RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G004860
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 1341180-1343307 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

916 bp · TkA07G004860|TK1151|cDNA

TCTTTCTAAAATTATTTGGCATGGATATATAAGTGTTTGCCTGTTTGGTAACCCATTTTTGTTGGGTTGCTTTCTTCTTGTTAAGTTTTTCCGAAAGCAAACCGAAGAACAATACAAAAAAAGCAAAGAAAATGTCATTCACAGGAACGTTAGACAAATGCAAAGCTTGTGATAAAACGGTCTATTTCGTTGATTTATTGACTGCAGATGGAATCACGTATCATAAATCGTGTTTCAAATGTACCCACTGCAAAGGAACG...

CDS

下载 CDS FASTA

705 bp · TkA07G004860|TK1151|CDS

ATGTCATTCACAGGAACGTTAGACAAATGCAAAGCTTGTGATAAAACGGTCTATTTCGTTGATTTATTGACTGCAGATGGAATCACGTATCATAAATCGTGTTTCAAATGTACCCACTGCAAAGGAACGCTTGTGATGAGCAACTACTCCTCCATGGATGGAGTCCTCTATTGCAGGACTCATTTTGAACAACTTTTCAAGGAATCAGGGAACTTCAGCAAGAACTTTCAACAATCAAAAGCGGAAAAAGATTCACATCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

234 aa · TkA07G004860|TK1151|PROTEIN

MSFTGTLDKCKACDKTVYFVDLLTADGITYHKSCFKCTHCKGTLVMSNYSSMDGVLYCRTHFEQLFKESGNFSKNFQQSKAEKDSHPKAPPSKLSSMFSGTIDKCRACNKTVYPLEKVTMEGEPYHKLCFKCAHGGCPLTHASYAALDGVLYCKHHFAQLFMEKGNYSHVLKAANQKHNASASEEHHEQPPAEEGEPTDDTPSEPPPEAEQPHEEEKEEEKENEKEKDKEEEES

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G004860
TK1151 IDTkA07G004860
OH-1004 IDLXL04_029626
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)59.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 77.778 / OH-1004 90.863
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G004860
位置Chr07:1341180-1343307 (-)
描述Similar to PLIM2C: LIM domain-containing protein PLIM2c
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g01780 与肌动蛋白丝结合并促进交联成粗束。
Arabidopsis LIM proteins: a family of actin bundlers with distinct expression patterns and modes of regulation.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.075960
At2g45800 与肌动蛋白丝结合并促进交联成粗束。
Arabidopsis LIM proteins: a family of actin bundlers with distinct expression patterns and modes of regulation.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.075960
At3g55770 与肌动蛋白丝结合并促进交联成粗束。
Arabidopsis LIM proteins: a family of actin bundlers with distinct expression patterns and modes of regulation.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.075960
At2g39900 与肌动蛋白丝结合并促进交联成粗束。 暂无已核实直接文献
At3g61230 与肌动蛋白丝结合并促进交联成粗束。
Arabidopsis LIM proteins: a family of actin bundlers with distinct expression patterns and modes of regulation.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.075960

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029626 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0051017 actin filament bundle assembly 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005856 cytoskeleton 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0046872 metal ion binding 分子功能
GO:0051015 actin filament binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G39900
ath:AT2G45800
ath:AT3G55770
ath:AT3G61230
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.701
排名 1 · TkA07G004860 · TK1151
细胞核0.254
排名 2 · TkA07G004860 · TK1151
细胞膜0.126
排名 3 · TkA07G004860 · TK1151
高尔基体0.087
排名 4 · TkA07G004860 · TK1151
内质网0.047
排名 5 · TkA07G004860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13926DUF42116-17 aa
PF25454zf-C3HC4_IRF-2BP1_29-39 aa
PF17848Zn_ribbon_ACC9-18 aa
PF00020TNFR_c69-14 aa
PF12172zf-ChsH29-18 aa
PF00412LIM10-66 aa
PF03966Trm112p10-20 aa
PF00020TNFR_c630-46 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G004860PF13926DUF42116170.06714.0
TkA07G004860PF25454zf-C3HC4_IRF-2BP1_29390.2612.3
TkA07G004860PF17848Zn_ribbon_ACC9180.3212.0
TkA07G004860PF00020TNFR_c69140.5611.4
TkA07G004860PF12172zf-ChsH29181.99.0
TkA07G004860PF00412LIM10667.8e-2484.4
TkA07G004860PF03966Trm112p10200.004517.6
TkA07G004860PF00020TNFR_c630460.5611.4
TkA07G004860PF17848Zn_ribbon_ACC35410.3212.0
TkA07G004860PF03966Trm112p36590.004517.6
TkA07G004860PF12172zf-ChsH237421.99.0
TkA07G004860PF13926DUF4211961270.06714.0
TkA07G004860PF12172zf-ChsH21031141.99.0
TkA07G004860PF25454zf-C3HC4_IRF-2BP1_21041340.2612.3
TkA07G004860PF17848Zn_ribbon_ACC1041130.3212.0
TkA07G004860PF00020TNFR_c61041090.5611.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q1ECF5拟南芥sp|Q1ECF5|PLI2B_ARATH LIM domain-containing protein PLIM2b74.600%Swiss-Prot高置信
O80839拟南芥sp|O80839|PLI2A_ARATH LIM domain-containing protein PLIM2a77.100%Swiss-Prot高置信
Q9M047拟南芥sp|Q9M047|WLI2B_ARATH LIM domain-containing protein WLIM2b64.300%Swiss-Prot高置信
O04193拟南芥sp|O04193|WLI2A_ARATH LIM domain-containing protein WLIM2a64.000%Swiss-Prot高置信
Q500W4拟南芥sp|Q500W4|PLI2C_ARATH LIM domain-containing protein PLIM2c63.300%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看