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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G002960
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 814810-816291 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

873 bp · TkA07G002960|TK1151|cDNA

ATGTTATCAGAAGGGGTCAATCCAAATCGTATTACTTTCTTAAATTTAGTTAGCTTGTCGATTCAAGCAGGGGACTTTAAGATGGGTACGCAGCTCCATTGCCGGATAGCAAAATCGGGTTTCCGTAAAGATTGTCATGTGAATAGTTCTCTTGTTAAATTCTATTCCAAATTTGGATTTGTTAGCGAGGCGAAGCTGGTTTTTGATGATTCGGTGTATAAAGATTTGGTTTTGTGGAATGTAATGGTGTCTTGTTATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

873 bp · TkA07G002960|TK1151|CDS

ATGTTATCAGAAGGGGTCAATCCAAATCGTATTACTTTCTTAAATTTAGTTAGCTTGTCGATTCAAGCAGGGGACTTTAAGATGGGTACGCAGCTCCATTGCCGGATAGCAAAATCGGGTTTCCGTAAAGATTGTCATGTGAATAGTTCTCTTGTTAAATTCTATTCCAAATTTGGATTTGTTAGCGAGGCGAAGCTGGTTTTTGATGATTCGGTGTATAAAGATTTGGTTTTGTGGAATGTAATGGTGTCTTGTTATTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

290 aa · TkA07G002960|TK1151|PROTEIN

MLSEGVNPNRITFLNLVSLSIQAGDFKMGTQLHCRIAKSGFRKDCHVNSSLVKFYSKFGFVSEAKLVFDDSVYKDLVLWNVMVSCYSLNGLREDGFKIHVLVFRFGFDRDMVLGSALTDMYAKNENINDARKVFDEMCQRNLISWNTMIVGYGHHNNGKEAIKLLRNMLKDDFTPDDLTLASVISSAHKDLEFAKWASEKLLVLEPDKNVGYAVLSNMFAYSGMWFDVGKIRKKMRDNCCLKIPGFSWLEVGGEVHGFVS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G002960
TK1151 IDTkA07G002960
OH-1004 IDLXL04_026711
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)58.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G002960
位置Chr07:814810-816291 (-)
描述Similar to PCMP-E39: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g46050, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g02750 含五肽重复序列的蛋白 At4g02750。 暂无已核实直接文献
At3g26782 含五重复肽的蛋白 At3g26782，线粒体。 暂无已核实直接文献
At4g04370 含五肽重复序列的蛋白 At4g04370。 暂无已核实直接文献
At3g56550 含五肽重复的蛋白At3g56550。 暂无已核实直接文献
At3g25060 假定的含五三肽重复蛋白At3g25060，线粒体。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026711 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G68930
ath:AT2G46050
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.699
排名 1 · TkA07G002960 · TK1151
质体0.117
排名 2 · TkA07G002960 · TK1151
细胞核0.045
排名 3 · TkA07G002960 · TK1151
细胞质0.036
排名 4 · TkA07G002960 · TK1151
过氧化物酶体0.006
排名 5 · TkA07G002960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_21-15 aa
PF13812PPR_34-26 aa
PF12854PPR_15-13 aa
PF29070MSC6_N6-81 aa
PF01535PPR12-41 aa
PF23276TPR_2416-58 aa
PF17049AEP146-72 aa
PF01535PPR49-70 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G002960PF13041PPR_21156.1e-1762.2
TkA07G002960PF13812PPR_34260.002918.3
TkA07G002960PF12854PPR_15136.4e-0936.1
TkA07G002960PF29070MSC6_N6810.3210.7
TkA07G002960PF01535PPR12415e-2071.0
TkA07G002960PF23276TPR_2416580.02715.1
TkA07G002960PF17049AEP146720.1312.1
TkA07G002960PF01535PPR49705e-2071.0
TkA07G002960PF12854PPR_150696.4e-0936.1
TkA07G002960PF13041PPR_275986.1e-1762.2
TkA07G002960PF12854PPR_175916.4e-0936.1
TkA07G002960PF01535PPR77995e-2071.0
TkA07G002960PF04733Coatomer_E1131880.1911.8
TkA07G002960PF13812PPR_31151390.002918.3
TkA07G002960PF17049AEP11151520.1312.1
TkA07G002960PF01535PPR1161415e-2071.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SY02拟南芥sp|Q9SY02|PP301_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g0275030.900%Swiss-Prot中等置信
Q9LW32拟南芥sp|Q9LW32|PP258_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g26782, mitochondrial25.400%Swiss-Prot低置信
Q9XE98拟南芥sp|Q9XE98|PP303_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g0437030.400%Swiss-Prot中等置信
Q9LXY5拟南芥sp|Q9LXY5|PP284_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g5655024.700%Swiss-Prot低置信
Q9LJR6拟南芥sp|Q9LJR6|PP253_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g25060, mitochondrial27.600%Swiss-Prot低置信

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