TkA07G097910 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G097910

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 25552788-25557460 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4122 bp · TkA07G097910|TK1151|cDNA

TGAAAAATGACATAAATTTCCTTGGCTTTTTTTTTATCATATCGCAACCCTATGCCCAAAACACATTCTACCCTTTACACTTCTCCACCCCAACGCCGGTATCTCTCCCTCTCTCGCACTCCCTATCTCTCTCGTCGCTGGTTCGCTGTTTCTGAATCGAGCAAGAATCAAGCAAGCACTGAAACAATCGATTTTGTGGTTCTTATCTGGTTCGCTGCCATCTGCCTCCTTTCTCGATGCTTCAATCGATAGTTCATTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2481 bp · TkA07G097910|TK1151|CDS

ATGAGTTCTCCAGAAAGATGGGAGGCAAAGCAGTTAATCGCCTCAGGGGTGCTAAGTGTAAAAGAGTACCCAATGTTCGATGAAGAAACAGAAGGAAACGGAATGCTTTATCAAGAAGAAGGAGGCGAAGAAGAGCTTGAAGTCGAATTAAACGAAGACGAACCAGCGTTTCTCCAAGGTCAAAGCCGATACTCCATGGACATGTCACCCGTAAAAATCTTCAAAAATCCGGAAGGTTCTTTAAGCCGAGCAGCCGCCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

826 aa · TkA07G097910|TK1151|PROTEIN

MSSPERWEAKQLIASGVLSVKEYPMFDEETEGNGMLYQEEGGEEELEVELNEDEPAFLQGQSRYSMDMSPVKIFKNPEGSLSRAAALQSALIKERREVREQQQRTMLDSIPKDLNRPWEDPMPETGERHLAQELRGVGLSAYDMPEWKKDAFGKALTFGQRSKLSLQEQRQSLPIYKLKKELVQAVHDNQVLVVIGETGSGKTTQVTQYLAEAGYTTKGKIGCTQPRRVAAMSVAKRVAEEFGCRLGEEVGYAIRFEDCT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G097910`
TK1151 ID	TkA07G097910
OH-1004 ID	LXL04_027861
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.395 / OH-1004 68.189 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G097910

位置 Chr07:25552788-25557460 (+)

描述 Similar to At3g26560: Probable pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g26560`	可能参与前mRNA剪接。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027861 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0007281 germ cell development 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0010172 embryonic body morphogenesis 生物过程

GO:0048589 developmental growth 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G26560

cel:CELE_EEED8.5

ddi:DDB_G0291183

hsa:1659

mmu:217207

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.555

排名 1 · TkA07G097910 · TK1151

细胞质0.418

排名 2 · TkA07G097910 · TK1151

线粒体0.081

排名 3 · TkA07G097910 · TK1151

细胞膜0.046

排名 4 · TkA07G097910 · TK1151

内质网0.042

排名 5 · TkA07G097910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00005ABC_tran109-166 aa

PF14532Sigma54_activ_2172-214 aa

PF00931NB-ARC175-211 aa

PF02367TsaE177-216 aa

PF02562PhoH179-204 aa

PF00270DEAD180-329 aa

PF20720nSTAND3180-209 aa

PF00437T2SSE180-211 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G097910	`PF00005`	ABC_tran	109	166	0.031	15.6
TkA07G097910	`PF14532`	Sigma54_activ_2	172	214	0.016	16.3
TkA07G097910	`PF00931`	NB-ARC	175	211	0.28	11.4
TkA07G097910	`PF02367`	TsaE	177	216	0.029	15.1
TkA07G097910	`PF02562`	PhoH	179	204	0.075	13.2
TkA07G097910	`PF00270`	DEAD	180	329	2.5e-08	34.6
TkA07G097910	`PF20720`	nSTAND3	180	209	0.011	16.1
TkA07G097910	`PF00437`	T2SSE	180	211	0.14	11.5
TkA07G097910	`PF13245`	AAA_19	181	313	0.00011	23.1
TkA07G097910	`PF13191`	AAA_16	181	219	0.038	15.2
TkA07G097910	`PF13604`	AAA_30	182	295	0.0055	17.2
TkA07G097910	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	185	214	0.089	13.3
TkA07G097910	`PF00005`	ABC_tran	186	222	0.031	15.6
TkA07G097910	`PF13401`	AAA_22	188	312	7e-07	30.3
TkA07G097910	`PF07652`	Flavi_DEAD	188	296	0.08	13.6
TkA07G097910	`PF13173`	AAA_14	189	214	0.053	14.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38953`	拟南芥	sp\|Q38953\|DEAH5_ARATH Probable pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH5	94.200%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情