TkA07G042930 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G042930

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 11451966-11452985 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

936 bp · TkA07G042930|TK1151|cDNA

AAAAGATTTGCAAGAAACACAAACAACGAAAGATTAATAGCAGGTCTTCCAACAATGGCGGCAATGCATCTCACAAAAACAGGAATCTTTAACATCTCTAGAGCAAATATCCCTCGTTTAACTTCTCTTTCGTTCCCTCAAAAAGCTTCTAGGGTTTGCTTCACTTCCGCTTCCAAACATTCTCAGGGAAGACATGCAAGTGAAGAAACCAACAATGGGTATAACGCAGATGAAACAGTCGGCTACTCCAGTGGTAACAT...

CDS

下载 CDS FASTA

843 bp · TkA07G042930|TK1151|CDS

ATGGCGGCAATGCATCTCACAAAAACAGGAATCTTTAACATCTCTAGAGCAAATATCCCTCGTTTAACTTCTCTTTCGTTCCCTCAAAAAGCTTCTAGGGTTTGCTTCACTTCCGCTTCCAAACATTCTCAGGGAAGACATGCAAGTGAAGAAACCAACAATGGGTATAACGCAGATGAAACAGTCGGCTACTCCAGTGGTAACATGGGAAAAGATCCAAAAGACAAAATGAAAGAAGGTAAAGAGAGAATGAAAGAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

280 aa · TkA07G042930|TK1151|PROTEIN

MAAMHLTKTGIFNISRANIPRLTSLSFPQKASRVCFTSASKHSQGRHASEETNNGYNADETVGYSSGNMGKDPKDKMKEGKERMKEGAGEMKDETMNSMKESKERMKDKATEMKDETKNSMKEGKEKMKEKATEIKDKANDMAGRAADQAGDMKEKAKEKSYEMKESGKETANMAADKAGEGTNKAAEIAKAAKDKTMEAAGAVAEKTKQTVAGAWDAAKDTSQKIKETVVGTSSSSSDEDDWGDDRKGNKKVVDEEVEN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G042930`
TK1151 ID	TkA07G042930
OH-1004 ID	LXL04_027263
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	46.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 35.000 / OH-1004 48.663 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G042930`
位置	Chr07:11451966-11452985 (+)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_027263` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	暂无功能描述
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.729

排名 1 · TkA07G042930 · TK1151

细胞质0.211

排名 2 · TkA07G042930 · TK1151

细胞核0.132

排名 3 · TkA07G042930 · TK1151

细胞膜0.079

排名 4 · TkA07G042930 · TK1151

质体0.037

排名 5 · TkA07G042930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02601Exonuc_VII_L61-162 aa

PF28971COR1566-152 aa

PF12732YtxH70-120 aa

PF27970LEA1_2_D7_KIN274-120 aa

PF28479At4g1323075-129 aa

PF02987LEA_475-101 aa

PF01442Apolipoprotein76-211 aa

PF07464ApoLp-III76-228 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G042930	`PF02601`	Exonuc_VII_L	61	162	2.6	8.2
TkA07G042930	`PF28971`	COR15	66	152	0.14	12.8
TkA07G042930	`PF12732`	YtxH	70	120	2.3e-06	28.7
TkA07G042930	`PF27970`	LEA1_2_D7_KIN2	74	120	0.057	14.8
TkA07G042930	`PF28479`	At4g13230	75	129	1.8e-16	60.8
TkA07G042930	`PF02987`	LEA_4	75	101	0.0045	17.5
TkA07G042930	`PF01442`	Apolipoprotein	76	211	0.00099	19.6
TkA07G042930	`PF07464`	ApoLp-III	76	228	3.9	8.3
TkA07G042930	`PF29017`	PCP52	77	107	5.2	8.3
TkA07G042930	`PF05478`	Prominin	83	149	6.3	5.5
TkA07G042930	`PF02987`	LEA_4	86	123	0.0045	17.5
TkA07G042930	`PF27970`	LEA1_2_D7_KIN2	86	144	0.057	14.8
TkA07G042930	`PF30406`	ApoB100_arm_9ins	96	158	3.9	7.1
TkA07G042930	`PF02987`	LEA_4	107	145	0.0045	17.5
TkA07G042930	`PF12732`	YtxH	122	166	2.3e-06	28.7
TkA07G042930	`PF29017`	PCP52	127	146	5.2	8.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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