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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G154650
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 39813378-39815897 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2159 bp · TkA07G154650|TK1151|cDNA

TAATTTATAAATTTGGTCCCGTTTTTCTAAATATTTCCGAGAAATATTTTGTACCACACCCCTATTCTTAACCAAACTTTTGAAAGTTCCTGTTCTGCCAACCCAACTTCTATTTCTTCGGCTTTGAAATCGCACCCAAAAAAAATCACCCTTCCCGTTTTTCCTACAAATGAGAGCGTTTCTTCTCGGACTCCGGAATATGTGGCCAGCAAATTATTACTGCAGCTGGGTTAGTCTTCTAGGAAACTTCAAACAAGAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1077 bp · TkA07G154650|TK1151|CDS

ATGTTCAAACTTATGTGCCAACAAGGTCTTGTTCCAAATCGTTTCACTTTGGTACCTCTTTTAGGCAACTGTACCACTACAGACGATTTATGGATCGGAATGGAATTGCATTGCCAAGCCATCAAGCTCAATCTTGATTCCATTCCTTTTGTCGGGAACATGCTAATTACAATGTACTCAAAATTAAATTCCATCAAGGAATCCGAAACCATCTTTTGGTCAATCAACGAAAAAGATATAATTTCATGGAACACATTCAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

358 aa · TkA07G154650|TK1151|PROTEIN

MFKLMCQQGLVPNRFTLVPLLGNCTTTDDLWIGMELHCQAIKLNLDSIPFVGNMLITMYSKLNSIKESETIFWSINEKDIISWNTFISASSHALDHTKGITVFKEMIKTYNLIPDDFTYASALSACSGLASSLLGRQIHGNLIRTRFNHDTGVSNALINMYAKCGSVKHAITVFTKMPFRNLVSWNTLMTGFANHGLGKESIDLFNKMKDLNVNPDSLTFVSLLSSLNHAGLVTEGKFHFNDMLKTHGITPNVDHVSGIV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G154650
TK1151 IDTkA07G154650
OH-1004 IDLXL04_028421
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)98.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 61.092
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G154650
位置Chr07:39813378-39815897 (-)
描述Similar to PCMP-E43: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g47840
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g33170 含五肽重复序列的蛋白 At4g33170。 暂无已核实直接文献
At3g02010 推定含有五重复肽重复的蛋白质 At2g01510。 暂无已核实直接文献
At4g20770 含五重复肽基序蛋白 At4g20770。 暂无已核实直接文献
At5g13230 假定的含五肽重复序列的蛋白 At5g13230，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g13770 假定含有五肽重复蛋白的蛋白 At3g13770，存在于线粒体中。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028421 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G47840
ath:AT4G18750
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.702
排名 1 · TkA07G154650 · TK1151
质体0.152
排名 2 · TkA07G154650 · TK1151
细胞核0.038
排名 3 · TkA07G154650 · TK1151
细胞质0.029
排名 4 · TkA07G154650 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkA07G154650 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_21-17 aa
PF01535PPR1-9 aa
PF13812PPR_32-24 aa
PF12854PPR_19-16 aa
PF23319CobW_C_DAAF937-54 aa
PF13041PPR_253-67 aa
PF01535PPR53-78 aa
PF29070MSC6_N55-124 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G154650PF13041PPR_21176.9e-2897.2
TkA07G154650PF01535PPR193.7e-2380.8
TkA07G154650PF13812PPR_32242.5e-0834.6
TkA07G154650PF12854PPR_19162.6e-1556.6
TkA07G154650PF23319CobW_C_DAAF937540.02915.0
TkA07G154650PF13041PPR_253676.9e-2897.2
TkA07G154650PF01535PPR53783.7e-2380.8
TkA07G154650PF29070MSC6_N551246.8e-0832.7
TkA07G154650PF23276TPR_24601058.7e-0523.2
TkA07G154650PF26935DUF8286751090.02215.5
TkA07G154650PF13041PPR_2781266.9e-2897.2
TkA07G154650PF12854PPR_179892.6e-1556.6
TkA07G154650PF13812PPR_3791262.5e-0834.6
TkA07G154650PF01535PPR811083.7e-2380.8
TkA07G154650PF12854PPR_11121202.6e-1556.6
TkA07G154650PF23319CobW_C_DAAF91241420.02915.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SMZ2拟南芥sp|Q9SMZ2|PP347_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3317036.700%Swiss-Prot中等置信
Q9S7F4拟南芥sp|Q9S7F4|PP206_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g0151036.100%Swiss-Prot中等置信
Q9SVH0拟南芥sp|Q9SVH0|PP329_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g2077037.300%Swiss-Prot中等置信
Q9LYV3拟南芥sp|Q9LYV3|PP377_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g13230, mitochondrial35.300%Swiss-Prot中等置信
Q9LIC3拟南芥sp|Q9LIC3|PP227_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13770, mitochondrial37.600%Swiss-Prot中等置信

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