TkA07G272190 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G272190

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 68055242-68058695 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1650 bp · TkA07G272190|TK1151|cDNA

GAGCTTTACTCCTTAGTTCTATTCGTCAAAGCTGCTGGTAAGATACAGAGAAACAACAAAAAAAATTGAGTAATGAGCACCTTGGTTTACTCCGGCGAGAAGGAAGCGACCGGAATAAAAGAGACCGGAGAAGGAGACCGTTATTCCGACGAGTACACAGCTTCAAGGCGGCGACGGGTTGAGTAATTCCGAGGAGTAGACAACAGCTTCACGAAGGACGGAAGGAGATGTTTTTCGGCCCCAATTTTTTTTAGGTTGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

855 bp · TkA07G272190|TK1151|CDS

ATGTCTCGCTTAATTCATTCCAGAATATCGCTCTCCAGATTCTCCAATACATGGGGTTCAGTTGGAAGAGGGAGATACTTTTCAACAGAATCTAACAAGATTGACGAACCACTTAAAGTACAGGAAGCTGAAACAATAAATCCTCCACCACCTCCAGAAGAAAAGTTACTTGTACTTGGTGGAAATGGGTTTGTTGGCTCGCACATATGCAAAGAAGCTTTGGACCGTGGCTTGTCAGTTGCAAGTCTTAGCAGATCCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

284 aa · TkA07G272190|TK1151|PROTEIN

MSRLIHSRISLSRFSNTWGSVGRGRYFSTESNKIDEPLKVQEAETINPPPPPEEKLLVLGGNGFVGSHICKEALDRGLSVASLSRSGKSSIQDPWATKVSWHKGDLLSGDSWKEALTGVTSVISCVGGFGSNTFMYKINGTANINAIRAAAEKGIKRFVYISASDFGVINYLLQGYYDGKRATETELLTRFPYGHVILRPGFIYGTRRVGSMKLPLGVIGSPLEMVMQYAKPLSQVPVIGPLLTPPVDVKAVAKVAVRGA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G272190`
TK1151 ID	TkA07G272190
OH-1004 ID	LXL04_029100
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G272190

位置 Chr07:68055242-68058695 (-)

描述 Similar to At1g32220: Uncharacterized protein At1g32220, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g32220`	未表征蛋白 At1g32220，叶绿体型。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029100 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006695 cholesterol biosynthetic process 生物过程

GO:0006744 ubiquinone biosynthetic process 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0008203 cholesterol metabolic process 生物过程

GO:0015979 photosynthesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005811 lipid droplet 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G32220

bta:616694

sce:YLR290C

spo:2538806

syn:slr0399

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.937

排名 1 · TkA07G272190 · TK1151

细胞质0.074

排名 2 · TkA07G272190 · TK1151

细胞核0.052

排名 3 · TkA07G272190 · TK1151

质体0.039

排名 4 · TkA07G272190 · TK1151

细胞膜0.030

排名 5 · TkA07G272190 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05368NmrA53-162 aa

PF04321RmlD_sub_bind55-94 aa

PF01370Epimerase57-164 aa

PF010733Beta_HSD57-187 aa

PF16363GDP_Man_Dehyd57-119 aa

PF13460NAD_binding_1060-204 aa

PF07993NAD_binding_460-85 aa

PF08732HIM1135-229 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G272190	`PF05368`	NmrA	53	162	3e-09	37.6
TkA07G272190	`PF04321`	RmlD_sub_bind	55	94	0.018	14.9
TkA07G272190	`PF01370`	Epimerase	57	164	3.4e-13	50.3
TkA07G272190	`PF01073`	3Beta_HSD	57	187	1.8e-10	41.0
TkA07G272190	`PF16363`	GDP_Man_Dehyd	57	119	0.00031	21.0
TkA07G272190	`PF13460`	NAD_binding_10	60	204	3.1e-18	67.0
TkA07G272190	`PF07993`	NAD_binding_4	60	85	0.4	10.5
TkA07G272190	`PF08732`	HIM1	135	229	0.41	10.9
TkA07G272190	`PF04321`	RmlD_sub_bind	136	163	0.018	14.9
TkA07G272190	`PF07993`	NAD_binding_4	136	164	0.4	10.5
TkA07G272190	`PF07993`	NAD_binding_4	174	212	0.4	10.5
TkA07G272190	`PF04321`	RmlD_sub_bind	194	207	0.018	14.9
TkA07G272190	`PF11492`	Dicistro_VP4	216	255	0.21	12.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FVR6`	拟南芥	sp\|Q9FVR6\|Y1222_ARATH Uncharacterized protein At1g32220, chloroplastic	42.100%	Swiss-Prot	中等置信

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