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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G096460
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 25169328-25172297 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1370 bp · TkA07G096460|TK1151|cDNA

TCAAAATCAAAAATAAAAACTGGTTTTTATCTTGGACTCAAAGCATCTCGAGCCCATGCTTTTTCAAATTTACAACTTCGGCTTCCTACGTGTCAAGTATTGATTTCTACAATCATCGGCTTCTTCAACATCAAGGTCCTGCGTTTTAGGGTTTTCGCATTCTGACAAAAAAATGAAGCTCGCATGGCTAAGGTCTCTAGAAACTTCTCACCAAGATTGCGTCTGGGCTTGTACATGGGTCCCTGCCACGGATAAAAGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

963 bp · TkA07G096460|TK1151|CDS

ATGAAGCTCGCATGGCTAAGGTCTCTAGAAACTTCTCACCAAGATTGCGTCTGGGCTTGTACATGGGTCCCTGCCACGGATAAAAGCCCCGGCCTCCTCCTCACCGGATCCCTCGACGAGACGGTGAAGCTATGGAATGCGGAGGACCTCTCCCTTGTCCGTACCAACACCGGACACTGCCTCGGCGTCGTCTCCGTAGCTGCTCATCCTTCCGGTAAAATCGCCGCCTCCGCTTCCATGGACAGCTTCATCCGTGTATT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

320 aa · TkA07G096460|TK1151|PROTEIN

MKLAWLRSLETSHQDCVWACTWVPATDKSPGLLLTGSLDETVKLWNAEDLSLVRTNTGHCLGVVSVAAHPSGKIAASASMDSFIRVFDVESNNTIATLEAPPSEVWQMQFDPRGTTLAVAGGSSASVKLWDTAEWKLISTLSIPRPEASKPSDKGNNKKFVLSVAWSPNGRQLACGSMDGSISVFDVQRSKFLHHLDGHTMPVRSLAYSPLDPRVLVSGSDDERIHMYDAEGKTLFSSMSGHSGWVLSVDVSPDGAAIAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G096460
TK1151 IDTkA07G096460
OH-1004 IDLXL04_027841
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G096460
位置Chr07:25169328-25172297 (-)
描述Similar to VIP3: WD repeat-containing protein VIP3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g29830 PAF1复合物（PAF1C）的组分，参与组蛋白修饰，如组蛋白H3第4位赖氨酸的甲基化（H3K4me3）。
Genetic analysis of early flowering mutants in Arabidopsis defines a class of pleiotropic developmental regulator required for expression of the flowering-time switch flowering locus C.2003 · DOI: 10.1093/genetics/164.1.347
Non conservation of the meiotic function of the Ski8/Rec103 homolog in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-2443.2006.00972.x
Context-dependent dual role of SKI8 homologs in mRNA synthesis and turnover.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002652
Enhancement of meristem formation by bouquet-1, a mis-sense allele of the vernalization independence 3 gene encoding a WD40 repeat protein in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1111/gtc.12014

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027841 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程
GO:0016441 post-transcriptional gene silencing 生物过程
GO:0070478 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay 生物过程
GO:0072344 rescue of stalled cytosolic ribosome 生物过程
GO:1904278 positive regulation of wax biosynthetic process 生物过程
GO:0000791 euchromatin 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G29830
dre:393827
gga:415359
xla:444484
xtr:394466
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.698
排名 1 · TkA07G096460 · TK1151
细胞质0.413
排名 2 · TkA07G096460 · TK1151
细胞膜0.038
排名 3 · TkA07G096460 · TK1151
线粒体0.037
排名 4 · TkA07G096460 · TK1151
溶酶体／液泡0.026
排名 5 · TkA07G096460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25047Beta-prop_TEP1_2nd6-130 aa
PF25172Beta-prop_WDR3_2nd8-88 aa
PF25460Beta-prop_Aladin8-136 aa
PF23769Beta-prop_WDR75_2nd10-105 aa
PF00400WD4011-46 aa
PF23609Beta-prop_EIPR111-45 aa
PF23760Beta-prop_DCAF1211-52 aa
PF24814WD40_Prp1912-197 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G096460PF25047Beta-prop_TEP1_2nd61303.8e-2072.9
TkA07G096460PF25172Beta-prop_WDR3_2nd8886.4e-36124.8
TkA07G096460PF25460Beta-prop_Aladin81361.5e-1351.3
TkA07G096460PF23769Beta-prop_WDR75_2nd101050.1411.6
TkA07G096460PF00400WD4011462.3e-51170.8
TkA07G096460PF23609Beta-prop_EIPR111453.9e-1556.8
TkA07G096460PF23760Beta-prop_DCAF1211520.0001521.5
TkA07G096460PF24814WD40_Prp19121978.4e-45153.7
TkA07G096460PF08662eIF2A121185.7e-0730.3
TkA07G096460PF25173Beta-prop_WDR3_1st131313.4e-52177.5
TkA07G096460PF24805EIF3I13495.1e-2382.4
TkA07G096460PF24105Beta-prop_CAF1B_HIR113971.2e-2281.2
TkA07G096460PF23775Beta-prop_RIG_2nd13551.3e-1455.0
TkA07G096460PF24807WD40_CDC20-Fz141364.9e-40138.4
TkA07G096460PF23381Beta-prop_IFT122_1st163181.2e-49169.9
TkA07G096460PF29037DSE1_N19581.6e-1351.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SZQ5拟南芥sp|Q9SZQ5|VIP3_ARATH WD repeat-containing protein VIP368.800%Swiss-Prot高置信

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