TkA07G371350 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G371350

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 93147272-93152158 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2359 bp · TkA07G371350|TK1151|cDNA

AACCTTCGCATAAACACCAGCCAGAGAAGTAGAGAACCATGATATTAACACCGGCGCCACTTCCACCGCCGCTTTTTCCCTCCACGCGCCACCGCGTACGGCAAACAACAGCATATTTCAATCGGCAAACAAATTTTGCTCTTCCACGAACAGCTGTTTCCGCGGTAGTCCGTGAAGTGGACAACTTTACAGAATCATCCGGTTATCTATTTGAACTCAGCACGTCGGAGGCCGAATCCTTGACGGATTACAACATCTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1320 bp · TkA07G371350|TK1151|CDS

ATGCAGGAGATGGATTACGTTAATGAAGCCAAAAATGGAGTTAGATTCAGAGAGCTATATGGCAGTCTAAAGGATGTTATAGTTCCAACTATGTATATAGAAAATACAACTCGTAAAGTCCTTACCATGCAGTGGATAGAGGGTCAGAAGCTATCTGAAGTGAAGGATCTTTATCTAGTTGAGATTGGAGTTTATTGCTCATTTAATCAACTTTTAGAATATGGTTTTTATCATGCGGACCCACACCCTGGAAACCTACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

439 aa · TkA07G371350|TK1151|PROTEIN

MQEMDYVNEAKNGVRFRELYGSLKDVIVPTMYIENTTRKVLTMQWIEGQKLSEVKDLYLVEIGVYCSFNQLLEYGFYHADPHPGNLLRTYDGKLAYLDFGMMGEFKQELRDGFIQACLHLVNKDYDALAKDFVTLGLLPATADKDAVTKALTGVFQNAVSKGVQNISFGDLSGNLGTTMYKFKFQIPSYFSLVIRSLAVLEGIAINNDPNYKVLGGTYPWIARKVLTDSSPQLRSSLQALLYENGVFRIDRLESLLSESL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G371350`
TK1151 ID	TkA07G371350
OH-1004 ID	LXL04_022203
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	38.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 82.688 / OH-1004 51.389 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G371350

位置 Chr07:93147272-93152158 (-)

描述 Similar to ABC1K3: Protein ACTIVITY OF BC1 COMPLEX KINASE 3, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g71810`	未表征的含 aarF 结构域的蛋白激酶 At1g71810，叶绿体的。	暂无已核实直接文献
`At1g79600`	激酶可以磷酸化生育酚环化酶 VTE1，这是生育酚代谢的关键酶，参与氧化 α-生育酚醌的再循环，可能将其稳定在质体球中。	A chloroplast ABC1-like kinase regulates vitamin E metabolism in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.218644 Loss of plastoglobule kinases ABC1K1 and ABC1K3 causes conditional degreening, modified prenyl-lipids, and recruitment of the jasmonic acid pathway.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.111120
`At4g31390`	激酶可以磷酸化生育酚环化酶 VTE1，这是生育酚代谢的关键酶，参与氧化 α-生育酚醌的再循环，可能将其稳定在质体球中。	AtACDO1, an ABC1-like kinase gene, is involved in chlorophyll degradation and the response to photooxidative stress in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1093/jxb/ers072 Loss of plastoglobule kinases ABC1K1 and ABC1K3 causes conditional degreening, modified prenyl-lipids, and recruitment of the jasmonic acid pathway.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.111120 ABC1K1/PGR6 kinase: a regulatory link between photosynthetic activity and chloroplast metabolism.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12385

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022203 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006995 cellular response to nitrogen starvation 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009644 response to high light intensity 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009767 photosynthetic electron transport chain 生物过程

GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程

GO:0010109 regulation of photosynthesis 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0015996 chlorophyll catabolic process 生物过程

GO:0031540 regulation of anthocyanin biosynthetic process 生物过程

GO:0050821 protein stabilization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G71810

ath:AT1G79600

ath:AT4G31390

syn:sll0005

syn:slr1919

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.981

排名 1 · TkA07G371350 · TK1151

线粒体0.031

排名 2 · TkA07G371350 · TK1151

过氧化物酶体0.019

排名 3 · TkA07G371350 · TK1151

细胞质0.018

排名 4 · TkA07G371350 · TK1151

细胞膜0.014

排名 5 · TkA07G371350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03109ABC12-130 aa

PF01636APH72-103 aa

PF27536UbiB_helical157-209 aa

PF30507ABC1K3_C294-360 aa

PF01636APH345-406 aa

PF30507ABC1K3_C403-438 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G371350	`PF03109`	ABC1	2	130	3.9e-33	115.3
TkA07G371350	`PF01636`	APH	72	103	0.0085	16.6
TkA07G371350	`PF27536`	UbiB_helical	157	209	4.2e-06	27.0
TkA07G371350	`PF30507`	ABC1K3_C	294	360	1.2e-07	32.9
TkA07G371350	`PF01636`	APH	345	406	0.0085	16.6
TkA07G371350	`PF30507`	ABC1K3_C	403	438	1.2e-07	32.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94BU1`	拟南芥	sp\|Q94BU1\|Y1181_ARATH Uncharacterized aarF domain-containing protein kinase At1g71810, chloroplastic	67.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9MA15`	拟南芥	sp\|Q9MA15\|AB1K3_ARATH Protein ACTIVITY OF BC1 COMPLEX KINASE 3, chloroplastic	42.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8RWG1`	拟南芥	sp\|Q8RWG1\|AB1K1_ARATH Protein ACTIVITY OF BC1 COMPLEX KINASE 1, chloroplastic	38.100%	Swiss-Prot	中等置信

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