RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G299750
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 75387140-75390903 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1299 bp · TkA07G299750|TK1151|cDNA

GAAAAAAAAGAAAAAAACAGAAAAAATATTGTGTCATTTGGGCAAACCCTTTTAAGATGCCCTAAAAAATACCAACGCACAACCACGCCTCCGTCACCGAACCTTAGAACCCTCCCAAAACCCTCACTTGGCACCAGCTGTTCTGCTTGTTTATCATCAATGGCGTTCAAGAAACAACAAGACGATCAATCGAACAAGAGAAAGCGAATTCCAGGCGCAACAAAAGGCGGCGGTGGAGACAAATTTAGCCCGAAGAAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2058 bp · TkA07G299750|TK1151|CDS

GAAAAAAAAGAAAAAAACAGAAAAAATATTGTGTCATTTGGGCAAACCCTTTTAAGATGCCCTAAAAAATACCAACGCACAACCACGCCTCCGTCACCGAACCTTAGAACCCTCCCAAAACCCTCACTTGGCACCAGCTGTTCTGCTTGTTTATCATCAATGGCGTTCAAGAAACAACAAGACGATCAATCGAACAAGAGAAAGCGAATTCCAGGCGCAACAAAAGGCGGCGGTGGAGACAAATTTAGCCCGAAGAAGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

685 aa · TkA07G299750|TK1151|PROTEIN

EKKEKNRKNIVSFGQTLLRCPKKYQRTTTPPSPNLRTLPKPSLGTSCSACLSSMAFKKQQDDQSNKRKRIPGATKGGGGDKFSPKKKFKTPSNNQPNKSFKKPFDSKAAGKPKFHKPDTTPDAPKTKRELRIQAKELAEARKKKRRPHYTLEQELALLWEKMRRRNIAKADRSKLISEALRKMKGKLSEIAGSHVSCRVLQTCAKYCSQEERTVLFEELRPNFLDLARNTYAIHLITKMLDNASKEQLAEFISSLHGHVA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G299750
TK1151 IDTkA07G299750
OH-1004 IDLXL04_017384
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)66.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 43.796 / OH-1004 59.383
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G299750
位置Chr07:75387140-75390903 (+)
描述Similar to APUM24: Pumilio homolog 24
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g16810 通过结合靶 mRNA 的 3'-UTR 调节翻译和 mRNA 稳定性的序列特异性 RNA 结合蛋白。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017384 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006417 regulation of translation 生物过程
GO:0006465 signal peptide processing 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程
GO:0010835 regulation of protein ADP-ribosylation 生物过程
GO:0051604 protein maturation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005694 chromosome 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G06870
ath:AT2G30440
ath:AT3G16810
ath:AT3G24590
rno:499339
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.916
排名 1 · TkA07G299750 · TK1151
细胞质0.153
排名 2 · TkA07G299750 · TK1151
线粒体0.027
排名 3 · TkA07G299750 · TK1151
细胞膜0.020
排名 4 · TkA07G299750 · TK1151
内质网0.014
排名 5 · TkA07G299750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08144CPL161-208 aa
PF30768DUF8727169-212 aa
PF22493PUF_NOP9190-434 aa
PF00806PUF196-219 aa
PF00806PUF222-253 aa
PF14327CSTF2_hinge229-256 aa
PF08144CPL249-284 aa
PF00806PUF258-291 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G299750PF08144CPL1612081.4e-1352.1
TkA07G299750PF30768DUF87271692120.1113.3
TkA07G299750PF22493PUF_NOP91904341.7e-1351.1
TkA07G299750PF00806PUF1962191.3e-1144.7
TkA07G299750PF00806PUF2222531.3e-1144.7
TkA07G299750PF14327CSTF2_hinge2292560.1513.2
TkA07G299750PF08144CPL2492841.4e-1352.1
TkA07G299750PF00806PUF2582911.3e-1144.7
TkA07G299750PF14327CSTF2_hinge3293490.1513.2
TkA07G299750PF00806PUF3894041.3e-1144.7
TkA07G299750PF08144CPL4014291.4e-1352.1
TkA07G299750PF00806PUF4094201.3e-1144.7
TkA07G299750PF08144CPL4374651.4e-1352.1
TkA07G299750PF08144CPL5106131.4e-1352.1
TkA07G299750PF22493PUF_NOP95886691.7e-1351.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LRZ3拟南芥sp|Q9LRZ3|PUM24_ARATH Pumilio homolog 2460.000%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看