TkA07G345980 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G345980

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 86477801-86485936 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

7950 bp · TkA07G345980|TK1151|cDNA

TTTGGATATGGGTTTTTTAGTTTCCGGTTCGATTTCTGCCCGTACTACCAAAAAGGTTATCTTTCTAAATCACAAAAAACTGTTCACTCCTAGAGTGTCAGAATGTCCCCCATTTCTACCATAAACAGACTCTTCTTATCCTTTGTTCATCTCTTTTGTTCGAATAGGAGTAGGGTTTAGCTACAACGGTTTCGCGAATCAGGTGATTGCTTTTTACTAATTTACTTACACATCCACCGTTTTATCTTGTGATATTCATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1017 bp · TkA07G345980|TK1151|CDS

ATGTTCCGCTCAAGGGATCTCAAATATCGCGTGGGCCCTCTCGAAATCGGAGGCGAGCTTCTTTACGTGTCTGAAATGGACCGAGTTGCAGAAGTCGCGTTGACCAAAGTTGACCAGTTCAATTCCCAAAATGTCGCGAATGTTTCCGGTGCTTTTGCATCCATGCAGCATTCCGCTCCAGGGTTATTTTCGGAATTATCAAAAAGAGGTTCGGAAATTGTCTCCACTTTTCTACCTCAAGAACTTGCTCAAGTCCTATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

338 aa · TkA07G345980|TK1151|PROTEIN

MFRSRDLKYRVGPLEIGGELLYVSEMDRVAEVALTKVDQFNSQNVANVSGAFASMQHSAPGLFSELSKRGSEIVSTFLPQELAQVLWAFASLFEPADLLLSSLDNVYQNTLQFTCKKTPNPNLEPSKDENTLPVLEFNRDEIGNICWSYAVLGEMNRTFFFNIWKTLENFEEQNVSEQYREDIMFATQVHLVNQCLKVEYPHLSLCLKTEIEDKIIRAGKTTRFNQKITSSFQKEVARLLVSTGVDWIREYVVDGYTLDA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G345980`
TK1151 ID	TkA07G345980
OH-1004 ID	LXL04_029771
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.858 / OH-1004 50.077 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G345980

位置 Chr07:86477801-86485936 (-)

描述 Similar to RAP: RAP domain-containing protein, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g31890`	RNA 结合蛋白，参与叶绿体 16S rRNA 成熟，这是支持叶绿体基因表达和生物发生的重要过程。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0425000`	可能的RNA结合蛋白，在叶绿体发育中起重要作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029771 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0044528 regulation of mitochondrial mRNA stability 生物过程

GO:1901259 chloroplast rRNA processing 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0035770 ribonucleoprotein granule 细胞组分

GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分

GO:0042646 plastid nucleoid 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G31890

dosa:Os03g0425000

osa:4333151

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.488

排名 1 · TkA07G345980 · TK1151

细胞质0.226

排名 2 · TkA07G345980 · TK1151

细胞核0.167

排名 3 · TkA07G345980 · TK1151

质体0.105

排名 4 · TkA07G345980 · TK1151

过氧化物酶体0.049

排名 5 · TkA07G345980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26188RESC626-92 aa

PF07671DUF160137-47 aa

PF07671DUF160175-86 aa

PF18741MTES_1575232-311 aa

PF04480DUF559243-308 aa

PF08373RAP269-325 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G345980	`PF26188`	RESC6	26	92	2.9e-05	24.0
TkA07G345980	`PF07671`	DUF1601	37	47	0.09	13.3
TkA07G345980	`PF07671`	DUF1601	75	86	0.09	13.3
TkA07G345980	`PF18741`	MTES_1575	232	311	1.5e-07	32.1
TkA07G345980	`PF04480`	DUF559	243	308	0.00097	19.7
TkA07G345980	`PF08373`	RAP	269	325	6.9e-18	65.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZE7`	拟南芥	sp\|Q8VZE7\|RAP_ARATH RAP domain-containing protein, chloroplastic	64.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q84MH1`	水稻	sp\|Q84MH1\|RAP_ORYSJ RAP domain-containing protein, chloroplastic	57.800%	Swiss-Prot	高置信

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