TkA07G009440 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G009440

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 2549889-2553854 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2292 bp · TkA07G009440|TK1151|cDNA

TATTCCCCTAGCACGCTACGTGGGACCACTCCAGTTACGTGCCCATTACGGGTAGATCAGACTCCTGACTTCGAGCCCAATTTCCCTCTCTCCTGCTTTGGGCCGTTCCCAGCCCACTTCCCGCTTCAGTCCATCTCAACTGGGCCTTCGGTTCCTGGCAGACTAGTTGAAGAAATTGAAGATCCTTCCCCTCTCGTTATTCGCAGGCGGAATTCTAGATCTGAGGCGATTTTCCACCCCTACCAGGCCATCTCGAAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

2292 bp · TkA07G009440|TK1151|CDS

TATTCCCCTAGCACGCTACGTGGGACCACTCCAGTTACGTGCCCATTACGGGTAGATCAGACTCCTGACTTCGAGCCCAATTTCCCTCTCTCCTGCTTTGGGCCGTTCCCAGCCCACTTCCCGCTTCAGTCCATCTCAACTGGGCCTTCGGTTCCTGGCAGACTAGTTGAAGAAATTGAAGATCCTTCCCCTCTCGTTATTCGCAGGCGGAATTCTAGATCTGAGGCGATTTTCCACCCCTACCAGGCCATCTCGAAATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

763 aa · TkA07G009440|TK1151|PROTEIN

YSPSTLRGTTPVTCPLRVDQTPDFEPNFPLSCFGPFPAHFPLQSISTGPSVPGRLVEEIEDPSPLVIRRRNSRSEAIFHPYQAISKSRHSTPLPALRNPGMETVPTDRETRDDQRPIINLNESLPPSSSLSRSINTEEDCSSSTAEFNKMIGIGIEVGFQFQKNDPSLIGEHGELIGDEVKWNWVKKLKNSLKFNFLCIQETQLLDYNRIALRECWDNSDFDFDGVNATGRSGGLLSVWSKNHFTRKESIKNRHFLITIG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G009440`
TK1151 ID	TkA07G009440
OH-1004 ID	LXL04_006182
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	22.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 85.190 / OH-1004 39.266 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G009440`
位置	Chr07:2549889-2553854 (-)
描述	Similar to mcd4: GPI ethanolamine phosphate transferase 1 (Aspergillus oryzae (strain ATCC 42149 / RIB 40)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_006182` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006506 GPI anchor biosynthetic process 生物过程 GO:0071555 cell wall organization 生物过程 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0051377 mannose-ethanolamine phosphotransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	afm:AFUA_4G03970 aor:AO090011000320 hsa:23556 ncr:NCU07999 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.548

排名 1 · TkA07G009440 · TK1151

细胞核0.391

排名 2 · TkA07G009440 · TK1151

细胞膜0.113

排名 3 · TkA07G009440 · TK1151

内质网0.039

排名 4 · TkA07G009440 · TK1151

溶酶体／液泡0.036

排名 5 · TkA07G009440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03372Exo_endo_phos195-389 aa

PF14529Exo_endo_phos_2270-390 aa

PF13966zf-RVT551-571 aa

PF13966zf-RVT586-662 aa

PF14529Exo_endo_phos_2646-674 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G009440	`PF03372`	Exo_endo_phos	195	389	2.7e-10	41.1
TkA07G009440	`PF14529`	Exo_endo_phos_2	270	390	0.0008	20.0
TkA07G009440	`PF13966`	zf-RVT	551	571	3.1e-15	57.3
TkA07G009440	`PF13966`	zf-RVT	586	662	3.1e-15	57.3
TkA07G009440	`PF14529`	Exo_endo_phos_2	646	674	0.0008	20.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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