TkA06G480110 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G480110

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 118978829-118986010 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA 无可用 cDNA 序列

cDNA

该参考版本没有可用的cDNA序列。

CDS

下载 CDS FASTA

1122 bp · TkA06G480110|TK1151|CDS

ATGGAGGCAAAAAGTTCAGGGCGTATCATACCTCGTGATGGGGTTGATAAAGAATACGACATTGCTTGCACAATGGTTGCAGATATTGAGTCTAGTCTCGCAAAGCATTTAAAGGAACAAAGAAAGCTACTTGAAGATTCATCAATGAATTATGTTACAGTCGGAAAAGATATGTATCTTCTAGAAGTATCTGAAAGCTTGTCTGCAAGTGTTCCTTGTGACTATGAGCGAAGATCATCCAAAAAGGGTTGTGTGAGGTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

373 aa · TkA06G480110|TK1151|PROTEIN

MEAKSSGRIIPRDGVDKEYDIACTMVADIESSLAKHLKEQRKLLEDSSMNYVTVGKDMYLLEVSESLSASVPCDYERRSSKKGCVRYWTPEIKHYIRELSEAESEKESKLKSIMQRLIGRFCEHHVSWRQLVSTVAELDVLISISIASDMYEGPTCRPLIVDSDEAPVVSAKNLGHPVLRNGSLGDGSGTAFVPNDVCIDDDARFIVLTGPNMGGKSTLLRQVCLAVIIAQVGADVPAESFKMSPVDRIFVRMGAKDHIM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G480110`
TK1151 ID	TkA06G480110
OH-1004 ID	LXL04_022524
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.906 / OH-1004 39.073 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G480110

位置 Chr06:118978829-118986010 (+)

描述 Similar to MSH6: DNA mismatch repair protein MSH6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02070`	复制后 DNA 错配修复系统的组成部分。	Arabidopsis MutS homologs-AtMSH2, AtMSH3, AtMSH6, and a novel AtMSH7-form three distinct protein heterodimers with different specificities for mismatched DNA.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.6.991 Dissimilar mispair-recognition spectra of Arabidopsis DNA-mismatch-repair proteins MSH2MSH6 (MutSalpha) and MSH2MSH7 (MutSgamma).2003 · DOI: 10.1093/nar/gkg780 Regulation of plant MSH2 and MSH6 genes in the UV-B-induced DNA damage response.2011 · DOI: 10.1093/jxb/err001

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022524 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000710 meiotic mismatch repair 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006290 pyrimidine dimer repair 生物过程

GO:0006298 mismatch repair 生物过程

GO:0007095 mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0008340 determination of adult lifespan 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0032876 negative regulation of DNA endoreduplication 生物过程

GO:0045910 negative regulation of DNA recombination 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G02070

dme:Dmel_CG7003

hsa:2956

mmu:17688

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.626

排名 1 · TkA06G480110 · TK1151

细胞质0.480

排名 2 · TkA06G480110 · TK1151

细胞膜0.050

排名 3 · TkA06G480110 · TK1151

线粒体0.040

排名 4 · TkA06G480110 · TK1151

内质网0.035

排名 5 · TkA06G480110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05190MutS_IV14-104 aa

PF05192MutS_III45-144 aa

PF28561RRG1_C52-120 aa

PF12612TFCD_C85-154 aa

PF12616DUF377591-137 aa

PF13173AAA_14103-121 aa

PF25199nSTAND_NTPase5201-228 aa

PF13401AAA_22201-290 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G480110	`PF05190`	MutS_IV	14	104	1.9e-17	64.0
TkA06G480110	`PF05192`	MutS_III	45	144	2.7e-05	25.3
TkA06G480110	`PF28561`	RRG1_C	52	120	0.29	11.7
TkA06G480110	`PF12612`	TFCD_C	85	154	0.069	13.7
TkA06G480110	`PF12616`	DUF3775	91	137	0.066	13.8
TkA06G480110	`PF13173`	AAA_14	103	121	0.29	11.8
TkA06G480110	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	201	228	0.025	15.1
TkA06G480110	`PF13401`	AAA_22	201	290	0.16	13.0
TkA06G480110	`PF13173`	AAA_14	204	228	0.29	11.8
TkA06G480110	`PF00488`	MutS_V	206	347	5.1e-56	190.3
TkA06G480110	`PF12616`	DUF3775	269	298	0.066	13.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O04716`	拟南芥	sp\|O04716\|MSH6_ARATH DNA mismatch repair protein MSH6	72.600%	Swiss-Prot	高置信

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