RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G250890
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 62570095-62573596 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2030 bp · TkA07G250890|TK1151|cDNA

TCAAGATGGGTTCCCAACTAACCCCTTCTTCCCAAGATGCAGCGAGGTGTCTACCGAATTTTTCCTCTCAACTCTCCACCAACCCCTTCCCCATTTCCTCACCAACAACTCGTATAAAGGCTGCTTTCATTCTCTCTCCTCCATCTACCTTCCCATCTGCGCGCTACACCTAAGGCTGCAATGGAGCTCGTAACACCTGCTATCGAGAAGATGGGCGGAAGGGAAGGGATTAGGAGGAATTCGACCTTAATTTGTGCACC...

CDS

下载 CDS FASTA

1587 bp · TkA07G250890|TK1151|CDS

ATGGAGCTCGTAACACCTGCTATCGAGAAGATGGGCGGAAGGGAAGGGATTAGGAGGAATTCGACCTTAATTTGTGCACCGATAATGGCGGATACGGTGGATCAGATGGTGATTCAAATGAATTCAGCGAAATCTTATGGTGCTGACCTTGTTGAAATCCGACTGGATAGCTTGAAGGAGTTTAGCGTTCCAGAGGATATCCAAACCCTAGTCAAACTTAGTCCTCTCCCGACGCTTTTCACTTACAGACCGACATGGGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

528 aa · TkA07G250890|TK1151|PROTEIN

MELVTPAIEKMGGREGIRRNSTLICAPIMADTVDQMVIQMNSAKSYGADLVEIRLDSLKEFSVPEDIQTLVKLSPLPTLFTYRPTWEGGQYSGDEESRLDALRLAMELGADHIDVELQAVDDFNNLIKGDKPTKCKLIVSSHNYENTPSVEDLGNLVARIQSTGADIVKFATTAVDITDVARVFQITAHSQVPIIAMVMGEKGLMSRVLCPKFGGYLTFGTLEHGKVSAPGQPTIRDLLDLFNFRQLGPDTKVFGIIGKP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G250890
TK1151 IDTkA07G250890
OH-1004 IDLXL04_028924
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 89.643
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G250890
位置Chr07:62570095-62573596 (+)
描述Similar to EMB3004: Bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g06350 双功能脱氢奎宁酸脱水酶-莽草酸脱氢酶酶，催化莽草酸生物合成途径的两个步骤。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028924 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0008652 amino acid biosynthetic process 生物过程
GO:0009073 aromatic amino acid family biosynthetic process 生物过程
GO:0009423 chorismate biosynthetic process 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0019632 shikimate metabolic process 生物过程
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0003855 3-dehydroquinate dehydratase activity 分子功能
GO:0004764 shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity 分子功能
GO:0050661 NADP binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G06350
bcb:BCB4264_A4454
bce:BC4331
bcu:BCAH820_4356
btk:BT9727_4070
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.482
排名 1 · TkA07G250890 · TK1151
质体0.241
排名 2 · TkA07G250890 · TK1151
细胞核0.216
排名 3 · TkA07G250890 · TK1151
细胞膜0.100
排名 4 · TkA07G250890 · TK1151
过氧化物酶体0.064
排名 5 · TkA07G250890 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01487DHquinase_I24-246 aa
PF04551GcpE31-70 aa
PF03435Sacchrp_dh_NADP99-117 aa
PF04551GcpE137-198 aa
PF00106adh_short157-189 aa
PF03446NAD_binding_2166-203 aa
PF08501Shikimate_dh_N256-336 aa
PF01262AlaDh_PNT_C368-428 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G250890PF01487DHquinase_I242466.6e-74249.5
TkA07G250890PF04551GcpE31700.01415.8
TkA07G250890PF03435Sacchrp_dh_NADP991170.003918.2
TkA07G250890PF04551GcpE1371980.01415.8
TkA07G250890PF00106adh_short1571890.1612.2
TkA07G250890PF03446NAD_binding_21662030.2412.2
TkA07G250890PF08501Shikimate_dh_N2563361.1e-2693.6
TkA07G250890PF01262AlaDh_PNT_C3684280.002917.8
TkA07G250890PF028262-Hacid_dh_C3734170.2811.2
TkA07G250890PF01488Shikimate_DH3764472.8e-0834.7
TkA07G250890PF07991KARI_N3764310.1112.8
TkA07G250890PF03807F420_oxidored3824265.6e-0524.4
TkA07G250890PF03435Sacchrp_dh_NADP3824910.003918.2
TkA07G250890PF00890FAD_binding_23824110.006316.5
TkA07G250890PF00106adh_short3824230.1612.2
TkA07G250890PF03446NAD_binding_23834190.2412.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SQT8拟南芥sp|Q9SQT8|DHQSD_ARATH Bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase, chloroplastic72.100%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看