TkA06G466240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G466240

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 115357885-115360696 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1523 bp · TkA06G466240|TK1151|cDNA

CCCCTATCTATCCTCTATTCAATAATCCATTTCCACTGTGCACAAAAAAATGGCGTCTTCACTTTCCCGTCATTTCTCAACTGCGTCACGAGATTCCATTTCTACCCATGGGTCAACAACTGTCTTCAACCACCACTCTCCACCTCTGTTCCTCCAGGTCCAGTATCCAACCAGTGGTGGAGCTCAGTTCTCTAAGTTCAAATGCTCCGCCGCGGGTTCTGAGACCGGGTTCTTCACGAAATTGGGGCGGTTAATAAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1143 bp · TkA06G466240|TK1151|CDS

ATGGCGTCTTCACTTTCCCGTCATTTCTCAACTGCGTCACGAGATTCCATTTCTACCCATGGGTCAACAACTGTCTTCAACCACCACTCTCCACCTCTGTTCCTCCAGGTCCAGTATCCAACCAGTGGTGGAGCTCAGTTCTCTAAGTTCAAATGCTCCGCCGCGGGTTCTGAGACCGGGTTCTTCACGAAATTGGGGCGGTTAATAAAAGAGAAGGCGAAAAAGGACGTGGAAAAGATATTCTCTGGTGGTTTCTCGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

380 aa · TkA06G466240|TK1151|PROTEIN

MASSLSRHFSTASRDSISTHGSTTVFNHHSPPLFLQVQYPTSGGAQFSKFKCSAAGSETGFFTKLGRLIKEKAKKDVEKIFSGGFSKTRDNLAVIDELLLYWNLSDTDRVLDELEEALLVSDFGPKITLKIVESLRDDIYAGKLKSGTEIKDALKNSVLDLLTKRGAKTELKLGFRKPAVIMIVGVNGGGKTTSLGKLAYRLKSEGASILMAAGDTFRAAASDQLEIWAERTGCEIVSAEKEKAKASSVLSQAVKKGKEQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G466240`
TK1151 ID	TkA06G466240
OH-1004 ID	LXL04_022678
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G466240

位置 Chr06:115357885-115360696 (+)

描述 Similar to CPFTSY: Cell division protein FtsY homolog, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45770`	信号识别颗粒受体蛋白。	Involvement of a chloroplast homologue of the signal recognition particle receptor protein, FtsY, in protein targeting to thylakoids.1999 · DOI: 10.1016/s0014-5793(99)00305-1 Non-identical contributions of two membrane-bound cpSRP components, cpFtsY and Alb3, to thylakoid biogenesis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03659.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022678 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006605 protein targeting 生物过程

GO:0006614 SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane 生物过程

GO:0009772 photosynthetic electron transport in photosystem II 生物过程

GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程

GO:0045038 protein import into chloroplast thylakoid membrane 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

aae:aq_920

ath:AT2G45770

nma:NMA0291

nme:NMB0045

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.971

排名 1 · TkA06G466240 · TK1151

线粒体0.041

排名 2 · TkA06G466240 · TK1151

细胞质0.016

排名 3 · TkA06G466240 · TK1151

细胞核0.015

排名 4 · TkA06G466240 · TK1151

细胞膜0.011

排名 5 · TkA06G466240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13401AAA_2245-97 aa

PF13173AAA_1477-98 aa

PF02881SRP54_N107-156 aa

PF19975DO-GTPase1128-172 aa

PF00005ABC_tran171-252 aa

PF25199nSTAND_NTPase5172-267 aa

PF06414Zeta_toxin175-269 aa

PF00448SRP54178-379 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G466240	`PF13401`	AAA_22	45	97	0.0015	19.6
TkA06G466240	`PF13173`	AAA_14	77	98	0.12	13.1
TkA06G466240	`PF02881`	SRP54_N	107	156	2.5e-09	37.9
TkA06G466240	`PF19975`	DO-GTPase1	128	172	0.04	13.9
TkA06G466240	`PF00005`	ABC_tran	171	252	0.0054	18.0
TkA06G466240	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	172	267	0.00025	21.6
TkA06G466240	`PF06414`	Zeta_toxin	175	269	0.00075	19.7
TkA06G466240	`PF00448`	SRP54	178	379	6e-73	245.4
TkA06G466240	`PF01583`	APS_kinase	178	226	0.052	14.3
TkA06G466240	`PF20720`	nSTAND3	178	212	0.12	12.8
TkA06G466240	`PF13401`	AAA_22	179	273	0.0015	19.6
TkA06G466240	`PF13604`	AAA_30	179	226	0.0021	18.6
TkA06G466240	`PF09848`	SLFN-g3_helicase	179	275	0.073	13.1
TkA06G466240	`PF13173`	AAA_14	179	225	0.12	13.1
TkA06G466240	`PF05729`	NACHT	180	205	0.0063	17.1
TkA06G466240	`PF03205`	MobB	180	209	0.082	13.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80842`	拟南芥	sp\|O80842\|CFTSY_ARATH Cell division protein FtsY homolog, chloroplastic	82.600%	Swiss-Prot	高置信

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