TkA07G010300 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G010300

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 2831381-2835923 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1579 bp · TkA07G010300|TK1151|cDNA

CTTATTTTGACTATCCCTTTCATCCCCCGATTTTGGCAAATATCTCTTGAATTTCTTGACCTTTTCCTCTAATCTTGAGTTCATTGGATGTGAGCGTAAACTTCTCCCTCTTCATATGGATTTCTGTTAGTCTTGAATCCTAATACCTAGCAAACAAATTGAACGAGAAACCTAAACCCAATCGGTTCCCTTCCAGTCGCACGTACTCCATTCCATTCAATTTCGATCTCCCTGCCGGCGACTACACCTCCACCGCCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

618 bp · TkA07G010300|TK1151|CDS

ATGAAGCAAATCGAAGAAGATGACATTACAATCAAGGGATCAGTGGCTTGGAACCTAAAACCGAGACTTGCAACCATCACTACTGAAGCCTGGCTTCAACCTACAAACTTAAGTTTGAAAGTCTACAGTGCAGATGGGCTACATGGCTTGGATAATCTTAGCAGAGGATTACCAAGCTCACAACTACAAGCCCAACTTTCGTTAGCAACATGTCTATCAACAGCTCGGTTTACAAAGATTTACATGACCATGGTGGCAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

205 aa · TkA07G010300|TK1151|PROTEIN

MKQIEEDDITIKGSVAWNLKPRLATITTEAWLQPTNLSLKVYSADGLHGLDNLSRGLPSSQLQAQLSLATCLSTARFTKIYMTMVAKKLNETDNSGDYQAMEECMHQIDDGVKQITQSFKELQQMGKDGYQNFLWHESNVQSWVSAALTDATNCVDGILGDGVSDSEKAMIQARILKVKQLASNSLALFTRFTSRYRASHGIKIP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G010300`
TK1151 ID	TkA07G010300
OH-1004 ID	LXL04_026847
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	92.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G010300

位置 Chr07:2831381-2835923 (+)

描述 Similar to PMEI9: Pectinesterase inhibitor 9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g62770`	果胶甲酯酶抑制剂，可能以中等 pH 依赖性方式靶向根部表达的 PME 和 PME3，主要在微酸性条件下，在某种程度上在 pH 7.5 下。	Combined Experimental and Computational Approaches Reveal Distinct pH Dependence of Pectin Methylesterase Inhibitors.2017 · DOI: 10.1104/pp.16.01790
`At1g62760`	果胶甲酯酶（PME）抑制剂，参与对坏死性病原体反应中的细胞壁完整性维持。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026847 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009641 shade avoidance 生物过程

GO:0009827 plant-type cell wall modification 生物过程

GO:0071669 plant-type cell wall organization or biogenesis 生物过程

GO:1902183 regulation of shoot apical meristem development 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0004857 enzyme inhibitor activity 分子功能

GO:0046910 pectinesterase inhibitor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G62770

ath:AT3G47380

ath:AT4G25260

ath:AT5G20740

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.423

排名 1 · TkA07G010300 · TK1151

内质网0.174

排名 2 · TkA07G010300 · TK1151

溶酶体／液泡0.171

排名 3 · TkA07G010300 · TK1151

细胞质0.167

排名 4 · TkA07G010300 · TK1151

细胞膜0.079

排名 5 · TkA07G010300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04043PMEI60-188 aa

PF02352Decorin_bind73-115 aa

PF00838TCTP77-124 aa

PF23323Spectrin_681-145 aa

PF02352Decorin_bind171-195 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G010300	`PF04043`	PMEI	60	188	2.2e-19	70.8
TkA07G010300	`PF02352`	Decorin_bind	73	115	0.011	16.6
TkA07G010300	`PF00838`	TCTP	77	124	0.046	14.8
TkA07G010300	`PF23323`	Spectrin_6	81	145	0.044	14.6
TkA07G010300	`PF02352`	Decorin_bind	171	195	0.011	16.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SI72`	拟南芥	sp\|Q9SI72\|PMEI9_ARATH Pectinesterase inhibitor 9	33.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SI74`	拟南芥	sp\|Q9SI74\|PMI10_ARATH Pectinesterase inhibitor 10	32.600%	Swiss-Prot	低置信

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