TkA07G108970 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G108970

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 28242984-28245132 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

764 bp · TkA07G108970|TK1151|cDNA

CCAGCCTCCCCTTAAATTAAATATTCTTCTTCCTAGTTCCCACAATACATTCCAACAAAACCCTGAGTACCCCTCTCCTCCTCCGTTTAGACTGTCTTAAACCCTAAAAGATGGGAGACGAAGAACAAACCAAGAACAACGAAGTAAAAACAGTCCATCGCAACGGCCAGCAATCGGGCAAGAAGAGAAAAAAACAGAAAGAAGTTGCCATCTTCGGCAACTACAGGAACTACTACACTTATCGAATTGAACAAGGGTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

852 bp · TkA07G108970|TK1151|CDS

ATGGGAGACGAAGAACAAACCAAGAACAACGAAGTAAAAACAGTCCATCGCAACGGCCAGCAATCGGGCAAGAAGAGAAAAAAACAGAAAGAAGTTGCCATCTTCGGCAACTACAGGAACTACTACACTTATCGAATTGAACAAGGGTTGGATGAAGACCCTAGGATAAAGATTATGAAAAAGGAATGGTTTGAAGGGAAGACTTGTATTGACATTGGTTGCAATAGTGGACTGATAACCATTACAATCGCAAAAAACTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

283 aa · TkA07G108970|TK1151|PROTEIN

MGDEEQTKNNEVKTVHRNGQQSGKKRKKQKEVAIFGNYRNYYTYRIEQGLDEDPRIKIMKKEWFEGKTCIDIGCNSGLITITIAKNFGCKKILGVDIDSARIEDAHWNLRKIVKMSERKNQLLMVDKSKDAETNAITITTSTDKTTSEISGDLFNRVSFKKDNFVQSFSTPGEKYDTILCLSVTKWVHLNWGDEGLITLFSKVYRLLEPGGVFILEPQPWKSYVSNRQVSEVASANYKNLEIFPDKFQEILLDKIGFREI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G108970`
TK1151 ID	TkA07G108970
OH-1004 ID	LXL04_027955
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G108970

位置 Chr07:28242984-28245132 (+)

描述 Similar to At5g51130: Probable RNA methyltransferase At5g51130

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g51130`	可能的RNA甲基转移酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027955 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0001510 RNA methylation 生物过程

GO:0016073 snRNA metabolic process 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0040031 snRNA modification 生物过程

GO:1900087 positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:1904871 positive regulation of protein localization to Cajal body 生物过程

GO:1905382 positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G51130

cel:CELE_Y17G7B.18

hsa:56257

mmu:231803

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.675

排名 1 · TkA07G108970 · TK1151

细胞质0.383

排名 2 · TkA07G108970 · TK1151

线粒体0.061

排名 3 · TkA07G108970 · TK1151

细胞膜0.041

排名 4 · TkA07G108970 · TK1151

内质网0.031

排名 5 · TkA07G108970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12847Methyltransf_1855-112 aa

PF05175MTS59-111 aa

PF02353CMAS60-110 aa

PF13489Methyltransf_2364-217 aa

PF06325PrmA64-111 aa

PF01209Ubie_methyltran64-137 aa

PF13847Methyltransf_3165-111 aa

PF01728FtsJ65-118 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G108970	`PF12847`	Methyltransf_18	55	112	0.00026	21.7
TkA07G108970	`PF05175`	MTS	59	111	0.0014	19.0
TkA07G108970	`PF02353`	CMAS	60	110	0.00011	22.4
TkA07G108970	`PF13489`	Methyltransf_23	64	217	1.1e-10	42.1
TkA07G108970	`PF06325`	PrmA	64	111	6.1e-07	29.9
TkA07G108970	`PF01209`	Ubie_methyltran	64	137	0.079	13.0
TkA07G108970	`PF13847`	Methyltransf_31	65	111	5.7e-07	30.1
TkA07G108970	`PF01728`	FtsJ	65	118	0.0049	17.5
TkA07G108970	`PF02390`	Methyltransf_4	67	107	0.00016	21.9
TkA07G108970	`PF08242`	Methyltransf_12	70	111	1.6e-11	45.5
TkA07G108970	`PF13649`	Methyltransf_25	70	110	4.4e-09	37.6
TkA07G108970	`PF08241`	Methyltransf_11	70	110	3.5e-07	31.5
TkA07G108970	`PF29244`	Methyltransf_ANTKMT	71	111	0.0067	17.6
TkA07G108970	`PF00107`	ADH_zinc_N	77	105	0.049	14.3
TkA07G108970	`PF05175`	MTS	118	158	0.0014	19.0
TkA07G108970	`PF02353`	CMAS	133	245	0.00011	22.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6NPC9`	拟南芥	sp\|Q6NPC9\|BIN3D_ARATH Probable RNA methyltransferase At5g51130	58.700%	Swiss-Prot	高置信

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