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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G185410
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 47229245-47234717 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3580 bp · TkA07G185410|TK1151|cDNA

GGTAGATATACAACCAAAGGTGCATCGGGGCAGCGAGGGTTACTTGGGCAGGCAAAGGGAAAGAGTTTTTATGCGTTCAACGCTGAACCAATAATTCTTTGAAGCATAATTCCGCATACTAACAACAACAACCTCCTTGCCTCCAATTTTTGGTAAATTTTTGAAAAGACCCAACAATTTTGAAAACAAAGGAAGCAAACGGGGTTGTGAGTGCCTCCCGCCATGAGTACTCAAGTCTTGGAGAGGCAACAGAGCTCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

3180 bp · TkA07G185410|TK1151|CDS

ATGAGTACTCAAGTCTTGGAGAGGCAACAGAGCTCTTCATCGTTGCCAGAAGACCATATCGATAACACCAAGACTCTGATTTGTGCTCTTAGTTTCCTCTCTCGCAATCTCCCTCTCCCTCCTGACGTTTTCGATGCTGTCTCTTCCATCTACACCGCCGCCTCCGAAGATGTTGACGCCAACGTCCCCGAAGATGCCCACGCTGGTGTTGACGCTACCGCCCCCGGTGGATCTGACTGCGACAAACAAGTCGATGATGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1059 aa · TkA07G185410|TK1151|PROTEIN

MSTQVLERQQSSSSLPEDHIDNTKTLICALSFLSRNLPLPPDVFDAVSSIYTAASEDVDANVPEDAHAGVDATAPGGSDCDKQVDDVSSPKNFQLQNGGDLMADLEEALLTHRSNHITGTEIAETRKKRIESHIQNRLTQLEELPTSRGEDLQSKCLLELYGLKLAELQRKVRSNVSSEYTLCLNCVYPEKQLFDWGMMRLSRPSYGVGDAFAVDSDNHLKKKRDAERLTKLEEEEKNRVETRKRKFFAEILNSIRELQL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G185410
TK1151 IDTkA07G185410
OH-1004 IDLXL04_028648
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.717 / OH-1004 90.102
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G185410
位置Chr07:47229245-47234717 (+)
描述Similar to CHR12: Probable ATP-dependent DNA helicase CHR12
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g06010 可能的染色质重塑因子，在根和茎干细胞起始、根尖分生组织 和茎尖分生组织 维持中与 CHR23 功能冗余。
The SWI/SNF chromatin-remodeling gene AtCHR12 mediates temporary growth arrest in Arabidopsis thaliana upon perceiving environmental stress.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03185.x
Mutations in two non-canonical Arabidopsis SWI2/SNF2 chromatin remodeling ATPases cause embryogenesis and stem cell maintenance defects.2012 · DOI: 10.1111/tpj.12009
Reduced seed germination in Arabidopsis over-expressing SWI/SNF2 ATPase genes.2015 · DOI: 10.1111/ppl.12231
At5g19310 可能的染色质重塑因子，在根和芽干细胞起始以及根顶端分生组织 和芽顶端分生组织 维持方面与 CHR12 功能冗余。
Mutations in two non-canonical Arabidopsis SWI2/SNF2 chromatin remodeling ATPases cause embryogenesis and stem cell maintenance defects.2012 · DOI: 10.1111/tpj.12009
Over-expression of Arabidopsis AtCHR23 chromatin remodeling ATPase results in increased variability of growth and gene expression.2014 · DOI: 10.1186/1471-2229-14-76
Reduced seed germination in Arabidopsis over-expressing SWI/SNF2 ATPase genes.2015 · DOI: 10.1111/ppl.12231

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os05g0144300 可能的染色质重塑因子，参与根及茎端干细胞的建立，以及根尖分生组织（RAM）和茎尖分生组织（SAM）的维持。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028648 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程
GO:0006302 double-strand break repair 生物过程
GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0007064 mitotic sister chromatid cohesion 生物过程
GO:0009408 response to heat 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程
GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程
GO:0010231 maintenance of seed dormancy 生物过程
GO:0010492 maintenance of shoot apical meristem identity 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G06010
ath:AT5G19310
dosa:Os05g0144300
osa:4337784
sce:YOR290C
spo:2542638
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.887
排名 1 · TkA07G185410 · TK1151
细胞质0.164
排名 2 · TkA07G185410 · TK1151
线粒体0.031
排名 3 · TkA07G185410 · TK1151
细胞膜0.024
排名 4 · TkA07G185410 · TK1151
内质网0.014
排名 5 · TkA07G185410 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14619SnAC127-147 aa
PF14619SnAC226-246 aa
PF00271Helicase_C257-276 aa
PF14619SnAC271-273 aa
PF14619SnAC337-365 aa
PF04851ResIII409-570 aa
PF00176SNF2-rel_dom413-700 aa
PF28555Helicase_dom426-530 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G185410PF14619SnAC1271474.9e-1040.5
TkA07G185410PF14619SnAC2262464.9e-1040.5
TkA07G185410PF00271Helicase_C2572763e-2692.6
TkA07G185410PF14619SnAC2712734.9e-1040.5
TkA07G185410PF14619SnAC3373654.9e-1040.5
TkA07G185410PF04851ResIII4095702.2e-1144.7
TkA07G185410PF00176SNF2-rel_dom4137001.6e-95320.3
TkA07G185410PF28555Helicase_dom4265300.0001222.1
TkA07G185410PF00270DEAD4305752e-0525.1
TkA07G185410PF00271Helicase_C4905143e-2692.6
TkA07G185410PF28555Helicase_dom5646040.0001222.1
TkA07G185410PF04851ResIII6696942.2e-1144.7
TkA07G185410PF00270DEAD6726832e-0525.1
TkA07G185410PF11496HDA2-36818582.5e-1040.7
TkA07G185410PF00271Helicase_C7198323e-2692.6
TkA07G185410PF14619SnAC9259894.9e-1040.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4J9M5拟南芥sp|F4J9M5|CHR12_ARATH Probable ATP-dependent DNA helicase CHR1268.200%Swiss-Prot高置信
F4K128拟南芥sp|F4K128|CHR23_ARATH Probable ATP-dependent DNA helicase CHR2367.600%Swiss-Prot高置信
Q60EX7水稻sp|Q60EX7|CHR19_ORYSJ Probable ATP-dependent DNA helicase CHR71963.100%Swiss-Prot高置信

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