TkA06G451090 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G451090

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 111427601-111428473 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

873 bp · TkA06G451090|TK1151|cDNA

ATGCAACGTTTTGGATACCTCAAGGTCACCAACTTAAGCTCCGGCGACAACTTTGATGACCAATTGGAGATCGCAGTAACTCAATACCAACAGAAACTTGGCCTCGCCCTCACCGGAAAACTGGATTCTGGAACAATTTCTCAGATGACAGTACCGAGATGCGGCGTACCTGACACATCTCCACCATCAAAATTTCATGCAATCCGACATTATAATTACTTCAACGGGAAGCCAAGATGGTCACGTGCCATTCCAACAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

873 bp · TkA06G451090|TK1151|CDS

ATGCAACGTTTTGGATACCTCAAGGTCACCAACTTAAGCTCCGGCGACAACTTTGATGACCAATTGGAGATCGCAGTAACTCAATACCAACAGAAACTTGGCCTCGCCCTCACCGGAAAACTGGATTCTGGAACAATTTCTCAGATGACAGTACCGAGATGCGGCGTACCTGACACATCTCCACCATCAAAATTTCATGCAATCCGACATTATAATTACTTCAACGGGAAGCCAAGATGGTCACGTGCCATTCCAACAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

290 aa · TkA06G451090|TK1151|PROTEIN

MQRFGYLKVTNLSSGDNFDDQLEIAVTQYQQKLGLALTGKLDSGTISQMTVPRCGVPDTSPPSKFHAIRHYNYFNGKPRWSRAIPTTLTYAFSANCMVSNLNISDIKLAFRRSFTRWSAVIPVNFTESEYYEFSDIKIGFYAGDHDDGEPFDGVLGVLAHGFSPESGKLHLDAAETWAMDFKSEKSKVAIDLESVATHEIGHVLGLAHSFDKESVMYPSLRPRQKKMDLKVDDIEGIQQLYGSNPNFNIETLSQADTSSN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G451090`
TK1151 ID	TkA06G451090
OH-1004 ID	LXL04_022761
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 82.386 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G451090

位置 Chr06:111427601-111428473 (+)

描述 Similar to 1MMP: Metalloendoproteinase 1-MMP

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45040`	基质金属蛋白酶（MMPs）或基质蛋白酶可能在发育过程中或应对胁迫时参与细胞外基质（ECM）的降解和重塑（相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At4g16640`	基质金属蛋白酶（MMPs）或基质酶可能在发育过程中或应对压力时参与胞外基质（ECM）的降解和重塑。	暂无已核实直接文献
`At1g24140`	基质金属蛋白酶（MMPs）或基质蛋白酶可能在发育过程中或应对胁迫时参与细胞外基质（ECM）的降解和重塑（相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At1g70170`	基质金属蛋白酶（MMPs）或基质蛋白酶可能在发育过程中或应对胁迫时参与细胞外基质（ECM）的降解和重塑（相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At1g59970`	基质金属蛋白酶（MMPs）或基质蛋白酶可能在发育过程中或应对胁迫时参与细胞外基质（ECM）的降解和重塑（相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022761 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0030198 extracellular matrix organization 生物过程

GO:0030574 collagen catabolic process 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0080186 developmental vegetative growth 生物过程

GO:1900056 negative regulation of leaf senescence 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G24140

ath:AT1G59970

ath:AT1G70170

ath:AT2G45040

ath:AT4G16640

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.210

排名 1 · TkA06G451090 · TK1151

细胞膜0.182

排名 2 · TkA06G451090 · TK1151

溶酶体／液泡0.167

排名 3 · TkA06G451090 · TK1151

内质网0.105

排名 4 · TkA06G451090 · TK1151

细胞质0.087

排名 5 · TkA06G451090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01471PG_binding_12-49 aa

PF12388Peptidase_M5713-48 aa

PF13582Reprolysin_327-40 aa

PF00413Peptidase_M1083-242 aa

PF10462Peptidase_M66104-153 aa

PF01400Astacin108-128 aa

PF13582Reprolysin_3188-209 aa

PF05572Peptidase_M43191-213 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G451090	`PF01471`	PG_binding_1	2	49	2.9e-07	31.3
TkA06G451090	`PF12388`	Peptidase_M57	13	48	0.006	17.0
TkA06G451090	`PF13582`	Reprolysin_3	27	40	0.027	15.7
TkA06G451090	`PF00413`	Peptidase_M10	83	242	2.2e-49	168.1
TkA06G451090	`PF10462`	Peptidase_M66	104	153	0.098	12.3
TkA06G451090	`PF01400`	Astacin	108	128	0.38	11.1
TkA06G451090	`PF13582`	Reprolysin_3	188	209	0.027	15.7
TkA06G451090	`PF05572`	Peptidase_M43	191	213	0.013	16.2
TkA06G451090	`PF16313`	DUF4953	192	217	0.00053	20.0
TkA06G451090	`PF12388`	Peptidase_M57	192	209	0.006	17.0
TkA06G451090	`PF13688`	Reprolysin_5	194	214	0.028	15.3
TkA06G451090	`PF01400`	Astacin	194	209	0.38	11.1
TkA06G451090	`PF10462`	Peptidase_M66	195	213	0.098	12.3
TkA06G451090	`PF13583`	Reprolysin_4	196	214	0.034	14.5
TkA06G451090	`PF07998`	Peptidase_M54	197	219	0.016	15.9
TkA06G451090	`PF12044`	Metallopep	197	216	0.14	11.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GWW6`	拟南芥	sp\|Q8GWW6\|4MMP_ARATH Metalloendoproteinase 4-MMP	55.000%	Swiss-Prot	高置信
`O23507`	拟南芥	sp\|O23507\|1MMP_ARATH Metalloendoproteinase 1-MMP	53.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q5XF51`	拟南芥	sp\|Q5XF51\|3MMP_ARATH Metalloendoproteinase 3-MMP	45.600%	Swiss-Prot	中等置信
`O04529`	拟南芥	sp\|O04529\|2MMP_ARATH Metalloendoproteinase 2-MMP	48.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZUJ5`	拟南芥	sp\|Q9ZUJ5\|5MMP_ARATH Metalloendoproteinase 5-MMP	45.100%	Swiss-Prot	中等置信

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