TkA07G260880 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G260880

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 65217326-65219129 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1345 bp · TkA07G260880|TK1151|cDNA

CGGACTTTCACCCATTTGAACTATTCCACCTCAAGTAATATGACCGTTACCAAATCATGACGACCTTTTTCCTTCAAACGCATTTCAAATAGTTTAAGCCGTTGCCCCAAATTCCATCAACAAAATCTCGATTCTCCACCATTCTTTCCACTCAATTTCACCTCCTCAAACTCTCTCTCAAAGTTACAGCCTCCAACTTCACTCTGCTCCAATGGCGCTTAGAGCTCTTGATAACACACTGCCCTTAACCCCTGAACGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

933 bp · TkA07G260880|TK1151|CDS

ATGGCGCTTAGAGCTCTTGATAACACACTGCCCTTAACCCCTGAACGCCCTAAAAAGATTATCAAAGTTTCGAATTCCATCGCTAAACCTAAACAGCCCGCAGATTCGAATGTTAATAACGAAAACGTAGCTCCTATGGATCCTGTTGCTCCTGCCGTGGATTCAGTTGATTACGTCTCTTCTGAAGATCTAAAACCCCTTTCTGACCCTGATGTCAAGTTCCAGGGCCTAATCGAAGGACTGGAGTCCAAGGACTGGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

310 aa · TkA07G260880|TK1151|PROTEIN

MALRALDNTLPLTPERPKKIIKVSNSIAKPKQPADSNVNNENVAPMDPVAPAVDSVDYVSSEDLKPLSDPDVKFQGLIEGLESKDWLKVCESLNDVRRMALHHSTLLLPILEKVVLVLVKSMKNPRSALCKTSIMAASDVFKSYGDKLLESTTCDAVDHMILQLLLKASQDKKFVCEEAEKTLKTMVAFIAPIPLLHKLKAYVSHGNMRVRAKAAVSISHSVSKMNVGEMREYGVVVLVKMAAELLKDRLPEAREAARSM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G260880`
TK1151 ID	TkA07G260880
OH-1004 ID	LXL04_029004
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	92.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.710 / OH-1004 81.361 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G260880`
位置	Chr07:65217326-65219129 (+)
描述	Similar to Togaram1: TOG array regulator of axonemal microtubules protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_029004` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000226 microtubule cytoskeleton organization 生物过程 GO:0031116 positive regulation of microtubule polymerization 生物过程 GO:0035082 axoneme assembly 生物过程 GO:0060271 cilium assembly 生物过程 GO:1905515 non-motile cilium assembly 生物过程 GO:0005881 cytoplasmic microtubule 细胞组分 GO:0005929 cilium 细胞组分 GO:0005930 axoneme 细胞组分 GO:0036064 ciliary basal body 细胞组分 GO:0008017 microtubule binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	hsa:165186 hsa:23116 mmu:320159 mmu:328108 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.683

排名 1 · TkA07G260880 · TK1151

细胞质0.357

排名 2 · TkA07G260880 · TK1151

细胞膜0.036

排名 3 · TkA07G260880 · TK1151

线粒体0.035

排名 4 · TkA07G260880 · TK1151

内质网0.032

排名 5 · TkA07G260880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23227HEAT_MROH2B_C75-190 aa

PF24987HEAT_EF3_N77-126 aa

PF12348CLASP_N107-268 aa

PF24987HEAT_EF3_N162-192 aa

PF20123DUF6513179-195 aa

PF24987HEAT_EF3_N186-270 aa

PF23227HEAT_MROH2B_C201-263 aa

PF20123DUF6513230-262 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G260880	`PF23227`	HEAT_MROH2B_C	75	190	0.057	13.5
TkA07G260880	`PF24987`	HEAT_EF3_N	77	126	0.13	13.0
TkA07G260880	`PF12348`	CLASP_N	107	268	4.1e-07	30.5
TkA07G260880	`PF24987`	HEAT_EF3_N	162	192	0.13	13.0
TkA07G260880	`PF20123`	DUF6513	179	195	0.25	12.4
TkA07G260880	`PF24987`	HEAT_EF3_N	186	270	0.13	13.0
TkA07G260880	`PF23227`	HEAT_MROH2B_C	201	263	0.057	13.5
TkA07G260880	`PF20123`	DUF6513	230	262	0.25	12.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情