TkA07G372210	`PF13441`	Gly-zipper_YMGG	135	142	0.51	11.1
TkA07G372210	`PF05433`	Rick_17kDa_Anti	135	142	0.91	10.2
TkA07G372210	`PF13436`	Gly-zipper_OmpA	135	143	1.1	9.9
TkA07G372210	`PF00153`	Mito_carr	221	307	5.9e-58	193.3
TkA07G372210	`PF13441`	Gly-zipper_YMGG	222	237	0.51	11.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94AG6`	拟南芥	sp\|Q94AG6\|SAMC1_ARATH S-adenosylmethionine carrier 1, chloroplastic/mitochondrial	77.800%	Swiss-Prot	高置信
`F4HT41`	拟南芥	sp\|F4HT41\|SAMC2_ARATH Probable S-adenosylmethionine carrier 2, chloroplastic	76.500%	Swiss-Prot	高置信

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