TkA06G423470 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G423470

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 104763487-104765366 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1037 bp · TkA06G423470|TK1151|cDNA

CTCGTACCATCATTCGATCCGTCAAACTTTTCAAATTCTCTCTCTTGCTAATTGAGATTTTCATCTGGATGTGCTGTTATTAGGGTTTGAATCTTTTTGATGGGTTTGCATGTTAATGATCGTTTCTTTTCTTTTCTGTTTATATACGAATTCGGATAAGAAGTCAATCGGACTTACATGGGATTTGCGGAAAAGGGGTTTTGCAAATTGCGGTAGAAAATAATAGTCACGGATAGATACCACCATTCTCGAGTGTTATC...

CDS

下载 CDS FASTA

630 bp · TkA06G423470|TK1151|CDS

ATGGCTGGGAGTTCTAGTGAAGAGTCTGGGGTTAGCAGATCATTAGAAGGATTATCAAATGGGCAGCAGCGTTCTGGTGAAGCATTGGCTGAATGGAGGTCTTCTGAGCAAGTTGAGAATGGAATCACTTCAACTTCACCTCCTTACTGGGATACTGATGATGATGATGATTGTGGACCAAAGCCTTCTGAGTTATATGGAAAGTATACATGGAAGATAGACAAGTTCTCACAAATTAACAAGAGAGAGCTTCGTAGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

209 aa · TkA06G423470|TK1151|PROTEIN

MAGSSSEESGVSRSLEGLSNGQQRSGEALAEWRSSEQVENGITSTSPPYWDTDDDDDCGPKPSELYGKYTWKIDKFSQINKRELRSNAFEVGGYKWYILIYPQGCDVCNHLSLFLCVANHDKLLPGWSHFAQFTIAVVNKDPKKSKYSDTLHRFWKKEHDWGWKKFMELSKVLDGFVDADTLIIKAQVQVIREQIDRLDALTVSIGENL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G423470`
TK1151 ID	TkA06G423470
OH-1004 ID	LXL04_022958
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.258 / OH-1004 20.913 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G423470

位置 Chr06:104763487-104765366 (-)

描述 Similar to TRAF1B: TNF receptor-associated factor homolog 1b

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g43560`	在植物免疫反应的调节中与 TRAF1B 冗余地发挥作用。	TRAF Family Proteins Regulate Autophagy Dynamics by Modulating AUTOPHAGY PROTEIN6 Stability in Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1105/tpc.17.00056
`At1g04300`	在植物免疫反应的调节中与 TRAF1A 发挥冗余作用。	TRAF Family Proteins Regulate Autophagy Dynamics by Modulating AUTOPHAGY PROTEIN6 Stability in Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1105/tpc.17.00056

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022958 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程

GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0070646 protein modification by small protein removal 生物过程

GO:1905037 autophagosome organization 生物过程

GO:2000280 regulation of root development 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04300

ath:AT3G11910

ath:AT3G58210

ath:AT5G06600

ath:AT5G43560

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.820

排名 1 · TkA06G423470 · TK1151

细胞质0.253

排名 2 · TkA06G423470 · TK1151

细胞膜0.092

排名 3 · TkA06G423470 · TK1151

内质网0.046

排名 4 · TkA06G423470 · TK1151

高尔基体0.020

排名 5 · TkA06G423470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27610YphF_N64-102 aa

PF22486MATH_268-188 aa

PF00917MATH73-190 aa

PF21355TRAF-mep_MATH87-185 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G423470	`PF27610`	YphF_N	64	102	0.05	14.5
TkA06G423470	`PF22486`	MATH_2	68	188	1.6e-34	119.8
TkA06G423470	`PF00917`	MATH	73	190	1.6e-23	83.8
TkA06G423470	`PF21355`	TRAF-mep_MATH	87	185	0.0001	23.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RY18`	拟南芥	sp\|Q8RY18\|TRF1A_ARATH TNF receptor-associated factor homolog 1a	77.000%	Swiss-Prot	高置信
`A8MQL1`	拟南芥	sp\|A8MQL1\|TRF1B_ARATH TNF receptor-associated factor homolog 1b	72.900%	Swiss-Prot	高置信

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