TkA07G133210 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G133210

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 34586290-34587270 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

813 bp · TkA07G133210|TK1151|cDNA

ATGAAGGGCAAGTGGAAAGTTGATGACCTGGCACGCACTGCAAGTCTAGTGGTTGATGTTTTAAAAACGAAGAAATATGAAACCGGGAATGGAGCGACTAGAATTGAAGTGCGCAATGAAGCTTTATTAAAAATGAAGAGGAAGGCATTGTTGGATGCTGTTCTGGCGGAGATGAACAATGTACACGTAGACGGCTACAATGTGACACGTGGAATCAGTCCATGGACCGACGACGTCTACAAACAATTCCCGGATCCCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

813 bp · TkA07G133210|TK1151|CDS

ATGAAGGGCAAGTGGAAAGTTGATGACCTGGCACGCACTGCAAGTCTAGTGGTTGATGTTTTAAAAACGAAGAAATATGAAACCGGGAATGGAGCGACTAGAATTGAAGTGCGCAATGAAGCTTTATTAAAAATGAAGAGGAAGGCATTGTTGGATGCTGTTCTGGCGGAGATGAACAATGTACACGTAGACGGCTACAATGTGACACGTGGAATCAGTCCATGGACCGACGACGTCTACAAACAATTCCCGGATCCCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

270 aa · TkA07G133210|TK1151|PROTEIN

MKGKWKVDDLARTASLVVDVLKTKKYETGNGATRIEVRNEALLKMKRKALLDAVLAEMNNVHVDGYNVTRGISPWTDDVYKQFPDPFLVTKDLGFPESPENRAIPTFVPEFGESAYEDIENLADDSYLRFICRVYGHNDSVEEQLIVPLNATIYDLKAAAEVTIRETYCIMENFKVMEIVGLEGESDCKPISGKLLNRSEIVVRGSGVDLVSGMIHEGGKNNRVVKCKCGATDDDGEIIIQCEVCEMWLHTQCCGLDDEA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G133210`
TK1151 ID	TkA07G133210
OH-1004 ID	LXL04_028243
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	86.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G133210

位置 Chr07:34586290-34587270 (+)

描述 Similar to MMD1: PHD finger protein MALE MEIOCYTE DEATH 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g66170`	雄性减数分裂期间染色体组织和进展所需的可能转录因子。	The Arabidopsis MALE MEIOCYTE DEATH1 gene encodes a PHD-finger protein that is required for male meiosis.2003 · DOI: 10.1105/tpc.010447 The DUET gene is necessary for chromosome organization and progression during male meiosis in Arabidopsis and encodes a PHD finger protein.2003 · DOI: 10.1242/dev.00827 The PHD Finger Protein MMD1/DUET Ensures the Progression of Male Meiotic Chromosome Condensation and Directly Regulates the Expression of the Condensin Gene CAP-D3.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00040 Cell-type-dependent histone demethylase specificity promotes meiotic chromosome condensation in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1038/s41477-020-0697-0
`At2g01810`	PHD 指蛋白 At2g01810。	暂无已核实直接文献
`At1g33420`	PHD指蛋白At1g33420。	暂无已核实直接文献
`At5g22260`	参与花药和减数分裂后花粉发育及成熟所需的转录激活因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028243 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000212 meiotic spindle organization 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007060 male meiosis chromosome segregation 生物过程

GO:0007140 male meiotic nuclear division 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0010032 meiotic chromosome condensation 生物过程

GO:0010208 pollen wall assembly 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0022414 reproductive process 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G33420

ath:AT1G66170

ath:AT2G01810

ath:AT5G22260

dosa:Os09g0449000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.655

排名 1 · TkA07G133210 · TK1151

细胞质0.393

排名 2 · TkA07G133210 · TK1151

细胞膜0.050

排名 3 · TkA07G133210 · TK1151

内质网0.037

排名 4 · TkA07G133210 · TK1151

线粒体0.030

排名 5 · TkA07G133210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25874WHD_plant_repro4-76 aa

PF30811PHD_UBR7-like116-143 aa

PF20826PHD_5124-133 aa

PF25565Ubiquitin_At1g33420125-207 aa

PF16641CLIP1_ZNF131-138 aa

PF21644ORF158L-like133-178 aa

PF20826PHD_5221-267 aa

PF00628PHD227-267 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G133210	`PF25874`	WHD_plant_repro	4	76	6.5e-07	29.9
TkA07G133210	`PF30811`	PHD_UBR7-like	116	143	0.0075	16.9
TkA07G133210	`PF20826`	PHD_5	124	133	4.1e-07	30.7
TkA07G133210	`PF25565`	Ubiquitin_At1g33420	125	207	9.8e-19	67.8
TkA07G133210	`PF16641`	CLIP1_ZNF	131	138	1.5	9.5
TkA07G133210	`PF21644`	ORF158L-like	133	178	0.012	16.3
TkA07G133210	`PF20826`	PHD_5	221	267	4.1e-07	30.7
TkA07G133210	`PF00628`	PHD	227	267	0.00039	21.1
TkA07G133210	`PF27108`	PHD_Pygo	227	260	0.0093	16.7
TkA07G133210	`PF31197`	PHD_JHD1	229	256	0.018	15.6
TkA07G133210	`PF30811`	PHD_UBR7-like	234	257	0.0075	16.9
TkA07G133210	`PF21257`	PHD_ash2p_like	236	262	0.038	14.6
TkA07G133210	`PF13831`	PHD_2	238	267	0.17	12.1
TkA07G133210	`PF16641`	CLIP1_ZNF	242	247	1.5	9.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7X6Y7`	拟南芥	sp\|Q7X6Y7\|MMD1_ARATH PHD finger protein MALE MEIOCYTE DEATH 1	45.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZUA9`	拟南芥	sp\|Q9ZUA9\|Y2181_ARATH PHD finger protein At2g01810	35.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9C810`	拟南芥	sp\|Q9C810\|Y1342_ARATH PHD finger protein At1g33420	38.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FMS5`	拟南芥	sp\|Q9FMS5\|MS1_ARATH PHD finger protein MALE STERILITY 1	26.000%	Swiss-Prot	低置信

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