TkA07G079750 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G079750

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 20842315-20851941 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2946 bp · TkA07G079750|TK1151|cDNA

GCCCTACTTCCTATACGTAACCAAAAAAATATAATACTCCTTGTTTTGGCAAAGCTGAGGCCTAAAGCTAGTGGTTTTTGCGTCATTAACGCTTGCTAATCCTTGTTTTGAAAGAGTGTTGTTTGCTTGAACTCTACGAATTGGAATATTTTTAGGCTGTTTAAGGGTTTAGTGTATACAAATTTCATGTAATCCAAGTGACTAATGGCGGTAAATCCTCCCCCACCATCACCATCACCATCAACCTCGACAAACCATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

423 bp · TkA07G079750|TK1151|CDS

ATGGCTGTTACTGGCCATAATTCCTCCCTTCTAACAACCATGTCAACAGATTCCATGGTTAGAGTATGGGACACTACAGTATCATCTGATCATAGTTCGTGTTGTGTGGGAATGACATCTGTCCATGGTGCGCCAGTTGGCATCAAGTGTCATGATTCGTTGGTCTATATAGCTTCTGGTTCTTCTTTTGAAGCGGTTGACTTGAGAACAATGAAAACAGCCTTCAAAACATCAACAAATCAAGCGAATCTGTTTTCATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

140 aa · TkA07G079750|TK1151|PROTEIN

MAVTGHNSSLLTTMSTDSMVRVWDTTVSSDHSSCCVGMTSVHGAPVGIKCHDSLVYIASGSSFEAVDLRTMKTAFKTSTNQANLFSFEIMPAKFLACTGGLGRLINIVQCLTCIGLILMIFCRPGPEGLRGVRPHRVPKK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G079750`
TK1151 ID	TkA07G079750
OH-1004 ID	LXL04_013346
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	84.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.857 / OH-1004 24.664 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G079750`
位置	Chr07:20842315-20851941 (-)
描述	Similar to Taf5l: TAF5-like RNA polymerase II p300/CBP-associated factor-associated factor 65 kDa subunit 5L
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_013346` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程 GO:0008593 regulation of Notch signaling pathway 生物过程 GO:0010826 negative regulation of centrosome duplication 生物过程 GO:0030154 cell differentiation 生物过程 GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程 GO:0043484 regulation of RNA splicing 生物过程 GO:0045746 negative regulation of Notch signaling pathway 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT5G25150 cel:CELE_F55B12.3 ddi:DDB_G0287273 hsa:27097 mmu:102162 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.455

排名 1 · TkA07G079750 · TK1151

细胞核0.444

排名 2 · TkA07G079750 · TK1151

线粒体0.083

排名 3 · TkA07G079750 · TK1151

内质网0.066

排名 4 · TkA07G079750 · TK1151

细胞膜0.062

排名 5 · TkA07G079750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25174Beta-prop_THOC36-97 aa

PF24814WD40_Prp196-107 aa

PF25175Beta-prop_WDR56-74 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st6-62 aa

PF00400WD406-24 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st7-71 aa

PF23393Beta-prop_WDR90_POC16_2nd9-68 aa

PF00843Arena_nucleocap16-40 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G079750	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	6	97	4.3e-06	26.7
TkA07G079750	`PF24814`	WD40_Prp19	6	107	0.00017	21.5
TkA07G079750	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	6	74	0.014	15.4
TkA07G079750	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	6	62	0.056	13.9
TkA07G079750	`PF00400`	WD40	6	24	2.7	9.5
TkA07G079750	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	7	71	0.033	14.1
TkA07G079750	`PF23393`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	9	68	0.061	13.3
TkA07G079750	`PF00843`	Arena_nucleocap	16	40	0.21	11.2
TkA07G079750	`PF23609`	Beta-prop_EIPR1	25	83	0.038	14.1
TkA07G079750	`PF00400`	WD40	35	61	2.7	9.5
TkA07G079750	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	66	99	0.056	13.9
TkA07G079750	`PF00843`	Arena_nucleocap	86	119	0.21	11.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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