TkA07G048760 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G048760

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 12956989-12959036 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1410 bp · TkA07G048760|TK1151|cDNA

ATCTTAATATATTTGAAAATCGATTTGCAGAGTCAGGATTATCAAGTGATGACAAAGCTAGATCTTCATCCAGTTCTGGAATGAACATGCTAACAGGATCGGCAATCATGAGTCTAACAATAATTTGGCCATCAGTCATAACTTTTGGAAGTTATGATCTTTCAGATGATAATGATCACTTCATTATAGAAGACGAGCCATCATTCTTAACTAAATTAACAGCATATGGTGTTATAACTGATAAAGAAACAACTTATACG...

CDS

下载 CDS FASTA

1254 bp · TkA07G048760|TK1151|CDS

ATGAACATGCTAACAGGATCGGCAATCATGAGTCTAACAATAATTTGGCCATCAGTCATAACTTTTGGAAGTTATGATCTTTCAGATGATAATGATCACTTCATTATAGAAGACGAGCCATCATTCTTAACTAAATTAACAGCATATGGTGTTATAACTGATAAAGAAACAACTTATACGGCAAGAATTATGCTTGTGTCACTTGTCCCTTTTATCATTCTCCAACTCCCAGCAATCATCAGTTCAATATCAATAACCCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

417 aa · TkA07G048760|TK1151|PROTEIN

MNMLTGSAIMSLTIIWPSVITFGSYDLSDDNDHFIIEDEPSFLTKLTAYGVITDKETTYTARIMLVSLVPFIILQLPAIISSISITRVIILVTLIVVSSMFITNIVYQIFEPSIQNRRFAFVTKRFVKDKLQTLLSKNGKPNVRLIKKIYKELDKNHDGKVSKYELKIFLQGVQMQPGGSRKDDFVETIMDRFDISGDEYINETEFVRVLTIWLQDARKSVFQNDYDPLTFFLTPKPEAADKEQQKPLIPKETRNPRSSI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G048760`
TK1151 ID	TkA07G048760
OH-1004 ID	LXL04_037710
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	31.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.801 / OH-1004 73.183 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G048760

位置 Chr07:12956989-12959036 (+)

描述 Similar to NCL: Sodium/calcium exchanger NCL

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g53210`	当在异源哺乳动物CHO-K1细胞系统中表达时，具有钠/钙交换（NCX）活性。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0247800`	可能作为钠/钙交换蛋白（NCX）发挥功能，并参与维持钙稳态。	暂无已核实直接文献
`Os01g0212400`	可能作为钠/钙交换蛋白（NCX）发挥功能，并参与维持钙稳态。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037710 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006814 sodium ion transport 生物过程

GO:0006874 intracellular calcium ion homeostasis 生物过程

GO:0055074 calcium ion homeostasis 生物过程

GO:0070588 calcium ion transmembrane transport 生物过程

GO:0071472 cellular response to salt stress 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53210

ath:AT1G55720

dosa:Os01g0212400

dosa:Os02g0247800

osa:4325568

osa:4328874

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.609

排名 1 · TkA07G048760 · TK1151

溶酶体／液泡0.160

排名 2 · TkA07G048760 · TK1151

内质网0.153

排名 3 · TkA07G048760 · TK1151

细胞质0.090

排名 4 · TkA07G048760 · TK1151

高尔基体0.053

排名 5 · TkA07G048760 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01699Na_Ca_ex1-63 aa

PF06022Cir_Bir_Yir60-107 aa

PF23564EF-hand_FSTL1126-171 aa

PF25578EF-hand_STIM1135-171 aa

PF13833EF-hand_8141-171 aa

PF30624EF_SSP120144-165 aa

PF13499EF-hand_7146-209 aa

PF00036EF-hand_1146-171 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G048760	`PF01699`	Na_Ca_ex	1	63	0.002	18.8
TkA07G048760	`PF06022`	Cir_Bir_Yir	60	107	0.51	10.5
TkA07G048760	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	126	171	0.0047	18.0
TkA07G048760	`PF25578`	EF-hand_STIM1	135	171	0.26	12.1
TkA07G048760	`PF13833`	EF-hand_8	141	171	0.0018	18.7
TkA07G048760	`PF30624`	EF_SSP120	144	165	0.0068	17.7
TkA07G048760	`PF13499`	EF-hand_7	146	209	7.4e-12	46.2
TkA07G048760	`PF00036`	EF-hand_1	146	171	4e-10	39.2
TkA07G048760	`PF13405`	EF-hand_6	146	171	1.4e-08	34.5
TkA07G048760	`PF13202`	EF-hand_5	151	169	0.0019	18.3
TkA07G048760	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	178	211	0.0047	18.0
TkA07G048760	`PF30624`	EF_SSP120	180	207	0.0068	17.7
TkA07G048760	`PF00036`	EF-hand_1	186	211	4e-10	39.2
TkA07G048760	`PF13833`	EF-hand_8	186	211	0.0018	18.7
TkA07G048760	`PF13405`	EF-hand_6	189	211	1.4e-08	34.5
TkA07G048760	`PF13202`	EF-hand_5	189	209	0.0019	18.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L636`	拟南芥	sp\|Q8L636\|NCL_ARATH Sodium/calcium exchanger NCL	33.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6K3R5`	水稻	sp\|Q6K3R5\|NCL2_ORYSJ Sodium/calcium exchanger NCL2	33.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5QNI2`	水稻	sp\|Q5QNI2\|NCL1_ORYSJ Sodium/calcium exchanger NCL1	31.200%	Swiss-Prot	中等置信

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