TkA07G309870 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G309870

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 77784206-77788834 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1506 bp · TkA07G309870|TK1151|cDNA

GTTTTGCACCACCCTCAGTTACATTTGTATGAGGCTTTTAGGGGAAGGGGTGGATGGTGGTCTAAATGGTGCATGCACCAAAGCCCGCAAATGGATTTTGGATCATGGCTCTGTCACCGCCATTCCATCATGGGGCAAAACATGGCTTTCCGAAGATTTATATTATCCTTATCCATTACTACAAGATTTAATGTGGGATAGTCTCTATATTTGCACTGAGCCTCTATTAAATCGCTGGCCATTAAATAAATTACGTCAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1455 bp · TkA07G309870|TK1151|CDS

ATGAACTATACTTACAACCTTACAATGAAATCAACTGGAAGAGCATACGTCATTTGTGTGCTAAGCTTATCATTTCAGGAAGATTTATATTATCCTTATCCATTACTACAAGATTTAATGTGGGATAGTCTCTATATTTGCACTGAGCCTCTATTAAATCGCTGGCCATTAAATAAATTACGTCAAAAAGCACTCGATACAACAATGAAACATATTCATTATGAAGATGAGAATAGCCGTTATATCACCATTGGTTCGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

484 aa · TkA07G309870|TK1151|PROTEIN

MNYTYNLTMKSTGRAYVICVLSLSFQEDLYYPYPLLQDLMWDSLYICTEPLLNRWPLNKLRQKALDTTMKHIHYEDENSRYITIGSVVKVLCMFACWVEEPNGVCFKKHIARIPDYIWVAEDGMKMQSFGSQEWDASLAIQALLATDLTDEIGSTLMKGHQFIKASQVKDNPSRDFKSMHRHISKGSWSFSDQDHGWQSSDTTAEALKCCLLFSTMPPELVGENMKPEQLNDAVDVILSLQSKNGRLASWEPAGSSEWLE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G309870`
TK1151 ID	TkA07G309870
OH-1004 ID	LXL04_029395
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	90.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.628 / OH-1004 89.126 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G309870`
位置	Chr07:77784206-77788834 (+)
描述	Similar to OSCPNY1: Beta-amyrin synthase 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_029395` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0002238 response to molecule of fungal origin 生物过程 GO:0009723 response to ethylene 生物过程 GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程 GO:0010038 response to metal ion 生物过程 GO:0016104 triterpenoid biosynthetic process 生物过程 GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程 GO:0071731 response to nitric oxide 生物过程 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分 GO:0005811 lipid droplet 细胞组分 GO:0016866 intramolecular transferase activity 分子功能 GO:0042300 beta-amyrin synthase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ag:BAA33461 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.291

排名 1 · TkA07G309870 · TK1151

细胞质0.201

排名 2 · TkA07G309870 · TK1151

过氧化物酶体0.186

排名 3 · TkA07G309870 · TK1151

内质网0.154

排名 4 · TkA07G309870 · TK1151

细胞膜0.066

排名 5 · TkA07G309870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14123DUF429038-100 aa

PF13249SQHop_cyclase_N52-78 aa

PF07678TED_complement118-143 aa

PF13243SQHop_cyclase_C133-462 aa

PF20652Sec8_C140-227 aa

PF09492Pec_lyase143-172 aa

PF00432Prenyltrans218-324 aa

PF13249SQHop_cyclase_N225-245 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G309870	`PF14123`	DUF4290	38	100	0.098	12.9
TkA07G309870	`PF13249`	SQHop_cyclase_N	52	78	0.033	14.1
TkA07G309870	`PF07678`	TED_complement	118	143	0.00058	19.8
TkA07G309870	`PF13243`	SQHop_cyclase_C	133	462	4.2e-41	141.7
TkA07G309870	`PF20652`	Sec8_C	140	227	0.21	11.6
TkA07G309870	`PF09492`	Pec_lyase	143	172	0.01	15.9
TkA07G309870	`PF00432`	Prenyltrans	218	324	0.00021	21.6
TkA07G309870	`PF13249`	SQHop_cyclase_N	225	245	0.033	14.1
TkA07G309870	`PF07678`	TED_complement	229	262	0.00058	19.8
TkA07G309870	`PF09492`	Pec_lyase	285	325	0.01	15.9
TkA07G309870	`PF07678`	TED_complement	288	427	0.00058	19.8
TkA07G309870	`PF13249`	SQHop_cyclase_N	307	324	0.033	14.1
TkA07G309870	`PF13249`	SQHop_cyclase_N	310	375	0.033	14.1
TkA07G309870	`PF00432`	Prenyltrans	336	442	0.00021	21.6
TkA07G309870	`PF09492`	Pec_lyase	354	378	0.01	15.9
TkA07G309870	`PF09492`	Pec_lyase	409	437	0.01	15.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情