TkA07G344000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G344000

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 85902982-85903743 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

732 bp · TkA07G344000|TK1151|cDNA

ATGGGGTTGCCGATCACCGGAAAGCTGGACACAAATACTGTCACTCAAATCATGTCACCACGGTGTGGCGTCTCAGACAATTCCAACCGGAAACATAAAATCCACGTGAGTAAACATTACGCGTTCTTTTCCGGTGAGCCAAGGTGGAGGAAACCGGCGAAGTCGGAGACACTGACGCTAACGTACGCTTTCTCCGACAGCCATATGATTGATTACATTAGTTCTTTCGCGCGGTGGGCTTCGACGATCCCTGTGAGCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

732 bp · TkA07G344000|TK1151|CDS

ATGGGGTTGCCGATCACCGGAAAGCTGGACACAAATACTGTCACTCAAATCATGTCACCACGGTGTGGCGTCTCAGACAATTCCAACCGGAAACATAAAATCCACGTGAGTAAACATTACGCGTTCTTTTCCGGTGAGCCAAGGTGGAGGAAACCGGCGAAGTCGGAGACACTGACGCTAACGTACGCTTTCTCCGACAGCCATATGATTGATTACATTAGTTCTTTCGCGCGGTGGGCTTCGACGATCCCTGTGAGCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

243 aa · TkA07G344000|TK1151|PROTEIN

MGLPITGKLDTNTVTQIMSPRCGVSDNSNRKHKIHVSKHYAFFSGEPRWRKPAKSETLTLTYAFSDSHMIDYISSFARWASTIPVSFTQVDDYREADIKIAFYQGDHGDGVAFDGVLGVLAHAFSPENGRLHLDKAETWAVDFKSSKSNVAVDLESVATHEIGHILGLAHSSVQEAIMYPSLGPRTRKVDLKIDDVKGIQALYGSNPDFRYTPSMESDISSVTRHRIEKWVKWVTCLVLLVGL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G344000`
TK1151 ID	TkA07G344000
OH-1004 ID	LXL04_006007
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	69.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.588 / OH-1004 60.784 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G344000

位置 Chr07:85902982-85903743 (-)

描述 Similar to 1MMP: Metalloendoproteinase 1-MMP

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45040`	基质金属蛋白酶（MMPs）或基质蛋白酶可能在发育过程中或应对胁迫时参与细胞外基质（ECM）的降解和重塑（相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At4g16640`	基质金属蛋白酶（MMPs）或基质酶可能在发育过程中或应对压力时参与胞外基质（ECM）的降解和重塑。	暂无已核实直接文献
`At1g70170`	基质金属蛋白酶（MMPs）或基质蛋白酶可能在发育过程中或应对胁迫时参与细胞外基质（ECM）的降解和重塑（相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At1g24140`	基质金属蛋白酶（MMPs）或基质蛋白酶可能在发育过程中或应对胁迫时参与细胞外基质（ECM）的降解和重塑（相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At1g59970`	基质金属蛋白酶（MMPs）或基质蛋白酶可能在发育过程中或应对胁迫时参与细胞外基质（ECM）的降解和重塑（相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006007 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0030198 extracellular matrix organization 生物过程

GO:0030574 collagen catabolic process 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0080186 developmental vegetative growth 生物过程

GO:1900056 negative regulation of leaf senescence 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G24140

ath:AT1G59970

ath:AT1G70170

ath:AT2G45040

ath:AT4G16640

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.285

排名 1 · TkA07G344000 · TK1151

细胞外0.251

排名 2 · TkA07G344000 · TK1151

内质网0.121

排名 3 · TkA07G344000 · TK1151

细胞膜0.100

排名 4 · TkA07G344000 · TK1151

细胞质0.099

排名 5 · TkA07G344000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13582Reprolysin_371-171 aa

PF00413Peptidase_M1074-204 aa

PF13688Reprolysin_5138-172 aa

PF12388Peptidase_M57147-172 aa

PF05572Peptidase_M43148-171 aa

PF16313DUF4953154-171 aa

PF13583Reprolysin_4158-175 aa

PF07998Peptidase_M54159-181 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G344000	`PF13582`	Reprolysin_3	71	171	0.00071	20.8
TkA07G344000	`PF00413`	Peptidase_M10	74	204	4e-46	157.5
TkA07G344000	`PF13688`	Reprolysin_5	138	172	0.044	14.7
TkA07G344000	`PF12388`	Peptidase_M57	147	172	0.0093	16.4
TkA07G344000	`PF05572`	Peptidase_M43	148	171	0.13	12.9
TkA07G344000	`PF16313`	DUF4953	154	171	0.012	15.6
TkA07G344000	`PF13583`	Reprolysin_4	158	175	0.085	13.2
TkA07G344000	`PF07998`	Peptidase_M54	159	181	0.052	14.2
TkA07G344000	`PF12044`	Metallopep	159	178	0.2	10.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GWW6`	拟南芥	sp\|Q8GWW6\|4MMP_ARATH Metalloendoproteinase 4-MMP	56.900%	Swiss-Prot	高置信
`O23507`	拟南芥	sp\|O23507\|1MMP_ARATH Metalloendoproteinase 1-MMP	56.400%	Swiss-Prot	高置信
`O04529`	拟南芥	sp\|O04529\|2MMP_ARATH Metalloendoproteinase 2-MMP	45.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5XF51`	拟南芥	sp\|Q5XF51\|3MMP_ARATH Metalloendoproteinase 3-MMP	44.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZUJ5`	拟南芥	sp\|Q9ZUJ5\|5MMP_ARATH Metalloendoproteinase 5-MMP	42.400%	Swiss-Prot	中等置信

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