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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G093800
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 24471143-24474094 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2114 bp · TkA07G093800|TK1151|cDNA

ATCGCATATAAATAAAGTTAGGGGGTTGTTGGTGCACTTTTGGCCTTTTTGGTAACGAAAATTCGAATGTTGTCGTGACTCAATATACGCAAAAGGGTTTTATGGTATAAACCCTAGTTTAGTAGAAGCAGCAACAAGAGATACGAAATTAGCAATGGCGGAAGGGAAGATGAAGAAGAAGAGTACTGCGCAACAAAAGGAAATATTCGCTTCCTGTGATTTCTCTAGTCTTGGCCTTCACCCTGCTTTATGTGACCAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1755 bp · TkA07G093800|TK1151|CDS

ATGGCGGAAGGGAAGATGAAGAAGAAGAGTACTGCGCAACAAAAGGAAATATTCGCTTCCTGTGATTTCTCTAGTCTTGGCCTTCACCCTGCTTTATGTGACCAGCTCCGAGACAGGATGGGCTATGAAGCTCCGACATTAGTTCAAGCCCAAGCTATACCAGTTATTCTCTCCGGAAGACATGTGCTCGTGAATGCAGCTACAGGCACCGGCAAAACTGTAACATACCTTGCCCCTATCATTCATCAATTGCAAAAGAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

584 aa · TkA07G093800|TK1151|PROTEIN

MAEGKMKKKSTAQQKEIFASCDFSSLGLHPALCDQLRDRMGYEAPTLVQAQAIPVILSGRHVLVNAATGTGKTVTYLAPIIHQLQKSDPKIQRADGTFALVLVPTHELCMQVYENLQKLLHRFHWIVPGYIMGGENRSKEKARLRKGISILVATPGRLLDHLKHTESFIHKNLRWIIFDEADRILELGFGKEIEEILDILGSKGKNTEVVRQNLLLSATLNEKVNHLANISLEDPVMIGLDDKKIQLQPSNKQATSLMSD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G093800
TK1151 IDTkA07G093800
OH-1004 IDLXL04_027785
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)94.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G093800
位置Chr07:24471143-24474094 (+)
描述Similar to RH17: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 17
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g40700 DEAD盒ATP依赖RNA解旋酶17。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os05g0110500 可能在细胞器核糖体生物合成中起作用，并抑制16S rRNA的成熟。
A rice DEAD-box RNA helicase protein, OsRH17, suppresses 16S ribosomal RNA maturation in Escherichia coli.2015 · DOI: 10.1016/j.gene.2014.11.025
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027785 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003724 RNA helicase activity 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
dme:Dmel_CG8611
dosa:Os05g0110500
hsa:64794
mmu:227674
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.910
排名 1 · TkA07G093800 · TK1151
细胞质0.145
排名 2 · TkA07G093800 · TK1151
线粒体0.045
排名 3 · TkA07G093800 · TK1151
细胞膜0.016
排名 4 · TkA07G093800 · TK1151
高尔基体0.009
排名 5 · TkA07G093800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13959CTE_SPB412-18 aa
PF00270DEAD47-225 aa
PF13245AAA_1949-182 aa
PF04851ResIII50-198 aa
PF00580UvrD-helicase50-93 aa
PF05872HerA_C51-76 aa
PF01935DUF8752-83 aa
PF00437T2SSE61-143 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G093800PF13959CTE_SPB412184.5e-2072.1
TkA07G093800PF00270DEAD472251.5e-43149.2
TkA07G093800PF13245AAA_19491820.07813.9
TkA07G093800PF04851ResIII501982.4e-1454.3
TkA07G093800PF00580UvrD-helicase50930.03914.4
TkA07G093800PF05872HerA_C51760.03213.6
TkA07G093800PF01935DUF8752830.003518.2
TkA07G093800PF00437T2SSE611430.07812.3
TkA07G093800PF09848SLFN-g3_helicase622110.003517.4
TkA07G093800PF00271Helicase_C991531.4e-2384.0
TkA07G093800PF05872HerA_C1782090.03213.6
TkA07G093800PF01935DUF871932720.003518.2
TkA07G093800PF00437T2SSE2292470.07812.3
TkA07G093800PF04851ResIII3003312.4e-1454.3
TkA07G093800PF00271Helicase_C3034271.4e-2384.0
TkA07G093800PF13959CTE_SPB45005484.5e-2072.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q7XJN0拟南芥sp|Q7XJN0|RH17_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 1764.000%Swiss-Prot高置信
Q0DLB9水稻sp|Q0DLB9|RH17_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 1764.000%Swiss-Prot高置信

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