TkA07G018900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G018900

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 5088674-5092005 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1359 bp · TkA07G018900|TK1151|cDNA

ATGGCAGCTGTGTGTCATCCATTTGCGGAGCACATTGCCTACTTTGCATTGTTTGTGATCCCCCTCACGACTTTAGTCGTTACTGGCACTGCATCCATAGCAGTAATTTGTGGATACGTGACTTATATCGATACGATGAACAACATCGGTCATTGCAATTTTGAGTTTATTCCTAAATCACTTTTCACTATTTTCCCCCCGCTCAAGTACATCATCTACACCCCATCGTATCACTCTTTGCACCATACTCAATTTCGCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1359 bp · TkA07G018900|TK1151|CDS

ATGGCAGCTGTGTGTCATCCATTTGCGGAGCACATTGCCTACTTTGCATTGTTTGTGATCCCCCTCACGACTTTAGTCGTTACTGGCACTGCATCCATAGCAGTAATTTGTGGATACGTGACTTATATCGATACGATGAACAACATCGGTCATTGCAATTTTGAGTTTATTCCTAAATCACTTTTCACTATTTTCCCCCCGCTCAAGTACATCATCTACACCCCATCGTATCACTCTTTGCACCATACTCAATTTCGCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

452 aa · TkA07G018900|TK1151|PROTEIN

MAAVCHPFAEHIAYFALFVIPLTTLVVTGTASIAVICGYVTYIDTMNNIGHCNFEFIPKSLFTIFPPLKYIIYTPSYHSLHHTQFRTNYSLFMPLYDYIYGTIDKSTDTLHSKSLSQKEESPEVVHLTHLTTPESMYHMRLGFASLASKPQVSSKWYLWILWPVTAWSMLITRIYGETFVIERNVFKSLIVQTWAIPKYTQHYHIEWQKQTINRIIEGAILKAEAKGVKVFSVGLLNQGEELNRNGELFIRRNPGIKVKL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G018900`
TK1151 ID	TkA07G018900
OH-1004 ID	LXL04_026933
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	81.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.779 / OH-1004 72.742 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G018900

位置 Chr07:5088674-5092005 (-)

描述 Similar to GL1-5: Very-long-chain aldehyde decarbonylase GL1-5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g02205`	醛脱羰酶参与醛向烷烃的转化。	Overexpression of Arabidopsis ECERIFERUM1 promotes wax very-long-chain alkane biosynthesis and influences plant response to biotic and abiotic stresses.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.172320 Reconstitution of plant alkane biosynthesis in yeast demonstrates that Arabidopsis ECERIFERUM1 and ECERIFERUM3 are core components of a very-long-chain alkane synthesis complex.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.099796 Molecular characterization of the CER1 gene of arabidopsis involved in epicuticular wax biosynthesis and pollen fertility.1995 · DOI: 10.1105/tpc.7.12.2115
`At1g02190`	类CER1蛋白 1。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0471100`	醛脱羧酶，参与醛向烷烃的转化。	Wax-deficient anther1 is involved in cuticle and wax production in rice anther walls and is required for pollen development.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.042044
`UniProt: B8BHF1`	醛脱羰酶参与醛向烷烃的转化。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8AFI3`	醛脱羰酶参与醛向烷烃的转化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026933 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008610 lipid biosynthetic process 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0010025 wax biosynthetic process 生物过程

GO:0010143 cutin biosynthetic process 生物过程

GO:0010584 pollen exine formation 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0043447 alkane biosynthetic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02205

dosa:Os02g0621300

dosa:Os10g0471100

osa:4330012

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.348

排名 1 · TkA07G018900 · TK1151

线粒体0.290

排名 2 · TkA07G018900 · TK1151

细胞质0.145

排名 3 · TkA07G018900 · TK1151

细胞核0.091

排名 4 · TkA07G018900 · TK1151

高尔基体0.068

排名 5 · TkA07G018900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04116FA_hydroxylase3-102 aa

PF14937DUF450015-47 aa

PF04116FA_hydroxylase171-171 aa

PF12076CER1-like_C282-446 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G018900	`PF04116`	FA_hydroxylase	3	102	1.8e-10	42.1
TkA07G018900	`PF14937`	DUF4500	15	47	0.1	13.3
TkA07G018900	`PF04116`	FA_hydroxylase	171	171	1.8e-10	42.1
TkA07G018900	`PF12076`	CER1-like_C	282	446	8.4e-71	237.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HVY0`	拟南芥	sp\|F4HVY0\|CER1_ARATH Very-long-chain aldehyde decarbonylase CER1	58.000%	Swiss-Prot	高置信
`F4HVX7`	拟南芥	sp\|F4HVX7\|CERL1_ARATH Protein CER1-like 1	54.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q7XDI3`	水稻	sp\|Q7XDI3\|GLO15_ORYSJ Very-long-chain aldehyde decarbonylase GL1-5	56.200%	Swiss-Prot	高置信
`B8BHF1`	水稻	sp\|B8BHF1\|GLO15_ORYSI Very-long-chain aldehyde decarbonylase GL1-5	56.200%	Swiss-Prot	高置信
`B8AFI3`	水稻	sp\|B8AFI3\|GLO14_ORYSI Very-long-chain aldehyde decarbonylase GL1-4	53.200%	Swiss-Prot	高置信

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