TkA07G081730 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G081730

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 21363270-21365472 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1105 bp · TkA07G081730|TK1151|cDNA

ATCGTTCTCAGCGAGAACTAAAAACTCAAGTAATTAAGAGAAGCCTGATAATCACTGGAAAACCAGTCGATTGATGATAAATTGGGGTGGTGAGTAGAATCCTTGACGTATTCCTTCCATCCACCGTAAAATCTCGTTCAAATGGAGTTGGAGCTATTGGCCAGCGCTGCCGAAAGTATACCCCATGGAAAGGGTGCGTGAAATTGGTTCGTCTGAAGAAGTGTATAAAACTGTTGATGATGGCCCGTTAGACTTTGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

921 bp · TkA07G081730|TK1151|CDS

ATGGAAAGGGTGCGTGAAATTGGTTCGTCTGAAGAAGTGTATAAAACTGTTGATGATGGCCCGTTAGACTTTGATTCTTGGACTTCACTCATTTCAAAGATTGAGAAAAACTACCAGGAAAACATAAAGGCAATATCATGGGTGTATGAGTCATTCCTCTCTCGGTTTCCATTGTGTCATGAATATTGGAAGAGGTATGCAGATCATATGGCACGCTTTTCCACAATGGAGAAAGCTGTTGAAATTTATGAAAGTGCAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

306 aa · TkA07G081730|TK1151|PROTEIN

MERVREIGSSEEVYKTVDDGPLDFDSWTSLISKIEKNYQENIKAISWVYESFLSRFPLCHEYWKRYADHMARFSTMEKAVEIYESAVESATYSVGFWVDYCSFCMLAFEDPNDVRRVFERGLSYVGKDFLSYKLWDLYIRFELSQQQWSLLAHILIRALKFPTKSLHKYYDNFKEFAAFVEEDMSHSKSRHLEPYEDDSNIEFATSHDKIFYTIKKLQDSSSVELRSKSLNKLINIGEGYYHKSCKLHEEIDYFENYIER...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G081730`
TK1151 ID	TkA07G081730
OH-1004 ID	LXL04_027634
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.810 / OH-1004 35.859 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G081730

位置 Chr07:21363270-21365472 (-)

描述 Similar to prpf39: Pre-mRNA-processing factor 39

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g46400`	参与前 mRNA 剪接。	暂无已核实直接文献
`At1g04080`	参与前mRNA剪接。	The Arabidopsis thaliana AT PRP39-1 gene, encoding a tetratricopeptide repeat protein with similarity to the yeast pre-mRNA processing protein PRP39, affects flowering time.2007 · DOI: 10.1007/s00299-007-0336-5 A Genetic Screen for Pre-mRNA Splicing Mutants of Arabidopsis thaliana Identifies Putative U1 snRNP Components RBM25 and PRP39a.2017 · DOI: 10.1534/genetics.117.300149

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027634 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000395 mRNA 5'-splice site recognition 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0048510 regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase 生物过程

GO:0048573 photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0140727 siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation 生物过程

GO:0000243 commitment complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005685 U1 snRNP 细胞组分

GO:0071004 U2-type prespliceosome 细胞组分

GO:0030627 pre-mRNA 5'-splice site binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04080

ath:AT5G46400

hsa:55015

spo:2540869

xla:734636

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.740

排名 1 · TkA07G081730 · TK1151

细胞质0.295

排名 2 · TkA07G081730 · TK1151

线粒体0.027

排名 3 · TkA07G081730 · TK1151

细胞膜0.026

排名 4 · TkA07G081730 · TK1151

内质网0.021

排名 5 · TkA07G081730 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08424NRDE-211-146 aa

PF23240HAT_PRP39_N12-175 aa

PF05843Suf13-180 aa

PF08311Mad3_BUB1_I19-62 aa

PF03732PEG10_N-capsid20-41 aa

PF23241HAT_PRP39_C27-88 aa

PF03732PEG10_N-capsid41-102 aa

PF13428TPR_1442-68 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G081730	`PF08424`	NRDE-2	11	146	0.00072	19.5
TkA07G081730	`PF23240`	HAT_PRP39_N	12	175	1.9e-51	175.2
TkA07G081730	`PF05843`	Suf	13	180	6.1e-12	45.6
TkA07G081730	`PF08311`	Mad3_BUB1_I	19	62	4.3	8.0
TkA07G081730	`PF03732`	PEG10_N-capsid	20	41	0.42	11.7
TkA07G081730	`PF23241`	HAT_PRP39_C	27	88	4e-18	66.5
TkA07G081730	`PF03732`	PEG10_N-capsid	41	102	0.42	11.7
TkA07G081730	`PF13428`	TPR_14	42	68	7e-05	23.8
TkA07G081730	`PF23233`	HAT_Syf1_CNRKL1_N	48	178	4.3e-10	40.3
TkA07G081730	`PF13432`	TPR_16	49	91	0.026	15.7
TkA07G081730	`PF08311`	Mad3_BUB1_I	59	86	4.3	8.0
TkA07G081730	`PF13428`	TPR_14	61	100	7e-05	23.8
TkA07G081730	`PF23241`	HAT_PRP39_C	79	124	4e-18	66.5
TkA07G081730	`PF23241`	HAT_PRP39_C	97	182	4e-18	66.5
TkA07G081730	`PF13428`	TPR_14	105	122	7e-05	23.8
TkA07G081730	`PF08311`	Mad3_BUB1_I	128	128	4.3	8.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4KHG8`	拟南芥	sp\|F4KHG8\|PR39B_ARATH Pre-mRNA-processing factor 39-2	43.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q93ZR3`	拟南芥	sp\|Q93ZR3\|PR39A_ARATH Pre-mRNA-processing factor 39-1	41.300%	Swiss-Prot	中等置信

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