TkA07G107120 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G107120

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 27825806-27828527 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1513 bp · TkA07G107120|TK1151|cDNA

AAAAAAAGGTCAGGTTTAATTTTACTCCAATTCGATTCCTAAGGGGATTGATTCCTTGTGCGCGATCTGTTTGTGTGAATACAGAGAAGCGGAGATGATGAGGATGTTGCCTGATTGAAACTCAACGCCAGCTGTCCTGTTTGTCGGAGCTCGCCGCTTCCGACGCCGTTGTCTACTCCGTTAGCGGAAGTTGTTCCTCTCTCACAATACTCCGACGGCCATCACTAGATCTCGTCTTCTATTTCTACTATTTGTTCTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

399 bp · TkA07G107120|TK1151|CDS

ATGAATCATCAAGGTGTTATCTTGAATGGACGGTTTCTGTTGAAGATTATAGTGACAGATCATAAAGATTCTCGTTTATTAAGAGCATGTGCTAGAGAAGCTAACTACCACCACCTTCAAATCCTTATAAATGATTTCTCTATACCGAGTCAGACAGTCCAAATTAAAGTGTATGAAAGAGAGGCGTTCCAGATGCAAGAACAGGCTCGGGAAATTCGGGGAAAGAAAAGGAGTTATCAAGATCGTGTTAAGGATCTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

132 aa · TkA07G107120|TK1151|PROTEIN

MNHQGVILNGRFLLKIIVTDHKDSRLLRACAREANYHHLQILINDFSIPSQTVQIKVYEREAFQMQEQAREIRGKKRSYQDRVKDLEDELQNAKMAEYRISIYGRKQSECDNLASWTVNCTNPLYIATNVSN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G107120`
TK1151 ID	TkA07G107120
OH-1004 ID	LXL04_026855
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.970 / OH-1004 78.528 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G107120

位置 Chr07:27825806-27828527 (-)

描述 Similar to SMC6B: Structural maintenance of chromosomes protein 6B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g38280`	AMP 脱氨酶在能量代谢中起着至关重要的作用。	EMBRYONIC FACTOR 1 encodes an AMP deaminase and is essential for the zygote to embryo transition in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02411.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0693500`	AMP 脱氨酶在能量代谢中起着至关重要的作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026855 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006188 IMP biosynthetic process 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0007062 sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010165 response to X-ray 生物过程

GO:0032264 IMP salvage 生物过程

GO:0046033 AMP metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005741 mitochondrial outer membrane 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G38280

ath:AT5G61460

dosa:Os07g0693500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.431

排名 1 · TkA07G107120 · TK1151

细胞质0.428

排名 2 · TkA07G107120 · TK1151

线粒体0.121

排名 3 · TkA07G107120 · TK1151

细胞膜0.083

排名 4 · TkA07G107120 · TK1151

内质网0.050

排名 5 · TkA07G107120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29363ENTR147-97 aa

PF10473CENP-F_leu_zip59-94 aa

PF28274INA17_C75-93 aa

PF19326AMP_deaminase79-119 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G107120	`PF29363`	ENTR1	47	97	0.13	12.7
TkA07G107120	`PF10473`	CENP-F_leu_zip	59	94	0.014	16.1
TkA07G107120	`PF28274`	INA17_C	75	93	0.13	12.6
TkA07G107120	`PF19326`	AMP_deaminase	79	119	7.6e-08	31.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80452`	拟南芥	sp\|O80452\|AMPD_ARATH AMP deaminase	67.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q84NP7`	水稻	sp\|Q84NP7\|AMPD_ORYSJ Probable AMP deaminase	57.800%	Swiss-Prot	低置信

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