RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G366790
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 91890766-91892740 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1317 bp · TkA07G366790|TK1151|cDNA

AAACATGAATAAGAAAATAGAATTATGAAATGACAAACACACCCTTGCACATCGGAAAACACGCGCCCCTTTTATTTCTCTTCAATATCTCTCCGTGGAACAAGAAAGTGCCATGCCTGCACTTCACCTGCCGCTGCCCAAAACCTGGTGCTGACTTTATGGACCCCAAGTTCGCCGGAAAACCAATCGCCGCCACCTCATATTACGGCGGTGGACGGATGGACATCGAACAGATGCCTGAAACACCCAACCGAGGCGCG...

CDS

下载 CDS FASTA

537 bp · TkA07G366790|TK1151|CDS

ATGGATGGGTCTGCTGCGTCGTCGTTTGAAGGGGATTCGATGTTGATGATGCTGGATAATTCCAAGAAAGCACTTGCACCTGATAAACTAGCCGAACTCGCTTTGATCGACCCCAAGAGAGCTAAAAGAATTCTTGCAAATAGACAATCAGCTGCCCGTTCAAAGGAGAGGAAAATAAGGTACACAAGTGAGTTGGAGAGAAAAGTACAAACTCTTCAAAATGAGGCAACAACATTGTCTACCCAAGTCACAATGTTACA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

178 aa · TkA07G366790|TK1151|PROTEIN

MDGSAASSFEGDSMLMMLDNSKKALAPDKLAELALIDPKRAKRILANRQSAARSKERKIRYTSELERKVQTLQNEATTLSTQVTMLQRDTTGLTSENKELKLRLQAMEQQAKLRDALNETLRAEVQRLKIETGQLPPHNGMNMSYNRSLPPQYSSNPKHINILVIRISTATTTAESAA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G366790
TK1151 IDTkA07G366790
OH-1004 IDLXL04_031241
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)73.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 88.764 / OH-1004 47.706
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G366790
位置Chr07:91890766-91892740 (-)
描述Similar to VIP1: Transcription factor VIP1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g43700 被MPK3磷酸化／激活后，特异性结合TRX8、MYB44等胁迫相关基因中的VIP1应答元件（VRE）DNA序列5′-ACNGCT-3′的转录激活因子。
Isolation and characterization of low-sulphur-tolerant mutants of Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1093/jxb/erq161
At2g40620 可能与 bZIP34 一起参与花粉发育的配子体控制的转录因子。
Characterization of pollen-expressed bZIP protein interactions and the role of ATbZIP18 in the male gametophyte.2017 · DOI: 10.1007/s00497-016-0295-5
At2g31370 推测具有激活作用的转录因子。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0336200 转录因子可能参与维管发育和芽组织组织。
RF2b, a rice bZIP transcription activator, interacts with RF2a and is involved in symptom development of rice tungro disease.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0307687100
Os09g0516200 转录因子可能参与维管发育和芽组织组织。
Transcription factor RF2a alters expression of the rice tungro bacilliform virus promoter in transgenic tobacco plants.2001 · DOI: 10.1073/pnas.121186398
Functional analysis of RF2a, a rice transcription factor.2003 · DOI: 10.1074/jbc.m304862200
RF2b, a rice bZIP transcription activator, interacts with RF2a and is involved in symptom development of rice tungro disease.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0307687100
RF2a, a bZIP transcriptional activator of the phloem-specific rice tungro bacilliform virus promoter, functions in vascular development.1997 · DOI: 10.1093/emboj/16.17.5247
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031241 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0007231 osmosensory signaling pathway 生物过程
GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程
GO:0009652 thigmotropism 生物过程
GO:0009970 cellular response to sulfate starvation 生物过程
GO:0045596 negative regulation of cell differentiation 生物过程
GO:0051170 import into nucleus 生物过程
GO:1902358 sulfate transmembrane transport 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G43700
ath:AT2G31370
ath:AT2G40620
dosa:Os03g0336200
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.959
排名 1 · TkA07G366790 · TK1151
细胞质0.101
排名 2 · TkA07G366790 · TK1151
细胞膜0.032
排名 3 · TkA07G366790 · TK1151
内质网0.014
排名 4 · TkA07G366790 · TK1151
质体0.011
排名 5 · TkA07G366790 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13721SecD-TM18-29 aa
PF28533DUF842914-112 aa
PF14932HAUS-augmin318-126 aa
PF03131bZIP_Maf30-100 aa
PF07716bZIP_237-88 aa
PF00170bZIP_139-97 aa
PF08614ATG1639-111 aa
PF29310ZK65244-115 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G366790PF13721SecD-TM18290.1413.3
TkA07G366790PF28533DUF8429141120.1512.7
TkA07G366790PF14932HAUS-augmin3181260.005616.9
TkA07G366790PF03131bZIP_Maf301000.001819.5
TkA07G366790PF07716bZIP_237887e-0833.1
TkA07G366790PF00170bZIP_139971.3e-0938.7
TkA07G366790PF08614ATG16391110.009616.8
TkA07G366790PF29310ZK652441150.1712.6
TkA07G366790PF14197Cep57_CLD_246793.38.6
TkA07G366790PF26666DUF8221471010.01815.9
TkA07G366790PF14662KASH_CCD481300.01116.4
TkA07G366790PF28726CCDC110501320.007415.8
TkA07G366790PF25450Rab11-FIP3501220.09913.6
TkA07G366790PF07989Cnn_1N50890.312.0
TkA07G366790PF01496V_ATPase_I501150.548.8
TkA07G366790PF26095CC_Bre1501100.8310.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9MA75拟南芥sp|Q9MA75|VIP1_ARATH Transcription factor VIP164.700%Swiss-Prot高置信
O22873拟南芥sp|O22873|BZP18_ARATH bZIP transcription factor 1869.900%Swiss-Prot高置信
Q04088拟南芥sp|Q04088|POF21_ARATH Probable transcription factor PosF2162.600%Swiss-Prot高置信
Q6S4P4水稻sp|Q6S4P4|RF2B_ORYSJ Transcription factor RF2b65.900%Swiss-Prot高置信
Q69IL4水稻sp|Q69IL4|RF2A_ORYSJ Transcription factor RF2a75.700%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看