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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G098240
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 25647038-25650239 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1816 bp · TkA07G098240|TK1151|cDNA

TGGATGGTAGGTCCCTTTGCTCTCAAAGCTTTTTAGAGAGAGAAATAGGGTTTTAGAGAGAGAAAACCCCAAGGGTTTTTAACTTCCACAAAGAACCAATTAGTCAATGGAAGAAGCTTCGTCGCCATTGTCGCAACCCAAAAAGAGAGGAAGGCCGAAGGGCTCCAAGAAGATCGCCACTGAAGACAGAGAATTTTCAAGTCCGAAGATGAGAGACAGAGGTACAGCTGCCGGGAACAAGAAGGCTGCCGTTGTTGACG...

CDS

下载 CDS FASTA

1179 bp · TkA07G098240|TK1151|CDS

ATGGAAGAAGCTTCGTCGCCATTGTCGCAACCCAAAAAGAGAGGAAGGCCGAAGGGCTCCAAGAAGATCGCCACTGAAGACAGAGAATTTTCAAGTCCGAAGATGAGAGACAGAGGTACAGCTGCCGGGAACAAGAAGGCTGCCGTTGTTGACGATAAGTACAATAACTGGAAGTTTGTTGTTCCCATTCTTTACGACTGGCTTGCTAATCACAACCTCGTTTGGCCTTCTCTCTCCTGCCGGTGGGGTCCGCTGCTGGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

392 aa · TkA07G098240|TK1151|PROTEIN

MEEASSPLSQPKKRGRPKGSKKIATEDREFSSPKMRDRGTAAGNKKAAVVDDKYNNWKFVVPILYDWLANHNLVWPSLSCRWGPLLEQSTNKSRQRLYLSEQTDGSVPNTLVIATCDVVKPKVAAAEHISQFNEEARSPFVKKYKTIIHPGEVNRIRELPQNKNIVATHTDCPEVLIWDIEAQPNRYAVLGAAESHADLILTGHADNAEFALAMCPSEPYVLSGGKDKLVVLWSIHDHISSLVGDSNSTNPQGSIVKTSD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G098240
TK1151 IDTkA07G098240
OH-1004 IDLXL04_027868
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)91.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.235 / OH-1004 79.764
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G098240
位置Chr07:25647038-25650239 (+)
描述Similar to MSI4: WD-40 repeat-containing protein MSI4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g19520 核心组蛋白结合亚基，可能以核小体 DNA 调节的方式将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白脱乙酰酶靶向其组蛋白底物。
Regulation of flowering time by FVE, a retinoblastoma-associated protein.2004 · DOI: 10.1038/ng1295
A genetic link between cold responses and flowering time through FVE in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1038/ng1298
At4g29730 核心组蛋白结合亚基，可能以由核小体 DNA 调控的方式，将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白去乙酰化酶靶向其组蛋白底物（通过相似性）。
Arabidopsis PWWP domain proteins mediate H3K27 trimethylation on FLC and regulate flowering time.2018 · DOI: 10.1111/jipb.12630

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027868 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006260 DNA replication 生物过程
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0006334 nucleosome assembly 生物过程
GO:0006335 DNA replication-dependent chromatin assembly 生物过程
GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0010224 response to UV-B 生物过程
GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G16780
ath:AT2G19520
ath:AT4G29730
ddi:DDB_G0282529
mmu:19646
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.749
排名 1 · TkA07G098240 · TK1151
细胞质0.321
排名 2 · TkA07G098240 · TK1151
细胞膜0.035
排名 3 · TkA07G098240 · TK1151
线粒体0.026
排名 4 · TkA07G098240 · TK1151
溶酶体／液泡0.023
排名 5 · TkA07G098240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12265CAF1C_H4-bd52-119 aa
PF25173Beta-prop_WDR3_1st125-237 aa
PF23798Beta-prop_SPT8141-183 aa
PF25178Beta-prop_WDR41141-183 aa
PF23775Beta-prop_RIG_2nd143-189 aa
PF23609Beta-prop_EIPR1144-233 aa
PF25174Beta-prop_THOC3148-183 aa
PF24814WD40_Prp19148-237 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G098240PF12265CAF1C_H4-bd521198.5e-2174.7
TkA07G098240PF25173Beta-prop_WDR3_1st1252377.9e-1452.5
TkA07G098240PF23798Beta-prop_SPT81411830.0002920.6
TkA07G098240PF25178Beta-prop_WDR411411830.02913.8
TkA07G098240PF23775Beta-prop_RIG_2nd1431891.2e-0835.4
TkA07G098240PF23609Beta-prop_EIPR11442331.7e-0835.0
TkA07G098240PF25174Beta-prop_THOC31481837.8e-2175.0
TkA07G098240PF24814WD40_Prp191482375.7e-1452.6
TkA07G098240PF00400WD401491683e-2381.9
TkA07G098240PF24105Beta-prop_CAF1B_HIR11492401.9e-1144.3
TkA07G098240PF25172Beta-prop_WDR3_2nd1491831.7e-0938.1
TkA07G098240PF24805EIF3I1491850.0003520.5
TkA07G098240PF24807WD40_CDC20-Fz1513071.6e-1971.0
TkA07G098240PF29037DSE1_N1542400.001218.7
TkA07G098240PF25047Beta-prop_TEP1_2nd1552372.9e-0833.9
TkA07G098240PF28639DNAI3_WD1561850.0002720.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O22607拟南芥sp|O22607|MSI4_ARATH WD-40 repeat-containing protein MSI470.700%Swiss-Prot高置信
Q9SU78拟南芥sp|Q9SU78|MSI5_ARATH WD-40 repeat-containing protein MSI564.700%Swiss-Prot高置信

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