TkA07G145970 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G145970

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 37714187-37717532 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1701 bp · TkA07G145970|TK1151|cDNA

GGAAAAGGTGAACATAGCGGAAAAGGAAGGCGAACATAGCGGGTCGTCGCCTTCTAGCTTCCTGAATGTCGATTTCGAAATTGAACATTTGAACCGCTCCCAACTCACACGCGACCGCCTCCGCTCCTCCGCCTCCGGCCTCTCGTCGACGACGACCCTCCGCAGTCCGCTCTTCCAGAATCGATTCCGTCGCACGGTCGCAGCGCACCGTTTCTCTGCAGACTGTGCTCCGCTCCTGTCGATACATTGCTCCGCTGCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1143 bp · TkA07G145970|TK1151|CDS

ATGGAATCAACTGACACTACGAACTTCGATCTCAGATCCAGCTTCGGAGCGAGTGAATACACATTTGCCGATGTTGAAAATTTGGATCATTGTGCCAAGTATTTGAACCAGACTTTAGTCACATTTGGATTTCCAGCTTCTCTGGATCTGTTTGCAACTGATCCGGTTTCAATTGCGAGGACTTGCAATTGCTTATACTCACTGTTGCAGCAAAGGCAACGTGATATTGAATTTCGAGAATCTACCAATGATCAGAGACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

380 aa · TkA07G145970|TK1151|PROTEIN

MESTDTTNFDLRSSFGASEYTFADVENLDHCAKYLNQTLVTFGFPASLDLFATDPVSIARTCNCLYSLLQQRQRDIEFRESTNDQRQRLSSDISRLEAKVERLEAQLSAKDREIATITRTEAKAKAGLKAQIDKLQQERDEFQRMVIGNQQVKTQQIHEMKKKEKEYIKLQERLNQVMMEKKKESRSGMEIMNLLQKEGRQRGTWNGKKADNDFYKKIVDAYEAKNQELVAENADLRALLRSMQVDMREFLNAPNGSSKH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G145970`
TK1151 ID	TkA07G145970
OH-1004 ID	LXL04_028356
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G145970`
位置	Chr07:37714187-37717532 (+)
描述	Similar to Ssx2ip: Afadin- and alpha-actinin-binding protein
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_028356` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0007098 centrosome cycle 生物过程 GO:0007155 cell adhesion 生物过程 GO:0030036 actin cytoskeleton organization 生物过程 GO:0035020 regulation of Rac protein signal transduction 生物过程 GO:0035735 intraciliary transport involved in cilium assembly 生物过程 GO:0060271 cilium assembly 生物过程 GO:2000145 regulation of cell motility 生物过程 GO:0001669 acrosomal vesicle 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005813 centrosome 细胞组分 GO:0005874 microtubule 细胞组分 GO:0005912 adherens junction 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:117178 mmu:99167 rno:308023 xla:431833 xla:431921 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.677

排名 1 · TkA07G145970 · TK1151

细胞核0.212

排名 2 · TkA07G145970 · TK1151

高尔基体0.160

排名 3 · TkA07G145970 · TK1151

溶酶体／液泡0.083

排名 4 · TkA07G145970 · TK1151

细胞膜0.068

排名 5 · TkA07G145970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11559ADIP30-176 aa

PF11690DUF328755-117 aa

PF30835CEP83_CC_2nd79-177 aa

PF25481Nucleoprot-TPR85-144 aa

PF16559GIT_CC88-106 aa

PF07558Shugoshin_N89-105 aa

PF01863YgjP-like89-176 aa

PF16378DUF498891-120 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G145970	`PF11559`	ADIP	30	176	1.2e-48	165.8
TkA07G145970	`PF11690`	DUF3287	55	117	0.13	12.8
TkA07G145970	`PF30835`	CEP83_CC_2nd	79	177	2.8	7.8
TkA07G145970	`PF25481`	Nucleoprot-TPR	85	144	0.0093	16.7
TkA07G145970	`PF16559`	GIT_CC	88	106	0.4	11.1
TkA07G145970	`PF07558`	Shugoshin_N	89	105	0.029	14.9
TkA07G145970	`PF01863`	YgjP-like	89	176	0.43	11.3
TkA07G145970	`PF16378`	DUF4988	91	120	0.12	12.7
TkA07G145970	`PF07558`	Shugoshin_N	122	136	0.029	14.9
TkA07G145970	`PF16559`	GIT_CC	124	154	0.4	11.1
TkA07G145970	`PF01863`	YgjP-like	130	217	0.43	11.3
TkA07G145970	`PF25481`	Nucleoprot-TPR	154	187	0.0093	16.7
TkA07G145970	`PF30835`	CEP83_CC_2nd	158	236	2.8	7.8
TkA07G145970	`PF11559`	ADIP	206	248	1.2e-48	165.8
TkA07G145970	`PF16559`	GIT_CC	216	255	0.4	11.1
TkA07G145970	`PF07558`	Shugoshin_N	221	239	0.029	14.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情