RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G357060
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 89440025-89442371 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1468 bp · TkA07G357060|TK1151|cDNA

TTTTTTGAAAACAGGTAATGTCGCGATCCAAAGTACATCGAGTTAAAGCATATGCAGTCGACATACTCTTTTTGGCTATTCCCCATCACATTCCCTCGCCTGTAAATCATCAGGCCCCTTTTGAATTCTTCCACATCGATTCTTCCCATAGTTGTCGCCATTTCTTCACTAGCCCCACCTCCGATTACCCTTCACTTTCACTCACTCTCTTTCCATTACTCCCTTCTCCGATCGAAATTGCTCTTCGTTCCATAATCGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

822 bp · TkA07G357060|TK1151|CDS

ATGAGTTTTCAAGATATTGAAGCGGGTCGCCCGCTCAATTCTCGCCGTGCAGCCTACACGGGGATGAAACAACAAGACCCAACCCAAGCTATTGCTTCTGGGATCTTCCAGATCAATACTGCTGTATCTACGTTTCAGAGGCTAGTAAATACCATCGGTACCCCTAAAGACACCCCCGAGCTTCGAGACAAACTGCACAAAACAAGACTACATATTGGGCAACTGGTGAAGGACACATCTGAGAAACTCAAGCAAGCTAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

273 aa · TkA07G357060|TK1151|PROTEIN

MSFQDIEAGRPLNSRRAAYTGMKQQDPTQAIASGIFQINTAVSTFQRLVNTIGTPKDTPELRDKLHKTRLHIGQLVKDTSEKLKQASEVDHRTEVSASKKITDAKLAKDFQAVLKEFQKAQRLSAERETAYSPSVPQPILPSRNEASEDASSGTSPEQRALLVDRRQEVLLLDNEIAFNEAIIEERDQGIQEIQNQIGEVNEIFKDLAVLVHEQGTMIDDIGSNIENSHAATLQGKSHLAKASKTQRSNSSMTCLLFVIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G357060
TK1151 IDTkA07G357060
OH-1004 IDLXL04_029898
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G357060
位置Chr07:89440025-89442371 (-)
描述Similar to SYP22: Syntaxin-22
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g46860 可能在液泡组件中提供t-SNARE功能。
The occurrence of 'bulbs', a complex configuration of the vacuolar membrane, is affected by mutations of vacuolar SNARE and phospholipase in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04665.x
SGR1, SGR2, SGR3: novel genetic loci involved in shoot gravitropism in Arabidopsis thaliana.1996 · DOI: 10.1104/pp.110.3.945
At5g16830 可能在运输囊泡与前液泡膜的对接或融合中发挥作用。 暂无已核实直接文献
At4g17730 可能在运输囊泡与前液泡膜的对接或融合中发挥作用。 暂无已核实直接文献
At1g32270 在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029898 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程
GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程
GO:0006906 vesicle fusion 生物过程
GO:0008333 endosome to lysosome transport 生物过程
GO:0009597 detection of virus 生物过程
GO:0009660 amyloplast organization 生物过程
GO:0009959 negative gravitropism 生物过程
GO:0010118 stomatal movement 生物过程
GO:0016189 synaptic vesicle to endosome fusion 生物过程
GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G32270
ath:AT4G17730
ath:AT5G16830
ath:AT5G46860
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.315
排名 1 · TkA07G357060 · TK1151
细胞质0.299
排名 2 · TkA07G357060 · TK1151
溶酶体／液泡0.291
排名 3 · TkA07G357060 · TK1151
细胞膜0.180
排名 4 · TkA07G357060 · TK1151
内质网0.141
排名 5 · TkA07G357060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05473UL4526-50 aa
PF14523Syntaxin_228-151 aa
PF00015MCPsignal28-52 aa
PF07889DUF166429-51 aa
PF29732Syntaxin_R9BP37-86 aa
PF09548Spore_III_AB37-119 aa
PF14970TEDC154-121 aa
PF25398CUX1_N59-120 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G357060PF05473UL4526500.2811.5
TkA07G357060PF14523Syntaxin_2281518.1e-38130.2
TkA07G357060PF00015MCPsignal28520.01715.7
TkA07G357060PF07889DUF166429518.37.2
TkA07G357060PF29732Syntaxin_R9BP37864.3e-0627.2
TkA07G357060PF09548Spore_III_AB371190.01815.6
TkA07G357060PF14970TEDC1541210.05514.5
TkA07G357060PF25398CUX1_N591200.06214.0
TkA07G357060PF07889DUF166460968.37.2
TkA07G357060PF25994HH_AprE611010.07213.9
TkA07G357060PF20667Sec10_N721212.09.3
TkA07G357060PF05739SNARE74872.6e-2692.0
TkA07G357060PF00015MCPsignal75970.01715.7
TkA07G357060PF00957Synaptobrevin77880.3111.7
TkA07G357060PF28258MSC_0620_UU052881100.649.2
TkA07G357060PF06024Orf7890940.1912.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P93654拟南芥sp|P93654|SYP22_ARATH Syntaxin-2260.600%Swiss-Prot高置信
Q39233拟南芥sp|Q39233|SYP21_ARATH Syntaxin-2157.900%Swiss-Prot高置信
O04378拟南芥sp|O04378|SYP23_ARATH Syntaxin-2360.800%Swiss-Prot高置信
Q9C615拟南芥sp|Q9C615|SYP24_ARATH Putative syntaxin-2460.400%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看