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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G456840
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 112907577-112910047 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1080 bp · TkA06G456840|TK1151|cDNA

ATGACGGTTGTCACACGAGGTGAAGAAGAAAGATGGCACCGACGGGTAAATGGAGCTCGGGCTCAGCGTGAGGACGACACCGTAGGAGTTTGGGTTCAGAAAGATGAGCGGCTTCACGGGTTAACAAAGGCCGACACCGCTCACCCTTATCTCGAACTAAAAGCTTGTTCACGGATGGCGTTGATTAGAGAAGGAATGCAGGTTCATGGTTTTTTAGTAAAGATTGGACTTACAAGTGATGTATATTTACAGAATTGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1080 bp · TkA06G456840|TK1151|CDS

ATGACGGTTGTCACACGAGGTGAAGAAGAAAGATGGCACCGACGGGTAAATGGAGCTCGGGCTCAGCGTGAGGACGACACCGTAGGAGTTTGGGTTCAGAAAGATGAGCGGCTTCACGGGTTAACAAAGGCCGACACCGCTCACCCTTATCTCGAACTAAAAGCTTGTTCACGGATGGCGTTGATTAGAGAAGGAATGCAGGTTCATGGTTTTTTAGTAAAGATTGGACTTACAAGTGATGTATATTTACAGAATTGTTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

359 aa · TkA06G456840|TK1151|PROTEIN

MTVVTRGEEERWHRRVNGARAQREDDTVGVWVQKDERLHGLTKADTAHPYLELKACSRMALIREGMQVHGFLVKIGLTSDVYLQNCLISMYVRAGCVEFARQLFDRMPERDSISFNSMIDGYVKCGMITSARELFDSFPSQMKNLRSWNCMISGYVVVDDGFTLAWELFNEMPDRDLVSWNLMIRCCIKNGKIDLARTLFDRMPEKDVISWAKLIDGYAKSGNINTARHLFDEMPQRDIISCNIIMAGYIQNGDMGKKEI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G456840
TK1151 IDTkA06G456840
OH-1004 IDLXL04_022737
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)60.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 53.482 / OH-1004 68.649
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G456840
位置Chr06:112907577-112910047 (-)
描述Similar to CRR4: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g45350, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g45350 在叶绿体 RNA 编辑中发挥重要作用。
A pentatricopeptide repeat protein is a site recognition factor in chloroplast RNA editing.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m608184200
Two interacting proteins are necessary for the editing of the NdhD-1 site in Arabidopsis plastids.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.099507
At3g49142 推定含五重复肽的蛋白质 At3g49142。 暂无已核实直接文献
At4g21300 含五肽重复的蛋白 At4g21300。 暂无已核实直接文献
At3g14730 含五重复肽重复的蛋白At3g14730。 暂无已核实直接文献
At2g03880 含五聚肽重复的蛋白At2g03880，线粒体定位。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022737 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0099402 plant organ development 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G35030
ath:AT2G45350
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.604
排名 1 · TkA06G456840 · TK1151
质体0.159
排名 2 · TkA06G456840 · TK1151
细胞核0.091
排名 3 · TkA06G456840 · TK1151
细胞质0.069
排名 4 · TkA06G456840 · TK1151
过氧化物酶体0.016
排名 5 · TkA06G456840 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23276TPR_2453-110 aa
PF01535PPR54-76 aa
PF13812PPR_375-110 aa
PF12854PPR_176-107 aa
PF13041PPR_280-110 aa
PF17049AEP184-124 aa
PF01535PPR85-110 aa
PF14559TPR_1991-111 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G456840PF23276TPR_24531100.009216.6
TkA06G456840PF01535PPR54766e-39130.3
TkA06G456840PF13812PPR_3751107.2e-0833.1
TkA06G456840PF12854PPR_1761071.1e-2383.3
TkA06G456840PF13041PPR_2801104.6e-34117.0
TkA06G456840PF17049AEP1841240.02114.6
TkA06G456840PF01535PPR851106e-39130.3
TkA06G456840PF14559TPR_19911110.0005720.9
TkA06G456840PF30087DUF8606911470.1912.9
TkA06G456840PF22330Rib_mS39_PPR981240.004717.4
TkA06G456840PF29070MSC6_N1091350.3810.5
TkA06G456840PF12854PPR_11101361.1e-2383.3
TkA06G456840PF13041PPR_21111364.6e-34117.0
TkA06G456840PF23276TPR_241122010.009216.6
TkA06G456840PF22339YgxA-like_sub_bind1121620.3112.2
TkA06G456840PF01535PPR1131376e-39130.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O22137拟南芥sp|O22137|PP202_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g45350, chloroplastic57.800%Swiss-Prot低置信
P0C899拟南芥sp|P0C899|PP271_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g4914224.200%Swiss-Prot低置信
Q9STE1拟南芥sp|Q9STE1|PP333_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g2130023.800%Swiss-Prot低置信
Q9LUC2拟南芥sp|Q9LUC2|PP231_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1473023.100%Swiss-Prot低置信
Q9SI53拟南芥sp|Q9SI53|PP147_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03880, mitochondrial45.100%Swiss-Prot低置信

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