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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G005560
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 1541314-1542279 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

744 bp · TkA07G005560|TK1151|cDNA

ATGGGCTATGCTAAAAACGGTAAATCGTACGAATCTTTAACGTACTACAAACAAATGATTAAAAACAACATAAAACCCGACTTCATAACTTTCATCGGGCTACTTTTCGCGTGTAGTCACGCCGGATTCGTAGACCAAGCCCGCGAATTCTTCGACTCCATGATGCAAAATTACCAAATCACCCCCGGCCCAGATCACTACGCGTGCATGATCGATCTACTAAGTCGTTCTGGGAAGATAAACGAGGCCGAAAAGCTCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

744 bp · TkA07G005560|TK1151|CDS

ATGGGCTATGCTAAAAACGGTAAATCGTACGAATCTTTAACGTACTACAAACAAATGATTAAAAACAACATAAAACCCGACTTCATAACTTTCATCGGGCTACTTTTCGCGTGTAGTCACGCCGGATTCGTAGACCAAGCCCGCGAATTCTTCGACTCCATGATGCAAAATTACCAAATCACCCCCGGCCCAGATCACTACGCGTGCATGATCGATCTACTAAGTCGTTCTGGGAAGATAAACGAGGCCGAAAAGCTCCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

247 aa · TkA07G005560|TK1151|PROTEIN

MGYAKNGKSYESLTYYKQMIKNNIKPDFITFIGLLFACSHAGFVDQAREFFDSMMQNYQITPGPDHYACMIDLLSRSGKINEAEKLLHEMVIEPDATVLKALLSGCRVHGKIELAEKTANALFELAPHDAVPYIILSNMYSSTGKWEDSARIRRLMKSRGTHEKLEAIYGKIDEVMMAIKEAGYVPDMNFALHNIDEEGKELGLAYHSEKLAVAFGLLELPHGRDIRVYKNLRMEFVLVEIIDKEYF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G005560
TK1151 IDTkA07G005560
OH-1004 IDLXL04_026749
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)88.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 94.332 / OH-1004 30.378
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G005560
位置Chr07:1541314-1542279 (+)
描述Similar to PCMP-H60: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g27610
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g25360 含有五肽重复的蛋白 At1g25360。 暂无已核实直接文献
At4g16835 含五肽重复的蛋白 At4g16835，线粒体型。 暂无已核实直接文献
At5g16860 含五基重复蛋白 At5g16860。 暂无已核实直接文献
At2g01510 含五肽重复序列蛋白 At2g01510，线粒体。 暂无已核实直接文献
At4g02750 含五肽重复序列的蛋白 At4g02750。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026749 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G27610
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.491
排名 1 · TkA07G005560 · TK1151
质体0.270
排名 2 · TkA07G005560 · TK1151
细胞质0.082
排名 3 · TkA07G005560 · TK1151
细胞核0.077
排名 4 · TkA07G005560 · TK1151
过氧化物酶体0.019
排名 5 · TkA07G005560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01535PPR2-24 aa
PF13041PPR_22-39 aa
PF29070MSC6_N3-88 aa
PF23276TPR_243-57 aa
PF13424TPR_123-18 aa
PF13374TPR_103-20 aa
PF17177PPR_long8-91 aa
PF25064ARM_TT21_5th12-58 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G005560PF01535PPR2241.2e-1866.7
TkA07G005560PF13041PPR_22397.2e-1452.4
TkA07G005560PF29070MSC6_N3881.4e-0628.4
TkA07G005560PF23276TPR_243570.00318.2
TkA07G005560PF13424TPR_123180.02315.6
TkA07G005560PF13374TPR_103200.04814.4
TkA07G005560PF17177PPR_long8910.00517.0
TkA07G005560PF25064ARM_TT21_5th12580.09313.8
TkA07G005560PF13812PPR_318733e-0627.9
TkA07G005560PF12854PPR_123543.4e-1040.2
TkA07G005560PF01535PPR30561.2e-1866.7
TkA07G005560PF20284CTD832510.06614.1
TkA07G005560PF13428TPR_1434570.0009220.4
TkA07G005560PF13041PPR_235567.2e-1452.4
TkA07G005560PF13424TPR_1237690.02315.6
TkA07G005560PF13374TPR_1044660.04814.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FRI5拟南芥sp|Q9FRI5|PPR57_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g2536044.700%Swiss-Prot中等置信
Q9M4P3拟南芥sp|Q9M4P3|PP316_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g16835, mitochondrial42.400%Swiss-Prot中等置信
Q9LFL5拟南芥sp|Q9LFL5|PP390_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g1686040.900%Swiss-Prot中等置信
Q9ZVF4拟南芥sp|Q9ZVF4|PP140_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g01510, mitochondrial39.800%Swiss-Prot中等置信
Q9SY02拟南芥sp|Q9SY02|PP301_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g0275037.700%Swiss-Prot中等置信

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